已经在真新镇休息了两天后，小智觉得现在是时候去橘子群岛了，于是这天就乘着昨天从大木博士研究所那里带回来的比雕，和皮丘、耿鬼一起向彩虹市飞去，小智这次的目标是彩虹市的游戏厅，要去兑换两只伊布，利用和上次一样的方法，小智又赢得了游戏币，不过这次没有得到那么多，不过也够了，小智兑换了伊布后，还剩下一些游戏币，然后看到了一只不知道是什么神奇宝贝的蛋，虽然小智不知道孵出来的会是什么神奇宝贝，不过是火箭队提供的话，应该可以赌一下，于是兑换了下来，然后又乘着比雕回到了真新镇。
“妈，我和小霞、小刚去大木博士研究所了”，在和妈妈说了一声后，小智就和小霞、小刚一起向研究所走去。
“博士，我来交换神奇宝贝了”，小智一进去，就喊道。
“哦，小智啊，这么刻苦，现在还在训练神奇宝贝啊”，大木博士出来后对着小智说道。
“不是啦，我是打算去橘子群岛挑战胜利者杯，所以要带几只神奇宝贝”，小智说出了自己的打算。
“橘子群岛？那是什么？”小霞本以为小智只是来看神奇宝贝的，不知道原来是要去新的挑战，于是好奇的问道。
“那是在关东地区以南的群岛，在大海上”，大木博士听到小霞的问题后解释说。
“啊，常夏之岛，穿泳装的小姐们，真好，真好，我也要去”，小刚听到了大海后，立刻联想到小姐，于是也要去。
“是大海啊，是水系神奇宝贝的乐园，我也要去”，小霞听到大海后，也激动的说。
“哦，对了，你们要去橘子群岛，刚好，我这里有一件事要拜托你”，大木博士这时想起了什么事似的说道。
“是什么事啊？”小智明知故问的问。
“我希望你们为我去橘子群岛的岱柑岛一趟，我希望你们帮我去拿回岱柑岛的神奇宝贝学者内木博士所得到的神秘神奇宝贝球”，博士解释说。
“博士，请他传送给你不就行了吗？”小霞听到大木博士的话后，提议说。
“问题就是没办法嘛，而小茂一下子就离开去旅行了”，大木博士听到小霞的建议后解释说。
“好，我们知道了，不过要等我挑战完橘子群岛的胜利者杯之后才能拿给你”，小智听完后立刻说道。
“反正研究也急不来，你就慢慢挑战吧”，大木博士听了小智的话后，立刻同意说，“我期待你的胜利哦，对了，你这次要带什么神奇宝贝呢？”大木博士这时想到现在来的意图，然后问道。
“皮丘是肯定要带的”，小智指着一边的皮丘说道，“皮丘~”，皮丘听到后立刻高兴的叫道，“还有迷你龙和河马王，再来就是我刚收服的两只伊布，就这些吧，其他的就放在博士这里吧，相信他们之间互相对战、互相训练，一定会有很大的进步的”。
“嗯，知道了，我们去找迷你龙和河马王吧”，说完就率先向后院走去。
在从大木博士研究所拿过迷你龙和河马王，寄放下比雕和耿鬼后，“那博士，我回家带上东西就出发了，再见了”，小智和大木博士告别后，就和小霞、小刚一起向家走去，而小霞和小刚也交换了神奇宝贝，小霞这次带的是波克比、角金鱼、墨海马、玛瑙水母、可达鸭和蚊香蝌蚪，小刚带的则是超音蝠、六尾、小磁怪、化石盔和海星星。
“妈，我们要走了”，在回家和妈妈说了自己要去橘子群岛后，小智就和小霞、小刚在门前和妈妈告别了。
“你们要一路小心啊，小智，你在石英大会得到的徽章和奖杯我都给你放在橱窗里了，我会好好保管的”，小智的妈妈对着小智说道。
“嗯，再见了”，“再见”，“再见”，“皮丘~，皮丘~”,说完，小智三人组又踏上了新的旅途。
为了到达海边，小智他们需要经过一个森林，现在他们就已经在森林里面了。
“这个森林你们不觉得怪怪的吗？”小霞终于忍不住的问道。
“没有鸟叫，也没有虫鸣”，小刚这时也发现了问题的说道。
“皮丘~”，这时皮丘看着天叫道。
“是烈雀群和大嘴雀”，小智看着从天空冲下来的烈雀和大嘴雀说道。
“啊，它们为什么要攻击我们啊”，小霞一边向前跑，一边对着旁边的小智和小刚问道。
“不知道”，小刚也一边跑着一边回答说。
这时小智他们跑到了一棵大树下，“小鬼头，你们怎么来了”，而树上传来了武藏的声音。
“这应该是我们问你们的吧”，小刚立刻说道。
“我们三个被卷入了烈雀跟波波争夺地盘的战斗之中了”，武藏指着一边的树上的波波和比比鸟淡定的说道。
“因为会遭到烈雀和波波的攻击，我们才特别不逃离这里的”，这时小次郎也说道。
“这个时候，你还装酷啊喵”，喵喵听到小次郎的话后，立刻喊道。