咸丰三年六月五日，太平军攻陷金陵外城，次日从水西门攻入金陵内城，宣告六朝古都金陵就此沦陷。
洪秀全进城后，立即下令全城搜捕旗人，就地处决，私藏旗人者灭九族，杀旗人者可得赏银五两，城中汉人纷纷响应，使得城中数万旗人无处躲藏，尽数被屠戮。
随后洪秀全像以前一样，将城中豪强富户集中起来，抄没财产，但凡有命案在身者一律处决。
然而，令洪秀全悲催的是，金陵城内不论是官府仓库还是富户家的地窖都空空如野，但凡金银珠宝钱粮米面等值钱的东西都不见了，原来都已经被李家军给搜刮走了，整整装满了四百多艘大船，可见整个金陵的财富几乎都落入李卫国之手了。
“这李卫国实在太招人恨了！”
洪秀全咬牙切齿，如果不是看在李卫国给他两船军火的份上，恐怕他会立刻翻脸，调兵遣将去打李卫国的老窝上海，夺回那四百多船物资。
好在太平军一路从广西杀到金陵，攻陷几十座大小城池，屠戮几十万旗人和豪强地主，所得金银财宝钱粮米面数以千万计，所以暂时军队并不缺钱缺粮，也就不跟李卫国计较了。
当然，这也是因为洪秀全的注意力转移到了杨秀清身上的缘故，两害权其轻，这才暂时不理李卫国的洗劫金陵的事情。
原来，太平军攻陷金陵后，洪秀全主张继续全军北伐，打到紫禁城一举消灭满清帝国。可偏偏杨秀清反对，任务金陵乃六朝古都，有王霸之气，先建都而后徐徐图之。
洪秀全和杨秀清争执不下，结果杨秀清又来了一次“天父下凡”，在众人面前斥责洪秀全蠢货，逼着洪秀全在金陵建都，从而使得洪秀全更加恨杨秀清了，密令洪宣娇、林凤祥、李开芳、苏三娘等军帅师帅，准备干掉杨秀清和他的党羽，因此才忘了李卫国洗劫金陵的事情。
最终，洪秀全屈服，听从了杨秀清的提议，将金陵改为天京，作为太平天国的首都。
而杨秀清也突然接到密报，意识到洪秀全对他的态度大幅度转变，此时杨秀清的势力还不足以跟洪秀全全面抗衡，他没有把握取洪秀全而代之，所以选择示弱。
为了安抚洪秀全，杨秀清于是提议扩建金陵皇宫，给洪秀全建造更加华丽的皇宫，并选拔美女三千名作为洪秀全的妃子，供他淫乐。
洪秀全一开始自然不领情，不过很快他发现金陵的美女真的好多，比他之前在广西纳的那些客家女人又白又嫩又水灵，经过连续多个“七次郎”后，洪秀全顿时迷恋起女色来，又见杨秀清主动服软讨好他，于是取消了除掉杨秀清的计划。
不过，洪秀全秘密跟洪宣娇、林凤祥、李开芳、苏三娘等人策划除掉杨秀清一事，最终被人泄露给了杨秀清，使得杨秀清对这些怀恨在心，欲除之而后快。
另一边，太平军攻陷金陵、大肆屠戮旗人并在金陵建都的消息接连传回紫禁城，咸丰帝顿时震怒，当日呕血半升。
第二天，咸丰召开御前会议，商讨对策。
奕欣作为军机大臣，这时第一个发难道：“启禀皇上，两江总督陆建英和江宁知府吴良不思忠君报国，临阵脱逃，他们下令洗劫金陵百姓，裹挟大量财物逃离金陵，请皇上下旨严惩！”
肃顺急忙道：“皇上息怒，陆建英临阵脱逃虽然有负皇恩，但这也是因为李卫国擅自率军离开金陵，导致金陵防御空虚，这才给叛军有机可乘，陆建英手中无兵丢了金陵情有可原，倒是李卫国擅自带兵离开金陵，致使金陵陷落，还请皇上将他撤职查办！”
肃顺这招转移话题非常有效，旁边的奕欣眼看着咸丰表情不对头，急忙说道：“皇上，李卫国并非私自带兵离开金陵，而是在金陵外大胜关一举击溃叛军主力后乘胜追击，一路收复安庆、九江等城池，乃是朝廷功臣，何来有罪？再说了，李卫国出兵也是应钦差大臣兼湖广总督耆善大人的命令。”