这个子午谷和当初三国时魏延“子午谷奇谋”选择的路线已经不太一样，历朝历代对子午道都有修缮，到了明朝时，沿途已经有不少集镇和巡检司。以农民军的行军能力，这条路足够他们使用了。
陈奇瑜在陕西为官多年，总不至于连这条路线都不知道，但是他觉得自己和练国事的兵马离西安很近，并不觉得西安的防务值得担心。
洪承畴却清楚，流寇攻城多有诡计，如果李自成排开阵势强攻西安，当然不可能在陈奇瑜和练国事赶来增援之前拿下，可是如果他使用偷袭、内应、伪书之类的手段，突袭西安得手呢？郑、潞、襄三藩全都栽在了闯军的偷袭上，再不长记性可就太大意了，简直是记吃不记打。
现在五省总理之职刚刚设立，权责划分还不明晰，西安要是丢了，洪承畴也难免吃瓜落。所以，洪承畴还是决定亲自出手，消灭这一潜在威胁。他从驻地固原长途跋涉一千三百余里，先分了一部分督标兵加强西安防务，然后抢先一步穿越子午谷，来到了汉阴县。
洪承畴守住了汉阴县、方山关、池河口、石泉县、饶风铺、子午镇一线，既封住了子午谷的谷口，又阻挡了联军西进汉中的道路。而且他的位置离金州实在是太近了，随时可以攻击到联军。
不同于一般的文官督抚，洪承畴对于武将比较尊重，和他们的关系也处得比较好。正因为如此，他办事格外小心，唯恐惹人猜忌。陈奇瑜上任之后，分走了洪承畴的不少兵权，洪承畴办得干脆利落，将贺人龙、杨化鳞、柳国镇、孙守法等部的指挥权都移交给了陈奇瑜，还补充了粮饷军械。
曹文诏没有回到秦军序列。最近大同的局面很不稳定，贺兰部与鄂尔多斯部、土默特部大举开战，鄂土二部作战失利，为了补充粮食，不断进犯明朝边境。东边，皇太极又开始征调蒙古各部，准备再进行一次西征，稳定河套。故而崇祯将曹文诏调去了大同，孙守法和柳国镇则与贺人龙一同返回陕西接受陈奇瑜指挥。
现在洪承畴掌握的主要是边防各镇的兵力。甘肃镇经历兵变之后基本残了，仅剩的兵力也要提防贺兰部，无法调动，宁夏总兵贺虎臣、固原总兵杨麒等人也得留在驻地，应付贺兰部与金国开战可能造成的后果。再加上洪承畴被陈奇瑜分了权，现在手上没有多少经费，除了他的督标外，他只调来了两支部队，一支是闯军的老对手，西宁总兵王承恩部，另一支则是来自榆林的左光先部。
这两支军队都是颇为强悍的精兵，属于明军中的一流部队。洪承畴经费有限，所以只让王左二将各出动了三千兵力，再加上督标的一部分，不过七千人。但就是这区区七千人，让十几万人的联军如鲠在喉。
官军刚一抵达，左光先便从子午镇出击，直扑西乡县。古自存根本没想到官军来得如此之快，仓促出战，被左光先打得大败，古自存死于乱军之中。担任他副手的郭君镇明白西乡农民军人数虽多，却不可能和左光先的精锐部队正面对抗，立刻下令全体撤退，向南一直撤到了后世镇巴县城的位置，向李自成求援。
左光先对于追杀一群农民没有兴趣，收复县城之后，留下五百兵镇守便返回了子午镇。