2004年2月23日,对阵老鹰队获得职业生涯单场得分最高41分和最高助攻7次。
2004-05年,姚明迎来了他在NBA的第三个赛季。
2004年夏天,在与奥兰多魔术队的一次七人大交易中,火箭队签入特雷西·麦格雷迪,同时送出史蒂夫·弗朗西斯和卡蒂诺·莫布里。
尽管姚明表示弗兰西斯和莫布里“在(他)前两个赛季对(他)帮助很大”,但他补充到,“我很兴奋能同特雷西麦格雷迪并肩作战。他能带来惊喜。”
火箭队赢得51场比赛,西部排名第五,并连续第二年冲进季后赛。
季后赛遭遇达拉斯小牛队,火箭队客场先胜两场,姚明第二场14投13中,创下火箭队史上季后赛最高投篮命中率。
然而接下来4场火箭队不敌小牛队,第七场更是落后40分,这是NBA历史上季后赛第七场的最大分差。
姚明平均每场21.4分,投篮命中率65%,7.7个篮板球。
2005年3月11日,对阵太阳队得到职业生涯单场最高篮板22个。
在他的前两个赛季中,他没有缺席任何一场比赛;在第三赛季仅缺席2场。
但是在第四赛季中,姚明被列入伤病休息名单中,原因是他的左脚拇趾患严重的甲沟炎。
2005年12月18日,当队友们在洛杉矶与湖人队客场厮杀时,姚明返回休斯敦进行脚趾手术。
在错过了21场比赛之后,姚明重新回到了赛场,并在与孟菲斯灰熊队的比赛中得15分。
在2006年的全明星赛第二轮投票过后,姚明以1,319,868票高居榜首,科比·布莱恩特以1,213,387票位居第二。
2006年11月14日,对阵马刺获得职业生涯最高抢断次数4次;12月16日,对阵湖人获得职业生涯最高盖帽8个。
这个赛季姚明场均得到25分、9.4个篮板和2个封盖,得分首次超过麦迪。
但由于在与洛杉矶快船队的比赛中胫骨受伤,姚明这个赛季常规赛出场仅为48场。
在季后赛中,他场均贡献25.1分、10.3篮板,不过火箭队还是以3比4不敌犹他爵士队止步季后赛第一轮。
2008年2月26日,在率领休斯敦火箭队获得12连胜之后,被诊断舟骨裂缝,手术后需要休息4个月,07-08赛季剩余将无法出场,随后火箭队在麦迪带领下,继续赢下10连胜,创造NBA历史最长连胜纪录的第二位。
姚明在该球季出赛55场,平均取得22分,10个篮板及2个封盖。
这个赛季姚明场均贡献19.7分、9.9篮板和1.9封盖。
另外,他的赛季总得分达到了职业生涯最高的1,514分。
他顺利带领火箭进入季后赛,并首轮淘汰波特兰开拓者队,火箭队在时隔多年后再次进入季后赛第二轮。
值得一提的是,姚明在首轮对阵开拓者队的第一场中,上半场24分钟内,9投9中,6罚6中得到24分和9个篮板。
不过在第二轮对战洛杉矶湖人队的比赛中,姚明因脚伤导致休战,甚至影响了2009-10赛季。
2009年1月18日,对阵热火12投12中拿到26分。
2009年3月14日,对阵山猫投中赛季第1个3分。