继续旅行的小智三人，在海上认识了开船旅行的小美，并且受到小美的邀请，来到船上，继续旅行，朝下一个小岛前进。
“今天天气真好啊，大家都出来吧”，上到船上后，小霞照样把神奇宝贝们放出来，大家都到水里去玩了，当然我们的旱鸭子可达鸭还是只能在船上看着。
“你们也出来吧”，小建也放出了玛力露、毛球和飞天螳螂，小智也让乘龙到水里一起玩，大家一起享受着这个美好的午后。
“皮丘~”，不过好景不长，突然前方出现了大片的黑云，而皮丘的两个脸颊也开始出现电火花。
“大家赶快回来”，海上开始出现风浪，船也因此剧烈的摇晃，小智、小霞和小建立刻收回神奇宝贝，小智抱紧皮丘，小霞也抱紧波克基古，大家只能抱着栏杆，不知道船会飘往何处，不过小智心里已经大概知道怎么回事了，而与此同时，世界各地也出现了各种不同寻常的天气情况，也引起了各类人士的关注。
“居然来到了这里”，虽然海上还是有风浪，不过稍微平稳了一点，小美在船的上方，看着远方说道，“亚细亚岛，橘子群岛海域的尽头”。
‘果然是亚细亚岛，没想到会是现在发生洛奇亚的爆弹，不知道我会改变多少’，听到小美的话，小智心里想到，然后在水流的带领下，大家上了亚细亚岛。
“终于得救了，也许是我们运气好吧”，从船上下来后，小霞就稍微平复了心情的说。
“真的得救了吗？”不过这时小建发现了他们远方出现了许多的带着奇怪面具的人，吓了一跳。
“这不是小美吗？”这时其中一个人一边说着一边把面具摘了下来，是一个女人，而且认识小美。
“哎呀，是小优啊”，而小美也认识那个女人，原来是叫做小优，“从曼陀林分校分别后，算起来有五年没见了呢，不过，那种打扮是什么啊”，随后小美又问小优说。
“祭典啦，从今天起，岛上会有祭典举行”，小优回答说。
“还是当祭典上吹笛子的女巫吗？”小美一听小优的话，就知道了还是以前的祭典，而且小优是充当吹笛子的女巫。
“引退了，我也不是小孩子了，祭典女孩由我妹妹担任了”，不过小优则是说她不再是祭典女孩了。
“什么妹妹，谁是祭典女孩了，我当姐姐的妹妹真是不幸”，然后就看到远方出现了一个女孩子，不过穿着很现代，而且还带着一幅墨镜，和四周的人群看起来格格不入。
“那是什么打扮，祭典用的衣服呢”，而姐姐小优也看着妹妹的衣服不太认同，看来这姐妹俩有点分歧。
“我才不要穿那么老土的衣服呢，而且祭典是从傍晚才开始的”，而妹妹则是回答说。
“真是没办法，那，这是我的妹妹芙萝拉，这样也能当巫女，是祭典的主角，时代真是变了”，小优向大家解释了妹妹后，又吐槽了一下，“这几位是？”随后小优看到了小智三人，于是问道。
“哦，他们是神奇宝贝训练家”，小美介绍说。
“神奇宝贝训练家，喔——喔——”，听了小美的话，大家都激动的欢呼起来，弄的小霞和小建一头雾水，而小智则是知道事情的缘由。
“传说中，跟着世界的毁灭，海之神出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒，指挥者，也就是训练家，你就是那个训练家，这是惯例”，而后从人群中走出来一位老爷爷，并且一边说着，最后指着小智说他是那个训练家，也就是指挥者。
“你是神奇宝贝训练家？”这时，芙萝拉也走了过来，打量着小智。
“你好，我叫做小智”，小智自我介绍说。
“哎呀，不管了，按照惯例，亲一个”，而芙萝拉听了小智的话后就要亲过来。
“哎哎哎，等一下”，而小智看着马上要亲过来的芙萝拉，立刻就慌了起来，虽然美人之吻非常不错，可是……
“你好，我是小智的女朋友，小霞，我不管你们的惯例是什么，不过你不觉得在我面前亲我男朋友非常不好吗”，小霞这时反应过来了，迅速走上前去，挡在小智面前，对芙萝拉说道，尽显女王范，小霞要捍卫自己的所有，这个时候必须强大起来。
“这个……”，芙萝拉听到小霞的话，有点不确定的看着小智。
“是的，我有女朋友了”，小智肯定的回答，毕竟我们的小智是非常专一的，而且是非常的宠小霞，不过也可以说是妻管严啦。
“那，算了”，芙萝拉看着面前表示着‘小智是我的’的小霞，只好作罢，而小霞也因此松了一口气，并且决定以后一定要看紧小智，像小智这样的男生以后的桃花应该还是不会少的。
“来，祭典开始了”，老爷爷这时宣布祭典活动开始了，而小智他们也随着人群加入了祭典当中。
“这边的祭典真的不错啊”，跟着祭典活动了一会儿后，小智他们坐在一旁吃东西休息，小智看着四周热闹的场景说道。
“是啊”，小霞也表示同意。
“是那个女孩，我看出来了”，突然传出一阵悦耳的笛声，而后前方的平台上出现了一位女孩，头戴白纱，一边跳着舞一边吹着笛子，很是梦幻，而小建则是说道。
“芙萝拉”，小霞也反应过来。
“天地愤怒，世界即将毁灭之际，海之神出现，与优秀的指挥者一同平息诸神的愤怒，小智大人，如果你真是那个优秀的指挥者的话，就请给我们看证据吧，到近海的三个岛上拿到三个宝物，然后放到岛上的祭坛上，然后由我来向众神吹奏奉献之笛，这样就结束了”，芙萝拉跳完舞后就走到小智他们面前并且对小智说。
“那宝物在哪里？”小霞这时在一旁好奇的问。
“在各个岛上的神社中”，芙萝拉一边吃着一个水果一边回答说，“而且到岛上去有船，而且到神社上还有楼梯，很简单的”，芙萝拉又解释了一番，看来历年来的祭典都很简单，不过小智想说今年可是不一样的。
“那我们现在就出发吧”，小智想到这件事情越早处理越好，于是想要现在就出发。
“不用着急，祭典要持续到明天，明天早上再去也来的及，放轻松”，而芙萝拉则是觉得事情很简单，不需急着去。
“还是现在去吧，早点结束比较好”，而小智则是坚持自己的想法，“小霞”，随后又叫了小霞一声。
“好，知道了，我们一起去吧”，小霞当然知道小智的意思，是问自己去不去，所以小霞给了肯定的回答，要和小智一起去。
“那我就在这里等着你们吧”，而小建则是觉得在这里等着就好了。
“船我来开吧，先去火之岛”，小美这时也走了过来，说要载小智他们过去。
“出发吧”，随后小智、小霞和小美就出发向火之岛前进了。
“又起风浪了”，船刚到一半，海上就起了风浪，小霞抱怨的说。
而就在此同时，大木博士研究所，“橘子群岛？小智他们现在旅行的地方？”听了新闻说是橘子群岛的海底洋流发生了变化后，小智的妈妈担心的说，而后大木博士也接到了内木博士的电话，说橘子群岛的神奇宝贝们也发生了异动。
“终于到岸了”，经过了一路的颠簸后，终于可以说是“平安”的抵达了火之岛。
“好，我们走”，而小智也和小霞快速的下了船，分别抱着皮丘和波克基古向着楼梯跑去。
“这个天气，还是不要乱动的比较好”，小美这时则是劝说小智他们，毕竟现在是暴风雨的天气，谁知道会发生什么事情呢。
“船长在这里等我们吧”，不过小智说了一声后，就拉着小霞向上跑去。
“这个就是宝物？”到神社的路上可以说是比较的安全，没有发生什么事情，而后就看到前面一个建筑物里有一个红色的发光的珠子，小霞则是问道。
“应该就是这个”，小智则是走上前去，奋力的把珠子拿了下来，而后就看到红色珠子里好像有一股火焰的燃烧，而且还有温温的感觉，“我们去下一个岛吧”，随后小智就想要去下一个岛拿其他的宝物。
“你在这里啊，皮丘喵”，就在小智和小霞要离开的时候，传来了这样的声音。
“火箭队？”小霞一听就知道是火箭队来了。
“…………（火箭队经典台词）。”
“火箭队，我今天很忙，没时间和你们耗”，小智知道今天事态紧急，没有时间浪费在火箭队身上，毕竟一分钟之后的事情都是无法预料。
“是啊，今天天气很不好，不过趁着现在赶紧把皮丘交出来”，武藏则还是想要抓皮丘。
‘呲呲呲呲啦~~’，不过就在这时突然有了这样的声音，而且大量的闪电袭来，皮丘则是因为避雷针的特性而不断的吸收着电流，不过闪电还是太多了，无法全部吸收，闪电到处的肆虐。
“那是？”对于随后出现的冒着闪电的黄色大鸟，小霞非常的好奇。
“闪电鸟，电系和飞行系的神奇宝贝，同样的，也是传说中的神奇宝贝”，小智只好解释说，而与此同时，闪电鸟也停在了神社上，身体四周发出大量的电流，而本来的火山口也全部被电流而改变了。
“怎么回事？”小霞感到自己好像有点飘起来的感觉，很是担忧。
“是电流的作用，电流可以产生磁，四周都已经被磁化了，而地磁场也因此受到了影响，所以产生了这种情况，不用担心”，小智为小霞解释说，好让她放心。
“原来如此啊喵”，喵喵在旁边也随后说道。
“皮丘~，皮丘~”，这时皮丘突然向闪电鸟发出了电流。
“干什么呢，这种攻击根本就无效的”，武藏看到后则是很不解。
“不是在攻击，是尝试交流啊喵，它说这里明明是火焰鸟的岛，为什么要到这里来”，喵喵翻译说。
“皮丘~~~~”，皮丘看到没有反应于是加大了电流的输出，终于使电流缠绕上了闪电鸟，而闪电鸟也随后给了回应。
“它说这个岛的主人已经不见了，既然不在了，就由我来支配这个岛喵”，喵喵在旁为大家翻译，闪电鸟也随后放出更多的电流，好像是要彻底的改变这个地方，来适应自己，不过突然所有的电流都开始向上传去，仿佛受到了什么吸引一般。
“那个是什么？”而后就在大家的眼前出现了一个庞大的飞行物，小次郎吃惊的喊道。
“小智”，小霞也不知道接下来会发生什么事情，有点担忧。
“没事，有我在”，小智握紧小霞的手，给予支持，不过这时突然从飞行物中飞出四个方形的金属物，向着这边飞了过来。
“皮丘、波克基古，赶紧过来”，看到飞过来的东西，小智立刻让皮丘和波克基古靠近自己和小霞。
“啊——”，两个方形金属物突然把小智、小霞和火箭队圈了起来，火箭队尖叫了起来，而后另外两个金属物也把闪电鸟给关了起来，随后带着大家向飞行物飞去。
“是火焰鸟”，进了飞行物后，小智就看到了旁边被关着的火焰鸟。
“原来火焰鸟也被抓来了”，小霞听了小智的话后有点吃惊。
“你们是第一批没有收到邀请信来到这里的人，觉得如何，火之神火焰鸟、雷之神闪电鸟，我的新收藏品”，这时从上方传下来一个人，并且对小智他们说道。
“等一下，大叔，收服神奇宝贝为什么不放在神奇宝贝球里，这样不就是侮辱他们吗”，小霞听了大叔的话很生气，对着大叔喊道。
“我不是神奇宝贝训练家，是收藏家，能用我的眼睛看到的东西，才是收藏品，看吧，我的收藏品，不过不要用手，这样才是礼貌”，大叔说完后，就把小智他们从关着的地方放了出来。
“急冻鸟，开始行动了”，这时大叔前面出现了一段影像，是急冻鸟，“要出来了，冰之神”，随后大叔就又传了上去，完全没有管小智他们，看来是认为小智他们翻不出什么大浪。
而此时，全世界的神奇宝贝们都开始向亚细亚岛前进，大木博士和小智的妈妈也乘上了前往橘子群岛的飞行船。
“现在我们怎么办？”看着被关着的火焰鸟和闪电鸟，小霞总是觉得应该干点什么，可是却不知道怎么办，于是问小智说。
“我们得赶紧把火焰鸟和闪电鸟救出来，不然世界就会发生大灾难，你们看这块石碑上写的，火之神、雷之神和冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡”，小智当然知道事态紧急，可是还是要解释一番，为大家翻译石碑上的文字。
“怎么会这么严重”，火箭队明显是不相信。