永昌二年随李锦联明抗清。
永历七年，出没于湖北省兴山县的茅麓山，称夔东十三家。
永历九年，立“圣帝行宫碑”。
永历十年十二月封临国公。
顺治十六年，清军深入云南追击永历帝，李定国势孤，他与诸将攻重庆，牵制南下的清军。
康熙元年，清军集中主力，分路进攻他奋战数年，最后据守茅麓山九连坪。
康熙三年，清兵围茅麓山，来亨举家自焚。
李来亨的军事抗清生涯占据了他大部分领兵岁月，他的一生主要光阴都是在与满清作斗争中度过。
虽然最后自尽而死，但他抗清御侮的英雄气概、不屈不挠的民族精神、杀身成仁的民族气节，与山河同在，与日月同辉。
少年时因灾荒父母双亡，李锦收为义子。
1645年5月17日，李自成在通城九宫山遇害后，其妻高夫人召集农民军20余万人，并在李锦、高一功等决策下，实现战略大转变，与南明政权合作，共同反清，授都督同知总兵，封三原伯。
顺治五年，抗清队伍中的军阀、野心家孙可望悍然围攻由贵州入蜀的高一功、党守素、贺锦、李来亨部。
只有李来亨力战得脱，高一功等均被杀，南明抗清大业岌岌可危。
“沧海横流，方显英雄本色。”李来亨挺身而出，继续高举抗清大旗，召集所部数万人，经过多次血战，率领部众自贵州进入川、鄂边境。