徐树兰家有藏书四万余卷，蔡元培如鱼得水。从20岁到23岁的四年里，在此读书，可谓收获满满，学问也有大进。
他为徐氏校刊了中的四部书，、、、以及等若干书著。这期间，他的读书已“渐从泛览百家进入学有归旨”的境界。
如他自己所说：“治经便于故训及大意。治史偏于儒林文苑诸传。艺文志及其他关系文化风俗之记载。”
值得注意的是，这期间他受到常州学派今文经学家的影响很大。有段时间，他“读庄方耕氏、刘申受氏、宋于庭氏诸家之书，乃致力于，而佐之以。油油然寝窥于其间”。
经学是指中国古代研究儒家经典学说并阐明其含义的学问。
今文经学一般是指经学中研究今文经籍的学派。今文经，是指西汉学者用当时通行的隶书传授的儒家经典。
今文经学的常州学派，则是指清代乾隆、嘉庆年间出现的，以庄存与、庄述祖、庄绶甲、刘逢禄和宋翔凤为代表的，研究的今文经学派。
特别是庄存与、刘逢禄和宋翔凤，是常州学派一脉相传的中坚人物。并且，他们的研究已经有了时代元素，所谓“常以微言大意比附现实。初启后来经世致用的端绪”。
庄存与，字方耕，号养恬，江南武进人。幼诵六经，尤长于，乾隆十年中乙丑科一甲第二名进士，授编修，迁内阁学士。入值南书房及上书房。乾隆二十一年，督直隶学政。官至礼部左侍郎。
性格耿直清廉，在浙江督考时，巡抚送他金子他并没有接受，后来巡抚给了他一个二品官员的顶戴，他接受了。
等到了路上，随从对他说“那帽子顶上的可是真珊瑚，可值一千两金子。”
庄存与大怒，说：“你为什么不早说”。
于是，奔驰千余里将帽子归还。
他当讲官的一天，皇上亲自驾临文华殿，讲习完毕，同朝为官的人正在等待皇上起身离开。
“公忽然奏告皇上说讲的文章有错误”，说臣的意思是不能这么讲。于是，捧着书本近前讲解。同朝为官的人大惊，皇上为此停留了一会并对他的讲解点头认同。
庄存与为今文经学常州学派首创者。
刘逢禄，是清代经学家，字申受，号申甫，又号思误居士，江苏武进人。年十八，补博士弟子员。年三十二，举顺天乡试。嘉庆十九年成进士，改翰林院庶吉士，散馆，授礼部主事。道光四年，补仪制司主事。于礼部十余年未迁。卒于官。逢禄祖纶，官至大学士。
庄存与是他的外祖父，对他影响极大。
著有三○卷、一卷、二卷、一卷、一○卷六卷、二卷、二卷、一五卷、一卷、、无卷数、一二卷，俱行于世。又有、、、各一卷、一二卷、一卷、一卷、一卷，等等。
宋翔凤，字虞庭，一字于庭，江苏长洲人。生于乾隆四十四年，卒于咸丰十年，享年82岁。其母是庄存与之侄庄述祖之妹，他常“随母至常州，得闻庄氏今文经学”。庄述祖说他的两个外甥“刘甥可师，宋甥可友”，刘谓刘逢禄，宋谓宋翔凤也。嘉庆五年中举人，选为泰州学正，历官湖南新宁、耒阳等县知县。咸丰九年以名儒重宴鹿鸣，加衔为知府。宋翔凤为学，把阐扬微言大义的经典从扩展到等多部经典，把义理阐发的重点从政治方面转移到伦理道德方面。
宋翔凤也深谙考据学，著作还有10卷、2卷、6卷、1卷、2卷、1卷、1卷、1卷、1卷、6卷、1卷、1卷、16卷以及、、等。其中一书，是其考据学的代表作，在晚清经学扎记诸书中成就较高。
清代今文经学派。因创始人庄存与﹑刘逢禄都是常州人，故名。最初根据今文经说，故亦称"公羊学派"。
鸦片战争前后，龚自珍﹑魏源以经义，发挥政见，抨击封建专制制度的腐朽。光绪年间，廖平分析经学，详论汉今古文学的歧异，以为古学系伪造，今学乃孔子自创新制。后来康有为利用今文"托古改制"，作为戊戌变法的理论依据。
此时蔡元培对今文经学兴趣浓厚。甚至发愿要编辑。这对于他后来积极投身于社会变革潮流，有着必然的关联。