连日来，局面确定无法挽回，魏忠贤准备上路了，从那日崇祯皇帝下旨以来，他足足准备了三天，然后才光荣上路，这件事情让朱由检意识到，魏忠贤是不会消停的。而下一件事使他明白，魏忠贤是非杀不可的。因为朱由检很快接到密报，魏忠贤在去凤阳途中，仍豢养一批亡命之徒，其中还有一千名隶属于他本人的护卫和侍从，都是他平时养的私家武装，个个身佩兵器。
这一消息传达宫中，朱由检大怒，随即传令兵部，发出了一道谕旨兼逮捕令：“逆恶魏忠贤，本当肆市以雪众冤，姑从轻发落凤阳。岂料巨恶不思自改，辄敢将畜亡命，自带凶刃，环拥随护，势若叛然。朕心甚恶，著锦衣卫即差的当官旗前去扭解，押赴彼处交割明白，所有跟随群奸，即擒拿具奏，勿得纵容。”跟着就欲命锦衣卫前去逮捕甚至截杀魏忠贤。
朱由检命人诏来凌云冲，在御书房商谈此事。凌云冲进去的时候，见朱由检正站立书房中，低头在看奏折，走上前去，拱手行礼道：“臣参见皇上。”朱由检抬起眼皮，看了凌云冲一眼，不温不火的诘问道：“你怎么来得这么晚？”口气中颇有些居高临下，一派高高在上的姿态和冷冷的距离，和之前礼贤下士的风度和平易近人的态度判若两人。
凌云冲心道：“一做皇帝变得如此之快，一派唯我独尊，至高无上的架势，眼神、做派与当初判若两人，他不是以前那个信王了，他是真正的皇帝。”凌云冲站直身子，不卑不亢的回道：“东厂忙着的事情多得惊人，也很棘手，自魏忠贤离去之后，厂里面还有很多事情需要询问处理妥当。”朱由检道：“那你知不知道魏忠贤在去凤阳途中，私聚亡命之徒，个个身佩兵器，其中还有一千名隶属于他本人的护卫？”
凌云冲听他所言顿时心领神会，开门见山的问道：“这个消息臣也是刚刚知道，皇上急诏臣来，是否要臣前去逮捕魏忠贤，擒拿他回京审判治罪？”朱由检气忿忿的道：“魏忠贤大难当头，竟然还敢如此嚣张，简直就是怙恶不悛。”说着一扬手中的奏折，责问道：“难道你真就这样对他不闻不问，让那个老家伙远走高飞吗？”
凌云冲轻蔑一笑，道：“难道皇上认为那只老乌龟还爬得了多远吗？”朱由检道：“可是他后面还跟着一群大小王八，这么个老乌龟老在附近爬着，实在让人厌烦，真恨不得把他连壳敲碎。”说着眼眸中突然闪过一丝杀机，把手中的奏折摔在几案上。
凌云冲观他神色，已猜到他心意，笑道：“这也不是一件难事，锦衣卫已经准备好了，只待皇上一声令下。”朱由检道：“朕在想，得找一个射杀猎物的好地方。”
凌云冲道：“陆海之滨，天下之大，莫非皇上，皇上喜欢从哪儿把他敲翻打碎，他就要在哪儿倒下来。”朱由检指着案桌上的奏折道：“你看看，这里的这些奏折来自大江南北，通通都是在检举魏忠贤的滔天恶行，罗列的罪状千奇百怪，朕看了也觉得好笑，像这样一个恶贯满盈的人倒在哪里死在哪里其实也是毫不希奇的事情。你说是吗？”凌云冲点头笑道：“是。”
朱由检道：“如果你明白了，就速领锦衣卫去做这件事，要铲除魏忠贤，就不能给他以喘息的机会。你带上林清风的二十一死士一同前去，他们一心想杀魏忠贤，朕就给他们这次机会。所有群奸，一并拿获，一网打尽，免留后患。”
这些死士先前听说朱由检不杀魏忠贤只是流放，极为不满，这伙人与其说是听命于林清风和凌云冲，不如说是他们有自己的诉求和主张，他们对东厂和与东厂勾结的官员恨之入骨，很多人都是有私仇的，他们听说朱由检要留着东厂激烈抗议过，朱由检得知后也几次弹压过。
凌云冲现在奉命接管东厂，统管东厂一切事务，虽然朱由检还没正式下旨让凌云冲任督公一职，但那伙人认为凌云冲这和实际做了东厂督公也就一步之遥甚至已是实至名归，对凌云冲也开始离心。