这龟鹤丘井阵的来历还颇有一番历史渊源，讲述起来也要颇费一番口舌，但因其事关重大，在这里也不得不对其进行一番粗解。
龟鹤丘井阵其实分为两个层面，最早可以追述到远古时期，它的雏形是由人文始祖轩辕黄帝创造的丘井法阵，这相当于是低配版的初级阵型，也是迄今为上，有记载的最古老、最基本的阵型。后来经过诸葛亮不断完善提升，并加入了一些元素，最终成形为龟鹤丘井阵的终极版本。
为了把这龟鹤丘井阵表述清楚，让大家有更容易理解，只能将其分为两个层面来阐述。先说这最基本的丘井阵，据史料记载：“黄帝兵法，世传握奇文”，“考其辞云：四为奇，四为正，余为握奇。奇，余零也。”意思是说这种“握奇阵”是轩辕黄帝首创的阵法，实际上是将一支军队分为八个小方阵，其中有四正、四奇，总共为八阵，按“井”字形排列、环形配置，大将居中掌握，称为“握奇”。
而阵中的军队环卫前后左右，形成八个活动区域。能够达到一处受敌，多方可以支援的目的。“而其阵型就像一个“井”字，一旦分开，就是九个独立的区域，上下左右中五方为阵法之地，其余四角为闲置之所”。
“前、后、左、右、中、共分为五个主要的正方位，加上四角的辅助区域，一共是九处的区域，这九个区域既可以紧密联系在一起，又可独立成阵，自行御敌。若除去中央大将指挥的位置，则又可以变成是相辅相承的八个阵型，根据站场的变化和需要，进行轮转。
这样这个阵型就集齐了五、八、九之数，阵法也就有了千变万化的基础。临敌交锋的时候，可以灵活运用，依势而变，前阵可变为后阵，后阵也可以转换为前阵，就这样旋转不休，诸部相连，斗阵虽乱，而阵法却不为所乱！这便是丘井阵的雏形，也是轩辕黄帝创建丘井阵的初衷！”
这样一来，大家可能会觉得中间实为空虚，但其实天地万物的变化就在虚虚实实之间，虚实也可以相互转换，虚是实之初，而实是虚之果，所谓万变不离其宗，就是这个道理。
而在丘井阵当中，这中央是指挥四方八面的核心和关键，从八面之内的兵将来看，它确实是虚的，而其实这中央才是四面八方起变化的开端！就像是电脑的中央处理器，能够发出明确的指令，指挥其他几个板块的运动。
四个正位兵多将广、刀枪林立，这是实打实看得到的险境，而角上四个位置看似平静，但那里面更多的是看不到的陷阱，而这些并非一成不变，它会根据战场的变化和居中主将的指挥而发生改变。
敌人在进入军阵的时候，一开始看到的可能是一片一马平川的开阔地，但这个阵法是可以随着中军的指挥而变化的，他可以发动敌人所在位置的陷阱，将来犯之敌人陷入其中，然后再用相应的手段将其消灭。
既然这个阵法是动态的，那就更要小心应对才好，因为前面的路可能步步是陷阱，处处是危机，稍有不慎，便会陷入万劫不复的境地。
这丘井阵法因为年代久远，知晓面也不广，所以现在已经很少有人知道了，最初也是一种军阵，相传是黄帝在与蚩尤作战的过程中，创造的一种攻守兼备的阵法，其形状与河图洛书倒有几分相似乎，这应该算是我国所有阵法的鼻祖，其后的诸葛八卦阵和李卫公兵法中的六花阵都是从这里面衍生出来的。
这丘井阵法又叫《握奇文》，这里的奇读JI，通“机”的意思，其核心意思就是希望为将者要有随机应变的能力，能够随时把握住战场上稍纵既逝的机遇，从而创造出最辉煌的战果。
后来诸葛亮在轩辕黄帝丘井阵的基础上又加入了乌龟和仙鹤的元素，将其升级完善成了龟鹤丘井阵。
读者可能要问，诸葛亮为什么要加入乌龟和仙鹤的元素，而不加入更厉害的龙、虎或者是传说中其他一些猛禽异兽的元素呢？为什么这乌龟仙鹤在他的心目中有如此重要的地位呢？
这个我们就要从诸葛亮早年的求学经历和相伴他一生的两大法宝说起。
大家都知道，诸葛亮有两大法宝终日不离其身，其一为八卦衣，其二为鹤羽扇，这两大法宝的来历颇有一些神话色彩，在些可以略表一番。
据民间传说，诸葛亮的八卦衣是千年神龟背壳所化成的神物，披在身上不但可以刀枪不入，水火不侵，而且看问题能明察秋毫，分析事情更能入木三分；而他手中的鹤羽扇是黄月英送给他的定情信物，也是一件不可多得的神器，拿在手中可让人通晓天地，料事如神。
诸葛亮在少年时代，曾经从师于水境先生司马徽。由于他天资聪慧，而且学习又特别刻苦，所以不但司马徽非常赏识他，就连他的师母也对他很器重。