告别了基拉祁，小智一行人继续上路了，而今天上午吃饭的时候，一只大嘴鸥飞了过来，留下了一封信，信里说非常的欣赏小智，认为小智是一位优秀的训练家，所以邀请他来挑战刚研究出来的对战系统，落款人是一位叫做荣格的博士，而小智看到随附的地图后，发现荣格博士的研究所就在不远处，所以欣然接受了邀请，接着四人就向着研究所走去。
“不知道我什么时候也能被大家认为是优秀的协调训练家啊”，走的路上，小遥忍不住的说。
“只要继续努力，这一天一定会很快到来的”，小智回头说道。
“嗯，离秋叶镇不远了，这次的华丽大赛缎带勋章，我一定会拿到手的”，之前小智有说过，不会参加这次的华丽大赛，所以小遥握了握拳头，斗志十足的说。
“啊，那个就是研究所啊，还是第一次看到城堡式的研究所呢”，这时一座建立在河畔的宏伟城堡出现在了大家的眼前，小胜非常地惊叹。
“这些是什么，难道是照明系统吗？”城堡的门敞开着，小智一行走进后，就发现大理石铺就的地面上有很多吐出的半圆部分，小刚不明所以的猜测说，不过这时的小智根本就没有听到小刚在说什么，而是直直的看着眼前，只见前方站立着两个人，其中一人一头灰白的头发，身穿白色大褂，正是大木博士，不过小智的眼光则是被另一倩丽的背影给吸引了，橙色单斜马尾辫，黄色短袖衫，加黄色短裤，背着一个海豹球形的背包，正在和大木博士讨论着什么。
“小智这是怎么了？”看到小智一言不发的向前走去，小胜不明所以，小刚和小遥则是在一旁会意的笑着。
“小霞”，终于走到了跟前，小智轻轻的环住身前的可人儿，喃喃的说。
“小智”，本来突然被人抱住，小霞想立刻挣脱开，不过突然一声低喃使得小霞浑身一颤，随后向后靠进了一个温暖的怀抱，一颗泪珠悄悄的挂在了小霞的眼角，不知道是悲伤还是高兴，而波克基古也和皮丘它们唠家常去了。
“哎呀，真是的，你们俩个好了吗”，看到两人都已经抱了五分钟了还没有分开的趋势，被冷落的大木博士忍不住的说。
“没有，一辈子都不会好”，小智应声回答。
“哎哎哎，好了，小智你到这里来应该是有事情吧，小霞一时半会儿也不会离开你的，待会儿你们再聊”，大木博士一阵扶额。
“嗯”，小智听到后，慢慢松开了怀抱，不过仍是一只手抓着小霞。
“看来，小智到这里来，应该也是受到了荣格博士的邀请了”，小霞这时拿出一封信，笑着对小智说道。
“是的”，小智也把那封信拿了出来。
“我听说荣格七年的研究终于出成果了，所以就陪着小霞一起来了，没想到会碰到你们”，随后大木博士和小刚他们打招呼。
“嗨，小遥，我们终于见面了”，小霞也对小遥说道。
“是啊，之前只有在电话里见过呢”。
“哦，原来之前小智每次煲电话粥都是和你啊”，小胜也终于知道了怎么回事。
“你就是小胜吧，见到你很高兴”，小霞也和小胜打招呼。
“各位，我一直在等你们呢”，就在这时，从屋里走出一位蓝色短发，身穿白大褂的人，“欢迎来到我的研究所”。
“哦，荣格，好久不见了”，大木博士看到来人高兴的说，原来眼前的这位就是研究出新的对战系统的荣格博士了。
“呐呐呐，荣格博士，那个新的对战系统在什么地方？”小胜这时已经迫不及待地想要见一见新的对战系统了。
“各位正身处其中呢”，荣格博士说了一句让大家摸不着头脑的话，“接下来，我就展示给大家”，随后博士拿出一个操纵装置，按了几个按钮后，庭院地上的半圆凸起突然发出亮光，并且之间有光线把他们连接到了一起，形成了一个一个的六边形，如同蜂巢一般。
“难道这就是幻影领域？”大木博士对这个东西还是知道一点的。
“是的，他们可以在里面自由的行动”，荣格博士一边说着一边接着操纵着按钮，几道光线对撞到一起，在大家眼前出现了三只神奇宝贝。
“是镰刀盔、多刺菊石兽和太古盔甲”，看着眼前的三只神奇宝贝，小刚非常的惊讶。
“幻影神奇宝贝，也就是说，你的欢迎系统已经完成了”，大木博士不可相信的说。
“是的，以神奇宝贝的数据为基础，声音、智慧还有躯体，能组成神奇宝贝完整个体的系统，由此诞生的它，理所当然的称为幻影神奇宝贝”。
“和真的神奇宝贝一样”，小胜忍不住的走上前去，摸了摸多刺菊石兽，那冰冷的触觉，仿佛真正摸到了硬壳一般。
“那是当然的，不仅可以参与对战，灭绝的神奇宝贝，稀有的，甚至神秘的神奇宝贝，所有的神奇宝贝都能见到，换言之，这将促进神奇宝贝研究的飞跃发展，那么接下来”，荣格博士说完后，三只化石神奇宝贝就消失了，代替的则是一只波士可多拉，“小智、小霞，有兴趣挑战我的幻影神奇宝贝吗”。
“那是当然的”，小霞对此非常的感兴趣，她还从来没有和丰缘地区的神奇宝贝交过手呢。
大家跟着荣格博士一起来到了一处对战场地，大木博士走到了裁判的位置上，“马上将举行荣格博士与华蓝道馆馆主小霞的神奇宝贝对战，使用的神奇宝贝为一只，当有一方的神奇宝贝失去战斗能力的时候，比赛即为结束”。
“好，去吧，我新的宝贝”，小霞看到对方已经准备就绪，接着派出了自己的神奇宝贝。
“是美纳斯”，看到小霞派出的神奇宝贝，小遥大吃一惊。
“虽然姐姐他们出去旅行，不过在路上收复了几只神奇宝贝，不久前，小智告诉我，笨笨鱼可以通过携带绮丽鳞片通信进化，所以就有了现在的美纳斯”，小霞看着美纳斯也是十分的高兴，毕竟谁都无法抗拒美纳斯的美丽。
“女士优先，就由你先攻吧”，荣格博士很绅士的把先攻权让给了小霞。
“美纳斯，水炮”，小霞也没有推脱，直接让美纳斯使用了水炮，一道粗壮的水柱应声而出，直接命中了对面的波士可多拉，激起一阵烟尘。
“命中了，而且是效果拔群”，小胜在一旁激动的喊道。
“吼”，不过结果却出乎大家预料，烟雾散去，波士可多拉大吼了一声，完全看不出伤势。
“这怎么可能？”大家看到后都非常的不敢相信。
“波士可多拉，使用沙尘暴”，
“液体圈”，面对波士可多拉的沙尘暴，美纳斯的身体周围出现了许多的水圈，把美纳斯环绕了起来，这样就把沙尘暴对美纳斯造成的持续伤害给抵消了。
“电磁波”，
“美纳斯，魔装反射”，荣格博士看到沙尘暴没有什么作用，所以继续选择了干扰技能，可是美纳斯身体发出一道绚丽的白光，使用了魔装反射，电磁波直接就被反弹了，波士可多拉反而被麻痹了。
“波士可多拉，使用种子机关枪”，就在一切按部就班，小霞看起来稳占上风的时候，荣格博士突然让波士可多拉使用了种子机关枪，黄绿色的种子朝着美纳斯喷射而去。
“什么？”小霞看到种子机关枪大吃一惊，“使用暴风雪”，不过随后就反应了过来，让美纳斯使用了暴风雪，冰封了种子。
“这怎么可能，波士可多拉是不可能使用种子机关枪的”，小胜这时立刻问道，这已经打乱了他的认知。
“因为它是一只幻影神奇宝贝，可以通过操控输入的数据，来自由改变属性和绝招”，荣格博士解释说。
“如果是这样的话，那么就没有比下去的必要了，神奇宝贝是有生命的，每一种神奇宝贝都有自己独自的特点，正是他们各自的属性和特有的绝招，才使得神奇宝贝多彩多姿，你的系统如果是这样的话，那就根本没有研究下去的必要了，它对神奇宝贝的研究没有任何的作用，它只是一堆堆砌的数据罢了”，小智在听到荣格博士的解释后，就把小霞拉了回来，阻止了小霞继续战斗，因为他认为这是没必要的，“博士，如果没什么必要的事情了话，我们就先走了，我们还有很多话要说呢”，小智随后对大木博士说道，接着就拉着小霞向门外走去。
“哈哈哈哈哈……”。
“什么人”，小智和小霞还没走出去几步，突然传来一阵很浑厚的怪笑声，大木博士听到后立刻看向声音传来的地方。
“居然说幻影神奇宝贝只是一堆数据”，大家一起看向声音发出的地方，就看到在研究所的阳台上有一个身披披风，脸带面具的人，“那我就让你看看幻影神奇宝贝的厉害”，随后那个人也拿出了一个和荣格博士一模一样的控制仪器，按下几个按按钮后，突然院子里出现了好多的神奇宝贝，镰刀盔、多刺菊石兽、化石翼龙、太古盔甲，各种化石神奇宝贝，还有怪力、圈圈熊等看起来力量巨大的神奇宝贝。
“荣格博士，这是怎么回事？”看到凭空出现的神奇宝贝群，大木博士质问荣格博士。
“我也不知道是怎么回事啊”，荣格博士操纵着手里的控制仪器，不过突然就自己爆裂了开来。
“这个幻影领域已经归我所有了，我是幻影的主谋者”，那个神秘人则是说道，自称为幻影的主谋者。
“现在怎么办？”小遥看着眼前这么多凶神恶煞的神奇宝贝，有点六神无主。
“看来没办法了，小智”，小霞则是再次拿出了一个神奇宝贝球，随后对小智喊了一声。
“嗯，好久没有一起战斗过了”，小智也一边说着，一边拿出了一颗神奇宝贝球，“阿勃梭鲁，决定是你了”，小智派出了刚收服不久的阿勃梭鲁。
“去吧，我的宝贝”，小霞也随后把神奇宝贝派了出来。
“是暴鲤龙，又是一只强力的神奇宝贝”，看到小霞的神奇宝贝，小胜吃了一惊，明明比姐姐大不了多少，可是差距怎么这么大。
“阿勃梭鲁、暴鲤龙，mega进化”，小智和小霞笑着对视了一眼，小智右手按住左手腕带上的键石，小霞则是右手食指和中指按住胸前悬挂的吊坠上的键石，两股能量分别和阿勃梭鲁、暴鲤龙身上的mega石相呼应，能量撕裂开来后，出现在大家眼前的是胸前毛发变为白色双翼的百万阿勃梭鲁，和百万暴鲤龙。
“我们怎么办？”小遥看到后呆了一下，随后恢复过来。
“我要去把这里的事情告诉君莎小姐，想这么复杂的事情只有我才能解释清楚”，小刚则是一边幻想着一边说道。