1963年，李敖接掌《文星》总编辑一职。1965年《文星》杂誌及李敖捲入卖国控诉事件(涉及美国哈佛大学教授费正清的亲共阴谋)，国民党中央评议委员萧同兹自请《文星书店》停业。债权人盈门，萧孟能不得不逃往岛外暂避，行前他将超过2000万元（新台币，以当时价值而言可以买下半条街）的家產託付最受信任的李敖代為保管。
国立台湾大学哲学系教授殷海光被迫离职、中央研究院王世杰院长為此屡提辞呈、中研院近代史研究所所长郭廷以赴美不归。及《联合报》之备受抨击。
因控诉牵涉美国哈佛大学费正清教授、太平洋学会及福特基金会（以费正清為核心的福特基金会后捲入零八宪章事件，遭中国大陆部分人士指控与共济会阴谋有关）。中美关係因此波澜甚多，惟李敖全身而退。
早年李敖是一个旧文化批评者，少谈当代政治、经济与社会议题；他对中国旧文化的批判，基本上是站在现代化、西化的角度，当然这个现代化裡面有不少自由主义成份；故他在《文星》上的影响，主要限於文化领域。后来在《李敖千秋评论》中才出现较多的政治批评。
第一次入狱：当时蒋介石通过中国国民党威权统治，李敖反对其独裁，触犯当道，1966年，李敖发表《歷史与人象》《教育与脸谱》《上下古今谈》《乌鸦又叫了》《孙悟空和我》等书，為当权者所查禁，并未因此坐牢。
但把他1953年与（地下共產党员）严侨老师合谋偷渡大陆一事翻出来，并於1967年以妨碍公务提起公诉。后被法庭判刑1年，但由他的大学恩师多方奔走，得到缓刑没能入监执行。
白色恐怖期间，李敖為护人权协助彭明敏逃亡，避免其受迫害，1970年彭外逃后遭谢聪敏和魏廷朝供出，另外，李敖拿到台湾受迫害被关的政治犯名单（内有共產党，**人士等等），并要把这份名单送到联合国与人权组织去告发，李敖把名单转给国际特赦组织马汀，但在日本却被**人士拿走，并且不得李敖本人同意，即刊登在其**刊物上，以致李敖亦被牵连，遭致判刑处置。
於1971年，被以中华民国刑法第一百条之内乱罪判处十年徒刑，褫夺公权6年，法庭一审判决后，李敖没有提出上诉。后逢蒋中正(蒋介石)逝世大赦改為八年六个月。1976年，41岁的李敖被释放。实际被监禁日期，总计五年零八个月。
第二次入狱（1981年─1982年）：记录為普通刑事案件，即萧孟能诬告李敖案。按李敖说法，指实质上是第二次政治犯入狱，国民党政府利用萧孟能诬告李敖案，对李敖进行再次封杀斗臭。
这件案子，根本原因在萧孟能拋弃了四十年同甘共苦的髮妻朱婉坚，李敖仗义执言，因而触怒了萧孟能和他姘妇王剑芬。
李敖自述我是与他们夫妇一起在《文星》共事多年的见证人，我亲眼看到朱婉坚如何既婉且坚的帮萧孟能赚了这些财產，如今这样子被扫地出门，我不能沉默，我要打抱不平。
為了这一打抱不平，我付出了昂贵的代价。萧孟能居然受姘妇挑唆，翻脸无情无义，利用我帮他料理水晶大厦一件事做切入点，诬告我侵佔。
一开始，台北地方法院陈联欢法官判李敖无罪，但到了高等法院后，林晃、黄剑青、顾锦才三法官却希旨承风、玩法弄权，判李敖坐牢半年。李敖自述：判决内容之蹊蹺已到了离奇程度。
一、三法官竟不承认亲笔字据。二、三法官竟不承认科学鑑定。三、三法官竟窜改笔录。四、三法官竟代栽证据。五、三法官竟捏造配偶。六、三法官竟歪曲情理。七、三法官竟对银行作业茫然无知。