在赢得了橘子联盟胜利者杯后，小智他们决定在柑橘岛休息一晚上，第二天再回真新镇。
小智回到神奇宝贝中心后把皮丘从小建那里接了回来，并重新交换了神奇宝贝，现在小智带的神奇宝贝皮丘、吉利蛋、大比比鸟、大铁甲暴龙和乘龙，其他的都传送回大木博士研究所了。
晚上，在小智他们都睡着的时候，突然有人叫醒了小智。
“超梦啊，怎么了？”小智揉了揉眼睛看着把自己叫醒的超梦问道。
“出来一下，有点事要告诉你”，超梦通过心电感应对小智说道，小智也穿好衣服跟着超梦到了外面的草地上。
“什么事啊？”小智坐好后就问道。
“我感觉到了有几个强大的能量在那里”，超梦指着小智的手表说道。
“强大的能量？”小智一边问着一边纳闷的点开了手表，出现了虚拟的屏幕，“哪里啊？”小智一边翻着一边不解的继续说着。
“那里，我感到有好几个不比我弱的能量”，超梦指着屏幕上的‘神奇宝贝’一项说道，而超梦平时就住在那里的。
“这是……”，小智疑惑的点开了‘神奇宝贝’那一项，出现在小智眼前的不再是只有超梦和问号了，而是有好多的神奇宝贝，“是我曾经在游戏中收服的神奇宝贝，从1号一直到649号，而且还不乏闪光（因为XY还没有公布所有的精灵，所以这里先暂时写到649，等XY出来后，会改的，之前的章节也会随着XY公布的时候有所更改的）”，小智看到所有的神奇宝贝后，非常的激动，小智又点开神奇宝贝蛋存储箱，里面满满的都是神奇宝贝蛋，然后小智小心的选择了一只神奇宝贝，出来的是一只狩猎球，“出来吧，百变怪”，没错，小智拿出的是一只闪光的满级百变怪，而之所以拿这只是因为，小智有好多的神奇宝贝都是通过它来生蛋的。
“你好啊，百变怪”，小智高兴的和百变怪打招呼说，而百变怪也高兴的爬上了小智的肩膀。
“超梦，可以听一下我的故事吗？”小智看着一旁的超梦说道，“我其实不是这个世界的人”，看到超梦点了点头，小智于是继续说道，“在我以前的世界，神奇宝贝只是游戏和动漫中的，而我现在的身份也只是动漫中的主人翁，我以前很喜欢神奇宝贝，而这些就是我以前的伙伴”，小智指着百变怪说道，“也许你不太懂是什么意思，不过现在我已经融入这个世界了，你只要相信我会更加的喜欢神奇宝贝就行了”，小智最后对超梦说道。
“真是不明白你说的是什么，不过也不管了，既然已经跟着你了，就只好支持你了”，超梦随后说道。
“对了，超梦，它们是什么时候出现的”，这时小智问出了一直困扰他的问题。
“就在你接过胜利者杯的奖杯时，它们就突然出现了”，超梦回答小智说。
“在那个时候啊，难道是我把关东联盟和橘子联盟都打赢了后，终于到达可以使用它们的训练家等级了吗”，小智突然想到，也只有这个可能了，反正不管怎样，这些神奇宝贝可以跟随自己了，不过在这里对战还是收服新的神奇宝贝比较好，毕竟满级的神奇宝贝去和人家打有点太欺负人，而且也没什么乐趣了。
“好了，我要回去了”，超梦说完就消失了，而小智也被百变怪收了回去，回房间睡觉了。
“小智，我们要怎么回去啊”，第二天早上起床后，小霞对小智问道，毕竟一切都结束了，总不能在接着乘着乘龙慢慢的回去吧，那时间也太长了。
“到凸橙岛去坐回真新镇的联络船就可以了”，小智随后回答说。
“我们赶紧走吧”，而小建则是急着见大木博士，于是催促说。
“出来吧，乘龙”，随后小智就派出了乘龙，“乘龙，拜托你载我们去凸橙岛”，小智随后说道，而乘龙也非常高兴的回应的叫着，大家就乘着乘龙出发了。
不过当大家到达凸橙岛的时候，认识了强哥，并且知道这个岛已经到处都是顽皮弹了，而强哥则是被聘请来的地鼠训练家，在知道了联络船只能在顽皮弹事情解决之后才能开之后，小智他们只好帮忙了，而这个过程中火箭队照样来捣蛋了，不过在强哥的三地鼠和小智的大铁甲暴龙的帮忙下再次无功而返了，傍晚时分，顽皮弹们终于在地鼠的工作下全部转移到了凸橙岛后方的草原，去好好的生活了，而这座岛上的人也回来了，小智他们告别了强哥，顺利的搭上了会真新镇的联络船。
“是真新镇耶，我们终于回来了”，第二天，下了联络船后小智一行人终于走到了真新镇，看着前方的真新镇，小智激动的说。
“皮丘~”，而皮丘也非常高兴的叫着。
“你看，波克基古，是不是很怀念啊”，小霞也对飞走旁边的波克基古说道。
“叫尅古~”，波克基古也开心的叫道。
“大木研究所就在这个地方啊，可以见到大木博士了，我好期待啊”，而小建则是兴奋的说道，“我得把这些要请他看的报告先准备一下，要选那一本呢，又不能请他全部看”，小建突然坐在地上，拿出一摞又一摞的笔记本翻着说道。
“我想，到家里以后再选吧”，小智看着忙着的小建非常不好意思的打断他说道。
“就是啊，小智的妈妈也在家里等不及了”，小霞这时也说道，不过她好像还没意识到这次是见家长耶，虽然上次在亚细亚岛见过，不过那次因为大木博士走的急，没有说上什么话。
“对啊，真是抱歉”，小建抱歉的说道，随后大家就一起向小智的家走去了。
“我回来了”，小智推开自己家的们喊道。
“欢迎回来”，不过从里面传来的不是小智妈妈的声音，而是一个男生的声音，小智当然知道是小刚回来了。
“啊，小刚？”小智他们走进里屋后，小霞就看到小刚正穿着围裙干活呢。
“小智、小霞啊，好久不见了”，小刚回答小霞说道，“波克基古好吗？乖啊”，小刚又对着波克基古说道。
“说什么乖乖啊，你为什么会出现在这个地方？”小霞继续问道。
“你就是小建啊”，不过小刚对着一旁的小建说道。
“你好，请多指教”，小建礼貌的打招呼说。
“小刚，最近过的还好吗？”小智这时和小刚打招呼说。
“还可以吧，你看，我的小磁怪已经进化成三合一磁怪了”，小刚这时指着飞走一旁的三合一磁怪说道。
“小刚，你还没有回答我你为什么会在这里？”小霞显然还是没有知道小刚为什么在这里，于是继续问道，“还有内木博士怎么样了？”小霞终于问到了小刚的痛处了，然后就看到小刚毫无元气的躺在地上蜷缩着一直重复说“拜托你不要再问了”。
“看来是被甩了”，小霞看到小刚这个情况就知道了结果，于是说道。
“啊？”而小建则是不解。
“他常常这样子”，小霞无奈的说道。
“啊，你们回来了”，“帕里”，这时从门口传来了小智的妈妈和吸盘魔偶的声音。
“我回来了”，小智高兴的说道。
“欢迎回家”，小智的妈妈开心的说道。
“小霞，你好不好”，小智的妈妈继续说道。
“我很好”，小霞开心的回答说。
“哦，这是……”，小智的妈妈指着波克基古问道。
“这是波克基古，是波克比进化了”，小霞回答说。
“啊，原来进化了，波克基古，好不好啊”，小智的妈妈继续说道，“对了，小霞，小智已经告诉我你们的事了，以后小智就拜托你了”，这时小智的妈妈对小霞说道。
“哪里，是小智在照顾我了”，小霞听完后，红着脸不好意思的说道。
“啊，小建啊”，这时小智的妈妈看到了小建，对小建说道。
“伯母，请多指教”，小建说道。
“伯母，为什么小刚会在这里啊”，这时小霞小声的问道。
“那是在一个闷热的傍晚，我和吸盘魔偶去买菜，回来的时候碰到了消瘦的小刚，每次问他怎么了，就会出现刚才那个样子，不过在家里和吸盘魔偶做家务后，他逐渐的恢复了”，小智的妈妈解释说。
“原来还发生过那种事”，小霞恍然大悟的说道。
“庭院一定要交给我打扫”，这时小刚跑到庭院和吸盘魔偶强扫帚说道。
“小刚他老是和吸盘魔偶吵架”，小智的妈妈看着他们说道。
“小刚，我们去大木博士研究所吧”，小智这时赶紧对小刚说道。
“好啊，我们快去吧”，而小建听到要去研究所了，激动的说道，小刚也停下了和吸盘魔偶争扫帚了，走了过来。
“妈，这是我打赢橘子联盟胜利者杯获得的奖杯”，小智拿出奖杯递给了妈妈说道。
“太厉害了，妈妈好高兴啊”，小智的妈妈高兴的接过了奖杯，“家里刚好少了一个哑铃，这下子凑成一对了”，不过下一句就让所有的人都摔倒了。
“妈妈”，小智无奈的说道。
“好了，开玩笑的，我会好好保管的”，小智的妈妈一边说道一边把奖杯放到了橱窗了，旁边是小智得到的石英大会冠军的奖杯和八个徽章及神奇宝贝鉴定考的徽章。
“这是徽章”，小智把橘子联盟的四个徽章又递给了妈妈说道。
“好好好”，小智的妈妈很开心的把徽章摆在了胜利者杯奖杯的周围。
“妈，我要去大木博士那里把GS球交给他”，小智随后又拿出GS球对妈妈说道。
“那我要做一大桌的大餐，好好的庆祝一下”，小智的妈妈这时说道。
“那我们走了”，小智他们四人和妈妈说再见后就向大木博士研究所前进了。
“博士，在吗？”进了大木博士研究所后小智喊道。
“是小智回来了啊”，大木博士从里屋出来后看到小智说道，“这是？”看出了飞着的波克基古后，大木博士来精神的说道。
“是波克比进化后的波克基古”，小霞解释说。
“原来进化后会飞了”，大木博士立刻说道。
“大木博士，很高兴见到你”，而小建则是激动的说道。
“博士，这是GS球”，小智拿出GS球递给了大木博士。
“哦，就是这个啊，今天晚上我就拿它研究看看”，大木博士一边把GS球放到架子上一边说道。