而对于清军的恨，他们可以恨得理直气壮、光明正大。要调动士兵的仇恨情绪，显然也是以清军为靶子更合适，白杆兵被闯军缴过两次械，闯军两次都没有屠杀俘虏，若是非让他们去恨闯军，也着实困难。
孙元化部的参战让清军彻底失去了斗志，吴善和季思哈不顾侧翼被明军袭击，全速东撤。孙元化手下缺乏骑兵，主要作战思路是使用长矛的白杆兵与使用火铳的山西兵在火炮的掩护下互相配合。但因为经常需要在山地作战，所以和葡萄牙教官教给他的西班牙方阵又有很大的不同，更注重变阵的灵活性和小队作战。
如果是和清军正面对抗，这样的阵型肯定不如厚实的方阵好用，很容易被敌人击溃，可现在是清军在撤退，明军在追击，速度更加重要。
明军不知多久没打过这样痛快的仗了，清军担心被明军和闯军两面夹击，以致全军覆没，所以只顾着撤退，不管明军的追击多嚣张，他们都只是放铳放箭，不会进行反突击。既然如此，明军便敞开了痛打落水狗。
另一边，武自强已经抢劫了清军营地。谷可成事先嘱咐他，粮食要给这些被清军俘虏的百姓留下一半，但武自强却只给了这些难民每人三升米就把他们都赶走了。因为就算留下一半，也不够这些百姓活到明年收获，所以武自强认为还不如优先保证闯军的粮食。本来这些老百姓都是要被抓去关外为奴的，要不是闯军救了他们，这些粮食原本也吃不到他们嘴里。武自强本就不是多仁慈的人，这么做毫无心理压力。
赵胜和张天琳保护着身负重伤的高迎祥退到了紫荆关附近，谷可成见明军参战，自己的兵马又十分疲惫，决定不再追击，向西撤退。闯军合并一处，护送粮食返回天台山。孙元化和马张夫妇向东一路追杀清军，眼看扬古利指挥的援兵逼近，他们也见好就收，撤入了紫荆关内。
阿济格虽然恼羞成怒，但是孙元化在紫荆关架设大炮，死守不出，如果清军强攻紫荆关，没有得手的把握，只会导致更大的伤亡，更不能贸然绕过紫荆关去袭击躲入山西的闯军。无奈之下，他也只好转而向东劫掠，加倍地向老百姓报复。崇祯九年的紫荆关之战，就这样结束了。
在这场战斗中，八旗兵阵亡多达八百余人，其中满洲兵不下三百，这已经是难以承受的惨痛损失。至于近千蒙古兵和包括巢丕昌在内的数百新降明军被杀或逃散，那就无所谓了。阿济格估计，自己回去之后得因此被降级成多罗贝勒了。
而闯军这边也战死了两千余人，虽然击退了清军，但完全谈不上胜利，只能说拼了个旗鼓相当。由于吴善和季思哈在关键时刻选择撤退，双方的主力都没有被击溃，所以也没有谁遭受毁灭性的伤亡。尽管在明军看来，这已经可以算空前的大捷了，但是闯军将领们的心中却只有悲伤和反思。从兵法上来说，他们的伏击毫无问题，却因为军队训练水平不如对手而导致没有得手，这种现象太值得警惕了。
更让人难以接受的是，他们即将永远失去高闯王。