此后，大禹还在弥勒和真武的帮助下，又扫荡了一番各地水域作乱的残余小妖。至此，参与作乱的妖怪几乎灭绝。大禹开始正式的治水。
禹接受任务以后，立即与益和后稷一起，召集百姓前来协助。他视察河道，检讨鲧失败的原因，吸取了父亲治水失败的教训，决定改革治水方法，变堵截为疏导，对黄河之水顺其自然，以疏导为主。亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。他带领治水的民工，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。
弥勒真武等人竭尽全力，辅助大禹治水，从西走到东，遇到高山，啼肿听山斧劈，斧头利芒飞出，淡淡金，山崩地裂门默离峰被从中一分为二，裂开一峡谷，水流滚滚，倾泻而出。
遇到大河拦路，大禹祭拜宝剑，青光缭绕，分开水波，正是“避水剑。”大禹掏出一段铁棒，两头是两个金箍，中间乃一段乌铁，紧挨箍有镌成的一行字，唤做“定海神针”重一万三千五百斤，一抛，插入河底，测量深浅。
禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息。他与涂山氏女名女娇新婚不久，就离开妻子，重又踏上治水的道路。
后来，他路过家门口，听到妻子生产，儿子呱呱坠地的声音，都咬著牙没有进家门。
三次经过的时候，他的儿子启正抱在母亲怀里，他已经懂得叫爸爸，挥动小招呼，禹只是向妻儿挥了挥手，表示自己看到他们了，还是没有停下来。禹三过家门不入,正是他劳心劳力治水的最好证明。
禹亦关心百姓的疾苦。有一次，看见一个人穷得把孩子卖了，禹就把孩子赎了回来。
见有的百姓没有吃的，他就让后稷把仅有的粮食分给百姓。禹穿着破烂的衣服，吃粗劣的食物，住简陋的席篷，每天亲自手持耒锸，带头干最苦最脏的活。
几年下来，他的腿上和胳膊上的汗毛都脱光了，手掌和脚掌结了厚厚的老茧，躯体干枯，脸庞黧黑。
如此，禹先是用了六年时间将海、淮、济三河疏通河道，后又用了七年时间来疏通黄河河道，眼看治水就要功成，却是发现黄河河道被龙门山挡住了去路。那龙门山绵延几千里，黄河改道自是不成，而其又是九天息壤所化，众人如何凿得开？
禹只暗暗叫苦，将此事和弥勒商议。弥勒又祭起金铙，化为一巨轮，神华冲霄，往龙门砸下。龙门大开，从此黄河之水便从此流向大海。
经过禹的治理，形成两大水系，以黄河、长江为河流源头主干，其它江河沟渠大多与此相连有关。水患期间，人族虽受灾极重，民生生产均受到了极大的影响，很多民众不得已背井离乡；但在治水过程中，受灾各部族不分彼此，协同合作，却也在一定程度上重新分配了生产资料，进一步加强了各部族的交流融合。
在治水的过程中，禹走遍天下，对各地的地形、习俗、物产，都了如指掌。
由于事先规划得当，并不单单是平息水患，禹借此机会整合了大半人族的劳动力，统一调度、集中劳力开辟了密布的水网沟渠。以虽尚有一些不尽人意之处，但这次行动极有历史意义的，在整个种族的传承受到威胁的情况下，人族暴发出了难以想象的力量，这是人族历史上第一次大规模的集体协作工程。
在这一过程中，人族的人口基数虽然锐减，但总体生产力却得到了极大提升，为以后发展农耕畜牧打下坚实的基础。得益于密布的水网工程，相信经过一段时间的修养生息，人族很快便会恢复活力，将迎来一次人口的大暴发，也许仅在百年之后，甚至是几十年，人族对整个洪荒的影响力就会超过以往的任何一个时期。
禹作为治水最大的功臣，于十三年中开山无数，通河无数，修堤无数，使天下河川均流向大海。又引水筑渠，建坝畜水；加之禹在治水过程中走遍天下，对各地作物气候均有了解，于执撑间推广各种作物，让其在更适合的地方生长，无形中提升了人族的粮食产量。待治水成功，天地有感，降下功德时，那功德之大直叫天下修士侧目。