具体情况很复杂，简单来说就是拆东墙补西墙，捉襟见肘。
总而言之，日本围棋规则，是根本方面出了问题，却总想“打补丁”遮掩过去；结果，补丁越打越多，这件衣服就变成了古里古怪的乞丐服。
实际上日本围棋规则源于中国古棋规则。
中国古棋规则是非常先进的一个规则，它直接规定“子多为胜”。
子多为胜在实施时可以“等子比路”，就是说大家终局后把死子回填，双方棋子数是相等的（严格起来必须白走最后1手，而且中途pass必须给对方1颗俘子。）
于是大家只要比一比还有多少能填子的空就可以了，这样数起来比较简单。
在净活棋中，每块棋有两个基本眼是不能填的，需要扣去，这就是“还棋头”。
在双活棋中，有的空能填，有的不能填，所以棋手应该主动把能填的空填上，剩下的就是“双活无路”。（“路”即“目”）
这里看起来也区分了净活、双活，但是在古棋规则中这仅仅是实施办法，有争议了直接填子即可。
而在日本规则中净活、双活必须由裁判确定，因为填子损目。
在围棋规则传到日本以后，“等子比路”被遗失了，而“双活无路”、“不提三目”等等又保留下来了，所以日本规则变成了一个残品，漏洞多多。
当然，取消座子感觉还是有进步意义的。
中国的座子猜测和不贴目有一定关系，可以防止模仿棋等赖皮办法在不贴目规则下取胜。
日本规则应该还有别的漏洞。
所以偶尔就会有一局争议棋局的出现，然后日本棋院会开会商议，给出判决和条文补充。例如前几年大桥拓文和潘善琪有一局，终局时有一处补则输半目，不补则赢半目。
究竟该不该补棋手不清楚，裁判也不清楚，最后找到棋院裁决的。
当时高尾绅路在微博里感慨：我这个棋圣也没学明白日本规则啊。
棋局很有意思，大家可以找来看看。
韩国围棋规则是跟在日本规则后面人云亦云，总体来说还不如日本规则；很多地方直接说有争议的棋局由棋院开会讨论决定，不过听说这些年也在向规范化方向发展。
上面的到底应该补棋还是不应该补棋的事情，在日本并非孤例，而是早有“前科”。
大名鼎鼎的吴清源先生，就在这一点两次吃亏。
吃亏还是占便宜，并非重点，关键是规则漏洞；日本棋院做得，很有意思。
第一次，吴清源对某对手，执白棋；当时还是黑棋不贴目的比赛。
这盘棋，吴清源赢了；当时赢了几目，却说不清楚了。
终局前，吴清源见自己劫材很多，就想不粘单片劫；如此，白棋盘面就多三目，就是赢三目。
但是，对手不同意；认为吴清源应该粘劫，自己只输二目才对。
结果，双方有了一点点争执。然而，当值裁判也不知道应该怎么办。
棋院紧急讨论一夜，得出一个令人喷饭的结论，白棋胜，二或三目。
不是搞笑，就是这样下结论的！
真不愧为，已经获得了得过且过真谛啊。