待众将返回晋阳后，刘琦拉着田丰荀彧沮授为赵云、典韦主持了婚事。完了又帮着张辽、太史慈、高顺、徐晃等人张罗媳妇儿。张辽本就是雁门人氏，家中已定亲，只待择日回去完婚便可。哪知想睡觉就有人送上枕头，无极甄尧亲自带来消息欲将三妹甄道、四妹甄荣许配给刘琦手下将领为妻。刘琦将甄道许于高顺，甄荣许给了太史慈，徐晃却推说自己还小，过几年再说。太史慈倒是高高兴兴接受了，至于高顺，反正老是一本正经、不苟言笑，刘琦也不管他了，以军令压之，不得不从。次月，郭嘉与赵雨完婚，从此告别放浪不羁的浪子生涯。
初平二年，董卓回到长安后，威福更盛，盗用天子车服，并命尚书以下众官有子皆至其相府禀报。又以其弟董文为左将军，从子董璜为侍中、中军校尉，皆典兵事。大封其宗族，董氏襁褓中婴儿皆得封，男皆封侯，女为邑君。于长安筑郿坞，高、厚各七丈，其中积粮可用三十年。董卓又残暴好杀，诸将稍有言语差失，立即处死，又以叛逆之名，大杀关中旧族。其倒行逆施引起朝臣强烈不满。司徒王允、司隶校尉黄碗、尚书杨瓒等密谋杀掉董卓，董卓自知为人所怨，出入常以骁勇过人的中郎将吕布作护卫。王允用连环计挑拨吕布与董卓关系，等时机来到，遂劝谕吕布杀董卓，为天下除害。初平三年四月，献帝大病初愈，众臣朝会于未央殿。董卓乘车而入，以兵护卫道旁，并使吕布随车卫护。王允命尚书仆射士孙瑞写诛卓诏书交付吕布。吕布令同乡骑都尉李肃带勇士十余人扮作卫士埋伏于朝门内，董卓入，李肃一戟将其刺倒，吕布随即将董卓刺死。董卓一死，长安兵民百姓相庆于道，卫士皆呼万岁，尽诛董氏宗族。于是，朝廷以王允录尚书事，以吕布为奋威将军、假节，仪比三司。共秉朝政。
同月，青州黄巾军百余万人向兖州进击，攻下任城，杀任城相郑遂。兖州刺史刘岱以黄巾军乃乌合之众，盲目自大，亲自率兵镇压。谁知在东平附近，两军相遇游战，刘岱兵败被斩。黄巾军向寿张一带移动，青州黄巾在兖州的顺利发展，使兖州的官吏士人极为恐慌，加上刺史刘岱被杀，州中无人主事，兖州上下一片慌乱。
这时东郡太守曹操的部下荀攸劝说兖州治中、别驾等迎曹操入主兖州，与曹操素相友善的济北相鲍信也极力推荐曹操。于是兖州治中万潜与鲍信亲至东郡迎接曹操出任兖州牧。曹操进入兖州后，立即与鲍信联军堵击青州黄巾于寿东郊，两军展开激战，黄巾军久经战阵，兵皆精悍，阵斩鲍信，曹操身先士卒，激励将士，经过昼夜激战，终于将青州黄巾赶出奉张。同时，朝廷闻知刘岱战死，以京兆尹金尚为兖州刺史。曹操于途中迎击金尚，金尚逃奔袁术。于是曹操占兖州。
董卓对蔡邕有知遇之恩，蔡邕在王主持的会议上对董卓之死表示悲痛，被王允指责为“天诛有罪而反相伤痛”，是国贼董卓的死党，即收捕下狱。蔡邕陈辞谢罪，请求免列，愿黥首刖足，在狱中继续汉史的编修工作。太尉马日磾和许多士大夫为蔡邕求情，指出蔡邕是旷世奇才，素以忠孝著称，不能随便处死，应让他续修汉史，完成一代大典。王允认为当初武帝不杀司马迁，至使司马迁能作《史记》流传后世，其中多有对皇帝不敬之词，现在决不能让蔡邕执笔修史，使他能再作谤书，坚持要杀他。吕布受刘琦所托保全蔡邕，随即站出来说蔡刘联姻，而刘琦平定并州有功，如今又是兵多将广，而王家又在刘琦治下的太原，不如卖刘琦一个面子，削去蔡邕官爵便好。王允三思后应允，随既将蔡邕削去官爵贬为庶民。当夜史阿领人护送蔡邕逃出长安，北上上郡，逃往并州。
作为诛杀国贼的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉赏和广大人民的称赞。于是，王允态度开始发生改变，似乎有些飘飘然起来：“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面无和悦之色。慢慢地，群臣也不再像以前那样推崇和拥护他了。