第二种对世间万物的解释办法是小球所组成的分子、原子模型。在这个新的理论体系之中，物质仍然存在元素概念，但是这时的元素已经被拆解为以质子数量为基准来划分种类，比起之前的“泛元素说”，这样的分类更加科学，可以量化，可以制订标准，这样的观念使得当时出现了一个直到现在都会在历史中被有意提及的繁荣年代。
不过接下来，甚至直到不久之前，对于微观世界的观察被卡死在第三层理论体系之中，在之前的第二种理论体系里面，原子的模型与行星系类似，原子核在中心位置充当恒星的角色，而电子则是在外侧充当行星，这是这些微小的“行星”的运行轨道相较于宏观的喻体来说要离恒星更加遥远就是了。
然而并非如此：在大型对撞机的超高能碰撞之中，原子破碎所展现出的现象揭示原子结构远远不止质子中子电子那么简单，在它的内部还存在介子和轻子等更加微小神秘的结构，然而，问题从这里开始严重起来：对微观粒子无法进行精确观察和操作了。
观察者效应在影响着一切。
强行的细微观察表明，从强子尺度开始，这些微小的结构看起来就像是处于极度压缩、高度振动的细“弦”，不过从这个时候开始，观察将会对观测对象造成明显的影响，不确定性原理使得联邦科技只能另寻它法，对于微观世界，则止步于利用宏观手段进行干涉了。
而对于规律，联邦科学观对于宇宙规律的看法除了一段小小的狂妄之外，绝大部分时候都相当的“逆来顺受”。
“宇宙规律是自宇宙诞生之日便奠定的运行基础，我们没有权力，也没有能力去撼动这些太初砖块一分一毫。”在那短暂的狂妄期中，联邦当时认为特大数量光子纠缠效应可以实现超光速的信息传递从而打破了光速壁垒的限制，因而在那一段时间中联邦人将自己视为神明，对任何自然规律都不屑一顾，换而言之，那也是一个疯狂作死的年代。
然而后续的发展则是狠狠的给了这些狂妄的家伙当头一棒：光子纠缠在三维中看来的确是超光速，不过它的本质则与高维性质跃迁的基本原理一样。当处于纠缠态的光子被拆分之后，这一对光子是有一种“重组”的趋势的，但是在外部手段的压制之下，它们并不能真正做到重组，不过这里要注意，即使目标无法达成，但是趋势还在。
在第五到第九的某一个维度中，相互纠缠的光子会对这个维度施加一种类似于拉力的存在，从而使得处于纠缠态的光子会在高维之中被相互拉近，巧合的是，这种相互的“拉力”会随着两光子的互相远离而增强，当这种趋势力被空间原本的回弹性平衡之后，两光子之间恰巧会处于一个固定的距离值，这个距离值在光速传讯所允许的延迟之内。
即使是直接并入现在所存在的全部模型结构，与之有关的全部解释和最终定论也都存在牵强之处——甚至如果不负责任得去推断，这些内容看起来从某种意义上来讲更像是研究者与客观理论达成了某种彼此之间的妥协。
不过现在，这些贴近于实际应用学理论，可以说历经时间考验，看起来算是完全站得住脚，可以被认为是真理的规律，却要被推翻重组了——至少需要改头换面重新解释了。
在联邦的数据库录入中心里，艾森德尔正躺在一个胶囊形状的封闭舱室之中，在进入深度睡眠之后，大脑的底层演算处理能力可以被更大程度的激活，从而实现极高的交互效率，不过现在开来，艾森德尔在梦里几乎是要被新材料的编写憋得抓耳挠腮面红耳赤了。
“我……不可思议，真是不可思议……那么多亿年前的那帮疯子到底是怎么鼓捣出这一套规律的……”在意识控制的虚拟环境中，艾森德尔面对着自己面前疯狂刷新的各种运算结果和模型模拟运作几乎无可奈何。
在十几亿年之前信息大一统理论刚刚成形的时候，参与这个理论的那一代科学家早已去世，但是他们却将这一套理论编组的几乎完全自洽，目前所出现的问题是部分解释的缺失，而艾森德尔的工作就是要将这些缺失的项目补上。
对于物理规律和世间法则，现在的数学模型以及波动–映射影响联合方程已经可以做出解释。
目前可以确定的是它们是宇宙本底信息在创世大爆炸时期就形成的固有“映射”，每一种规律，就是一种独特的映射关系，就像数学体系中的函数一样，而有些规律浅显易懂容易利用，它们看起来就像处于表层——
例如低速力学，对物体施加一个力，就能使物体产生相应的移动或者移动趋势，前者即是自变量，后者则为因变量，而映射关系则在其中起到转换作用。而深层的规律，比如高维空间的宏观展开，世界碎块湮灭的原理等等，要是想利用这些映射，那么需要的自变量可能并不会有本质的变化，但是使用难度则会提升十几甚至几十个数量级，这样严苛的发生条件，自然发现和利用的难度就要高得多，被称之为“深层规律”也就无可非议了。
现在的一个主要问题是：万事万物的性质定义更迭，怎么用信息大一统来解释物质？又如何解释长久以来一直被认为是依附于物质的意识和灵魂灵魂的定义究竟如何它们之间差距究竟在哪
艾森德尔目前有两个猜测，都不违反已知的信息大一统规律，但是，这两种猜测的实际模型，可能是天差地别：
第一种猜测，是一切的一切，都是由一种微小的，与目前的量子地位类似的，绝对不可再分的信息元来组成万物，然后在信息元聚拢，凝固的一系列变化中，体现出宏观的性质，就像原子，它们本身的几种主要组成物都是互通的，但是在按照不同的方式堆叠组合之后，所形成的原子之间所能体现的物质性却千差万别，这种猜测就是将以往的老经验再推广一下便是。
然而这样就有一个问题：基础信息元如果作为一种固定存在，并且是由它来组成一切，那么包括宇宙，晶能甚至其他可能存在的所有信息稳定态都会面临一个问题：不连续。
以一种固定存在的基础信息元来构成万物，在这些过程中，它是如何逐渐从晶能那种状态改变为普通的物质态，这其中到底会出现什么变化，会因为什么因素导致这些暂且不说，生物方面的分化和基因表达可以被用来举例，但是！
万事万物的最初来源，都是宇宙之外那片理论中的无尽之海，一切的一切都是从那甚至连“描述”这个概念都不存在的地方诞生，从这里的诞生之物有无数种可能，然而他们却会以一种同样的基础结构构成，同样存在不连续的特性？这看起来与信息大一统的前论相矛盾。
第二种猜想则是，物体本身就是一团信息，无论何种，都以一种自洽的方式组合而存在，与之前不同的是，物质的一切性质，本身就是它信息的体现，例如一个铁块，它的硬度，质量，体积，颜色等一切性质，就是组成物体的信息体现——某些属性映射在出现之初便已经确立，智慧生物是去利用它们。
或者说，构成物质的信息聚合体最终稳定之后，它所最终保留下来的信息表述条目塑造了目前所认识的物质性质。
“……但是，无论哪种模型，都很难完全恰当的解释一切啊……甚至这其中主观与客观之间就已经有了极大的区别……”