王瑾首先对耶稣会提供这批图书表示感谢，他将在广州建立一座图书馆，由双方共同管理，并且着手组织将这些书籍翻译为中文的工作。既然要共同管理，之前不允许外籍教士进入内地的禁令也可以撤销了，传教士可以在礼科的教会司登记之后，凭借教会司发放的通行证，于限制时间地点内在内地活动。
这么贵重的一批礼物不能白拿，王瑾同意除了保留在海南岛上的两座教堂之外，恢复耶稣会在肇庆、韶州、南雄的三座之前被明朝没收的教堂，和海南的教堂一样，也要接受教会司的管理。广州图书馆的传教士利用私人关系传教他管不着，也没法管，但是在广州，没有天主教的宗教场所，也就不允许集会，只准教徒各自在家礼拜。
虽然限制还是很严格，但毕竟和之前相比还是放松了，曾德昭和卜弥格都感到不虚此行。但是接下来，王瑾提出的条件都就他们为难了。
所有宗教书籍，必须采用衡州书坊出版的版本。书坊从中赚多少钱不打紧，关键是这意味着，必须使用“天”和“上帝”的译名。
教徒有参与祭祖、祭孔典礼的自由，有选择丧葬礼仪的自由，有供奉祖先牌位的自由。在官学读书的学生必须参加祭孔，有功名的教徒如果不按规定到孔庙致礼，其功名将不予承认。
王瑾的要求基本上沿袭了利玛窦的观点，即中国人的“天”就是“天主”，儒教是一种哲学思想，和天主教不抵触。祭孔是表达尊敬，祭祖是表达怀念，这是值得支持的行为，宗教不能教人不尊敬、不怀念。羽凤麒、马守应等回教徒都认可这一观点，如果天主教做不到这一点，那就不能在中国传播。
现在罗马教廷并未禁止祭祖祭孔，所以这件事曾德昭还是敢答应的，但是宗教书籍的出版权这件事就太大了。翻译问题在另一时空争执百年，非常敏感，根本不是曾德昭和卜弥格两个人能左右的事情。相比之下，教会管理人员任命需要官府批准，可以开设孤老院但不许开设孤儿院、医院、学校这样的限制都是小事了。
王瑾其实有让耶稣会知难而退的意思，他手上并无多少能威胁教廷的筹码，逼教廷就范可能性不大。如果按照王瑾的办法办教会，办到最后，中国教会势必自成一派，这是教廷绝不允许的。而如果遵从罗马方面的命令，上会威胁皇权，下会威胁宗族，这是李自成和他的子孙，还有全国大部分官绅都不会允许的。
王瑾自没指望曾德昭现在就答复，接下来，他只谈了图书馆的选址和管理问题。
一场谈话下来，曾德昭觉得十分疲劳。曾德昭过去见过不少固执的明朝官员，对于天主教非常敌视，恨不得立刻把所有外国人赶出澳门，但是，开放包容的王瑾却比这些人难对付得多。此人对耶稣会乃至罗马教廷的情况都很了解，故而能够精确地戳人肺管子。曾德昭隐隐感觉到，这位权将军想要的恐怕是一个像安立甘宗那样完全不受教廷控制的教会，而这是教廷绝不能容许的。
究竟是让更多人接受主的荣光重要，还是教廷的权威重要？曾德昭无法给出答案。
曾德昭哪里知道，王瑾已经在台北开始尝试这种魔改版本的天主教了。当地的原住民部落有一些在西班牙人的影响下信奉了天主教，闯军当然不可能跑到原住民的村子里去禁教，那不就是送头下乡。于是在王瑾的指导下，已经做了广东道录，五品大员的王知明，搞出了一套结合儒道两家理念，又贴近原住民的自然崇拜与祖先崇拜的魔改版基督教。