“这里是什么地方啊，好大啊”，继续前进的三人，来到了一处岩石遍布的峡谷，峡谷的尽头是一座看起来像博物馆的地方，小霞看着眼前的一切说道。
“这里应该是阿露福遗迹，据说这里有一个慎密的洞口，只要解开洞口的谜题，就可以进入神秘的房间，那里会有很多的未知图腾”，小智解释说。
“好梦幻啊”，每一个少女心中都有一个探寻秘密的梦想，小霞幻想着可以打开神秘的洞口，探寻未知图腾的秘密。
“这里就是阿露福遗迹了啊，这里的水可是非常有名的哦，可以用来泡茶、冲咖啡，非常的不错呢”，小刚则是对这里的水非常的了解。
“这里有好多古代神奇宝贝的化石啊”，走在路上，就发现两侧的岩壁上有好多的化石，“不知道我的化石翼龙、镰刀盔和多刺菊石兽怎么样了”，小智这时看到了化石翼龙、镰刀盔和多刺菊石兽的化石，有点思念自己的神奇宝贝了。
“哦，你的神奇宝贝们都很好，每天训练、玩耍，过的很好的”，这时从小智三人背后传来声音。
“大木博士？”转过头就发现原来是大木博士，小智有点高兴，可以了解自己的神奇宝贝们了。
“化石翼龙，之前都是和喷火龙一起训练对战的，自从化石翼龙去喷火龙山谷后，它就开始和智慧比较高的耿鬼、河马王学习，偶尔去和你的巨大大岩蛇对撞，它们两个都是石头脑袋特性，没错都撞得很凶，哦，对了，它最近还在和卡咪龟对战，希望稍微克服一下怕水的缺点；至于镰刀盔和多刺菊石兽则是因为还保留着凶性，所以每次对战都很拼命，它们就如同最利之矛和最坚之盾，训练之外的时间就把自己埋进河底休息”，大木博士看出小智非常的想知道自己的神奇宝贝的近况，所以就对小智说道。
“对了，博士，你到这里有什么事情吗？”小刚这时问道。
“是我的学生邀请我来的，说是有很大的发现，你们和我一起去看一下吧”，大木博士解释完后还邀请小智他们一起去，因为小智还有很多事情想要问，当然同意了，一起去的路上，小智也从博士那里知道了其他神奇宝贝的情况。之前的神奇宝贝们都是按照小智留下的训练方法训练，突出自己的特点、发挥自己的长处，尽可能的改善自己的不足，比如靠速度的神奇宝贝们速度更加的快速，唯快不破，不断的玩弄对手；消耗流的神奇宝贝们也熟练的掌握了自己的消耗技能，慢慢的把对手体力耗尽；而爆发型的神奇宝贝绝招威力更加强劲，尽量做到一击致命，不给对手翻盘机会；当然新去的神奇宝贝们也开始跟随着前辈们进入了训练的正途，小智一直担心的菊草叶居然是训练最刻苦的，因为刚去的时候一直闹别扭，想小智了，不过妙蛙草直接用藤鞭把它绑走了，几天之后，就看到它正跟随着妙蛙草训练，而这几天之中则是和小智的神奇宝贝们对战，完全被虐了，每次输了，幸福蛋就给它恢复体力，接着再战，它也终于认识到了自己的不足，开始努力的加油，对于小智的爱开始转化为熊熊的斗志。
“大木博士，太好了，你终于来了”，走进峡谷尽头的屋子内，就有一位叔叔非常高兴的迎接大木博士。
“好久不见了，佐竹同学，给你们介绍一下，这是在彩虹大学选修我课的佐竹同学，这时从真新镇出发的神奇宝贝训练家小智，还有他的同伴小霞和小刚，你说有重大发现，我刚好在路上碰到他们，就带他们来了”，大木博士为大家彼此做介绍。
“大木博士，过来一下”，而佐竹叔叔则是把大木博士拉倒一边说悄悄话去了，看来这种大发现还不是什么人都可以知道了，“这件事如果发表出去的话，会引起颠覆学术界的大风暴，所以我才找博士秘密商量的”。
“没事的，虽然小智是神奇宝贝训练家，不过他的神奇宝贝知识可是不比我差的，而且他们一路上也有很多的发现，我因此获益匪浅呢”，大木博士则是表示小智他们不是外人，也许还能帮什么忙呢。
“好吧，这次就破例”，佐竹也看出了博士非常认真，不是开玩笑，虽然对于小智的知识不比博士差有点怀疑，不过还是让小智他们参与了行动。
“那是在干什么啊？”这时小霞发现旁边有一位工作人员正在拿着一个喷水的装置冲洗骨头。
“他正在用水冲洗化石上的泥土和不纯物质，那些是用刷子刷不掉的”，佐竹叔叔解释说，“哎，最近水一直不稳”，突然发现那边的仪器有几秒的间断不出水，佐竹苦恼的说。
“水源是哪里？”大木博士问道。
“就是后面森林深处，那里有丰富的地下水”。
“佐竹研究的是神奇宝贝古代史”，大家一边观看着这个如同博物馆一样的研究所，大木博士一边解释说。
“是的，怎么样，这里有很多的古代神奇宝贝化石”，佐竹为小智他们展示不同的神奇宝贝化石。
“根据研究表明，大家都认为生命是从两百万年前产生的，根据是发现镰刀盔的那个地层，不过我则是认为应该是更早的”，佐竹带大家来到了一处镰刀盔的化石处。
“我记得你毕业论文就是这方面的”，大木博士也回忆说。
“是的，我一直认为的海洋神奇宝贝起源学说一直没有变”，佐竹也表示同意。
“海洋神奇宝贝起源”，小霞这时激动了起来，“我是最喜欢水系神奇宝贝的，神秘感，原来所有的神奇宝贝都是从海洋起源的，这么说神奇宝贝们都和水系申请表有关了”。
“很早之前，水中会有较多的营养物质，随着演化，会产生很多的生命所必须的物质，而细胞膜的出现是很重要的一步，细胞膜提供了一个良好的生命环境，单细胞的生物就因此出现了，后来逐步出现多细胞生物、植物和动物、人类，当然这中间会有许多不为人知的事情发生，也是很多研究家所探讨的问题，神奇宝贝也是生命体，所以应该和人类的产生过程差不多，海洋神奇宝贝起源的确是一个很实际的假说”，小智也随后说道。
“真没想到你真的知道这么多的东西”，佐竹听完小智的话愣了一下，随后说道，而大木博士也为小智感到自豪，小智可是从他那里出发的，是真新镇的骄傲。
“接下来，带大家到两百万年前的世界”，随后佐竹带着大家来到了一处房间，打开门后，就看了生机勃勃的世界，“这里是依照古代神奇宝贝的知识，采用先进的电子技术仿制的两百万年前的世界，那只化石翼龙也是这样制作的，我们把这里做成古代神奇宝贝公园，重建古代神奇宝贝生活的环境，因为还要调整，所以还没有对外开放”。
“那个石头在发光”，继续前进，来到了水边，小霞看着发光的石头非常的惊奇。
“那是发光青苔，太古时代的海边有很多这种东西，这是根据化石分析了解的”，佐竹解释说。