率先上疏攻击魏忠贤党羽的是新任南京通政使的杨所修。这位杨所修，本是魏忠贤的党羽，因不满自己被外放南京这个清闲之地，加上我秘密授命白长卿给他的消息，所以反戈一击，突然发难，弹劾“崔呈秀夺情，周应秋贪墨”。崔呈秀当时任兵部尚书兼左都御史，周应秋任吏部尚书，都是魏忠贤集团中身居要职的骨干。杨所修的突然发难，令崔、周措手不及。
继杨所修之后，另一位原跟魏忠贤不错的云南道御史杨维垣，也突然上疏，公开弹劾崔呈秀，话说得也很难听，而且涉及到了厂臣。崔呈秀依例上疏辩白，并请求回家守制，杨维垣再次上书，揭发崔呈秀的罪行。工部都水司主事陆澄源也参崔呈秀“夺情为安，忍于无亲”。御史贾继春更是骂崔呈秀道：“说事卖官，娶娼宣淫，但知有官，不知有母，三纲废弛，人禽不辨。”
话说到这种分上，崔呈秀再也无颜面在官位上呆下去了。他三次上疏乞归守制，我也就顺水推舟的同意他回家丁忧。
身为兵部尚书的崔呈秀，几年来一直是魏忠贤在外廷最得力的同盟者。他的离职使魏忠贤仿佛被斩断了一条膀子。不仅如此，崔呈秀的下台，也给了朝廷许多官员一种信号，即魏忠贤失势的日子已不远了。
许多官员闻风而动，攻击的矛头也开始指向魏忠贤。有一位叫钱元慤的主事上了一份措辞激烈的奏疏，公开弹劾魏忠贤，把魏中贤与历史上的王莽、梁冀、王衍、董卓、赵高、武则天等人物的罪行一一作了对比。这位钱主事还为魏忠贤及其党羽魏良卿等人安排了归宿，要求或贬或诛，尽快处理。我阅过奏章后，仅批了一句话：“钱元慤小臣，如何又来多言，姑不究。”这种态度无疑是鼓励。
马上有一位名叫钱嘉征的嘉兴贡生上疏，公开揭露魏忠贤的“十大罪状”，语言更为犀利尖锐，事实更为详尽。“十大罪状”依次是“并帝、蔑后、弄兵、无君、克剥、无圣、滥爵、滥冒武功、建生祠、通关节”。钱嘉征最后称魏忠贤的“种种叛逆，罄竹难书，万剐不尽”!
自杨涟首劾魏忠贤“二十四大罪”惨遭毒手之后，还没有人敢如此公开尖锐地弹劾过魏忠贤。按理，钱嘉征只是一位贡生，本无资格给皇帝直接写奏章，所以这位钱贡生在开始时是把奏章送到通政司，通政使白长卿正等着这么一份材料呢，马上把奏章送到了我这里。我便乘机下令把钱贡生的奏疏在朝会之上读了出来。魏忠贤跪在我面前，连呼冤枉，痛哭流涕。我看着好笑，这么大个男人，怎么说哭就哭啊？没去演戏还真可惜了，哦，他魏忠贤早不算是个男人了。这次，我没象魏忠贤想象的那样又好言安慰于他，而是命王承恩将奏章上的罪状一一当着面责问魏忠贤！
魏忠贤只好立即上疏，以患病为由要求辞职。病真是一件好东西。说有就有，要无即无。明明有病，却可以说没病，甚至十分健康；而本来无病，也可以立即称病。其目的都一样，就是为了掩人耳目，利于进退。魏忠贤本想以病为托词，躲过风头，以退为进。没想到我也将计就计，成全了他，收回了司礼监和东厂印信，令他到白虎殿守灵。随后，魏忠贤像赌气似的，疏辞公、侯、伯三爵以及诰券田宅，我也得理不饶人，竟一一同意。对其党羽之类似要求，我也是一一依此照办，并乘机调整人事安排。
魏忠贤这次彻底失算了。他或许是想以退为进，寻机再起；或许是想远离荣华富贵，以哀兵之形求得同情，侥幸过关；或许是过高估计了自身的影响，没有预计到自己会有这么多的敌人。无论如何，他绝对是走错了棋。他大概忘了官场上的原则，即只有锦上添花，绝无雪中送炭。既然魏忠贤已是将倒之墙、落水之狗，那么就绝无不推、不打的道理。
再过得半月，天下倒魏的奏章自然就像雪片一样飞进宫中，到达我的手中。我要的也正是这种效果!既然魏忠贤的罪行已经被揭发到了这种程度，那么清算的时机就已经成熟。在月底，崔呈秀已先被交吏部勘处。到十月初，我便公开告谕魏忠贤的罪行。说：
“朕闻去恶务尽，驭世之大权；人臣无将，有位之炯戒。我国家明悬三尺，严惩大憨，典至重也。朕览诸臣屡列逆恶魏忠贤罪状，俱已洞悉。窃思先帝以左右微劳，稍假思宠，忠贤不报国酬遇，专逞私植党，盗弄国柄，擅作威福，难以枚举，略数其概……”
接着便是魏忠贤的具体罪行。最后，魏忠贤被发配到凤阳祖陵司香，客氏被送到浣衣局监管，两人家产全被籍没入官。本来照我本意，魏忠贤绝对是个“死”字，但在权衡利弊之下，我还是在大的环境下做出了妥协，把他发配凤阳。据报他离开北京时，用40辆大车载着珠宝，并有战马千匹、壮士八百随行，我那个气啊，这死胖子死到临头还这么威风！不过发配的圣旨已下，又怎么改呢？陪在身旁的白长卿看出了我的心情，上前说道：“万岁，小臣愿能帮陛下除这魏奸，也是小臣的心愿啊。”
过得两日，白长卿从阜城回来禀报，魏忠贤和他的死党李朝钦在寓所上吊自杀。
随之而来的清算，范围不算太大，魏良卿、侯国兴。魏良卿、侯国兴被立即处斩弃市。内阁首辅黄立极被罢免，部院大臣中先后被罢的有周应秋、张续我、孟绍虞、田吉、阎鸣泰、刘绍、苏茂相、杨梦衮、孙杰、孙贞、薛凤翔、刘廷元、吴淳夫、李夔龙等。锦衣卫等一些重要部门也被大换血，田尔耕、孙云鹏、张凌云、陈大同、梁梦寰、白太始、魏抚民、李永贞、李实、涂文辅、王国泰、崔应元、王莅民、魏持衡等等，也先后被罢。其余如巡抚单明翊、朱童蒙，提督刘志选等也先后被革职。其中田尔耕、许显纯先被“论死”，后被处死抄家。李永贞也被斩。崔应元、孙云鹤、杨寰等被充军戍边。客光先、客璠、杨占奇被判“永戍”等等。
在大批罢免魏氏党羽的同时，我还做了一些其他的事。如下令召回诸边镇的镇守中官，使宦官不能再拥有兵权。不久。我又下令宦官非奉命不得出宫门，让宦官失去交接外廷的机会。我还下令免去那些在天启朝被逮捕处死官员的“赃款”，释放他们的家属，为后面的抚恤埋下伏笔。
还有一件事也值得一提，那就是选拔阁臣，在首辅的选择上，我用了原东林党人韩鑛和孙承宗，后者同时还是兵部尚书，还有做事刚正果断的刘鸿训，以及当时人称“东林浪子”名声很大的礼部侍郎钱谦益。而他的礼部侍郎位置则给了出大力气的白长卿，也算三级跳了。
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