王瑾占领广东之后，把水师的基地放在了香港岛上。陆军新兵集中训练时为了与外界隔绝，也拉到岛上训练。岛上居民本少，基本都被水师雇用，整个岛就是一座军事基地。岛上设有炮台，故而郑氏的船只不能越过香港岛。而且再往西就靠近澳门，葡萄牙人不能容许有海盗在这里活动，会帮助闯军清剿。葡萄牙人的立场很简单，他们的贸易完全依赖广州，广州在谁手里，他们就支持谁。
现在闯军水师只能在港口里凭借炮台固守，出海作战一打就败，惠州府、潮州府沿海的平海、捷胜、碣石、甲子门、靖海、海门、大城、柘林等水师基地的情况也一样。闯军的炮好，得到了澳门有经验的工程师后，炮台修得也比明军强出不知多少，王瑾对这方面有些了解，虽然不明白具体的技术，但思路不会错。郑家船只一旦靠近，和炮台对射就是找死。可是闯军没有出海作战的能力，对于郑军打劫商船、在没有炮台的地方登岸劫掠都无可奈何。
何况闯军刚刚占领广东还不到半年，既没有足够的时间，更没有那么多修筑炮台的人力物力财力，除了在香港修筑新式炮台之外，其他地方都只能沿用明军的旧炮台。
王瑾对于海战毫无经验，必须得听取手下将领们的意见。陈奇策、杨彦迪、黎延庆、汤允文等人商量了半天，最终讨论出了一个伪装商船吸引郑氏船只然后伏击的计划。这种小规模的战斗最多打掉几艘敌船，不能让王瑾满意。不过王瑾知道，在座的每一个人都比自己懂海战，广东水师不如郑家是客观事实，不是轻易能追得上的。王瑾虽然打算重新建立一支水师，但一来是耗资巨大，现阶段还没有条件去做，二来前期的准备工作太多，现在才刚刚开始储备木材。
因此，闯军水师就只能对明军战船进行简单的改装之后就投入作战。王瑾在这方面是外行，所以都依赖广东沿海各地和澳门的船匠凭借他们的经验进行改装。以在水文条件复杂的近海作战来说，广东明军的战船只要维修保养得当，还是没问题的，但要是在外海和欧式的大型风帆战舰对轰，那就是送人头。
杨彦迪还有些跃跃欲试想攻打南澳，但其他人都反对。以现在广东水师的实力，就算是到南澳岛这么近的距离，在郑家水师的眼皮底下，也不足以保证安全渡海，一旦搭载陆师的船只在海上与郑家交战，必然损失惨重。
王瑾说：“诸位不必心急，我已经准备好集结陆师直接杀过去，厦门、金门、东山、南澳这些岛虽然打不了，但安平城却在陆上，直接端了他郑家的老窝，也能遏制他们。”这个办法其实也治标不治本，固然能让郑家损失惨重，可是他们的水师还是能劫掠广东。
陈奇策惭愧地说：“都是我等无能。”王瑾说：“水师欲有小成，也得十年之功，这才几个月的时间，你们能做到这样已经不易了。”就在这时，一个青年将领走了进来。
此人名叫周玉，是刚刚招安不久的疍家海盗周珍的弟弟，原本驻守在香港。王瑾问道：“出什么事了？”周玉说：“香港洋面上发现西洋战船，三桅船五艘，双桅船三艘，单桅船四艘。”