众人不意如此，不由一阵错愕，但听袁崇焕已厉声喝问道：“毛文龙到底该不该杀？”
见袁崇焕威风凛凛地手举尚方宝剑，毛文龙的部将先自怯了，再念及毛文龙的种种不堪，尽皆唯唯诺诺，没人敢出声。
袁崇焕心里有了底儿，愈发威严，再三问过，终有多受毛文龙恩惠者嗫嚅道：“毛文龙虽其罪当诛，但他开创东江，奋力杀敌，还是有些辛苦的……”
“咱不过暂时压制住了毛文龙的部将，只要有人肯出头，场面指不定立时就会陷入混乱，后果不堪设想哪。哼，咱绝不能任由那种情况的发生。”
快如闪电地想着，袁崇焕哪敢让他说下去，打断了他，故作愤慨地道：“毛文龙原不过一布衣，侥幸建功，朝廷许以高官厚禄，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他又怎么敢如此悖乱违逆呢？”
说着，冲向京城的方向跪了下来，磕头道：“皇上哪，臣袁崇焕奉旨诛杀罪将毛文龙以整顿军纪，臣请求只杀其一人，恕其他人无罪，若有跟毛文龙一样忤逆犯上的，臣发誓一并诛杀。”
听了他这一通说辞，众人一齐看着他，哪里还有人敢再说？
见目的已经达到，袁崇焕暗想：“毛文龙死了，岛上的将士可不能就此散了，咋办呢？对了，就这么办。”
拿定了主意，缓缓起了身，道：“皇上虽有抛尸的严旨，但念及文龙生前曾立过战功，矢志抗敌，也算是崇焕志同道合的好友，崇焕决定冒死抗旨，来人哪，把文龙的尸体用棺木装了下葬。”
“看来，他果是在奉旨行事，也怪不得他。公事之余，居然不忘私谊，他也算是有情有义之人了。”众人纷纷暗自想着，对他已经由恐惧转向理解，虽仍没有人应声，却还是默默地依他所言把毛文龙下了葬。
“嗯，这招果然有效。”袁崇焕暗道了一声，命人准备了酒肉等祭品亲往祭奠，流泪道：“你走好，莫怪袁某杀你又祭奠你，袁某杀你，是因为朝廷的律令，祭奠你，是出于同僚、友人的感情。
你知道的，袁某一向公私分明，为了皇上的复辽重托，袁某更是战战兢兢，不敢有丝毫的因私废公……”
他原本不过假意为之，诉说着，不觉联想到了自己，情动衷肠，竟是涕泪俱下。
众人不知其意，深为感动，唯恐他伤及身体，一齐过来扶起了他。
他没想到自己的失态居然收到了自己尽力要获得的效果，心中大喜，佯作用衣袖抹了抹泪，清了清嗓子道：“文龙之过，乃文龙一人之过，不该殃及众人。本督师决定，收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。
所属士兵二万八千人为四协，分别由毛承祚（毛文龙的儿子）、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。
犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除毛文龙的苛政。”
说完，他冷冷地扫了众人一眼，问道：“诸将还有异议否？”连问三遍，见众皆无语，知岛上的大局已定，又道：“好，既然诸将再无异议，即行交割整编，废旧立新，三日内完成。”
应该说，他这安排正是岛上诸将所期盼已久的。待他说完，径直进了总兵府，诸将立即按要求行动起来。三日后，各部均已按要求完成交割整编。他亲自视察过，才放心回宁远。
回到宁远，进了督师府，何可刚见他仍闷闷不乐，不由纳闷道：“事情虽有惊却无险，还算顺利，您怎么还这样？”