左良玉就这样不明不白地死了，让李自成也很不爽，他永远失去了在战场上正面打垮这个老对手的机会。同时，失去了这个跑路大师，被洪承畴整编之后，左良玉部的战斗力还有可能得到提升。
很快，刘文秀率领水营前标抵达了安庆，然而，这里的明军已经逃走一空。根据投降的胥吏、保甲等人交代，最后离开这里的马科部为了怕闯军发现，都没敢纵兵劫掠，草草征了些干粮就逃走了。
洪承畴的意图很明显。如果闯军继续沿长江进军，战线拉长，安庆一带就有可能遭到明军袭击；如果闯军北上和洪承畴决战，他们就要离开便利的长江补给线，从道路状况很不好的陆路转运物资。闯军的人数只有洪承畴部的一半，在这种状态下作战会很不利。
李自成的选择在所有人意料之中：“老子是李自成，怕他个球！”
李自成的计划是将物资大量转运到安庆，然后沿桐城、舒城一线的陆路向庐州进兵。所以，他不能现在立刻进兵。黄色俊指挥的开路兵马前进到桐城以北的北峡关就停了下来，闯军先在安庆建立官府，整编降兵，清理土匪等地方武装，等后续物资全部到位，再行北上。
很快，安庆就成了一座巨大的兵营。这已经是这座城市第三次易手，所以可以直接省去追赃助饷的步骤。大户让张献忠吃没了，小户让洪承畴吃没了，留给闯军的都是穷光蛋。
城里最忙的人就是孙可望，他负责的这个新的安庐巡抚衙门不仅要负责安庆的民政，还要负责大军的物资转运。更要命的是人手严重不足，在本地开科取士还需要一段时间，巡抚衙门里的人都得一个当两个用，孙可望得当五个人用。
不过，也没人以此为苦。不干这种累死累活的工作，自然也就没有开国元勋的待遇。为了将来子孙都读书做官，挨这点累又算得什么。
京城失守之后，王之心没有逃走，被清军抄家，王之仁没了靠山，成了人见人嫌的角色，索性降了张献忠。连尚可喜都归降了张献忠，尚可义自然也跟着降了。只剩下侯承祖不降，带着少数亲兵逃走了。
江北左、黄所部明军全面离开了长江沿线，从四川到长江口的商路都打通了。广东的铁器、苏木、蜡、盐，福建的糖、烟草、茶叶，江西的瓷器、纸张，江南的棉布、生丝，湖南的竹木，四川的大米、桐油、药材、靛蓝、生漆，乃至于从贺兰部手上买来的毛皮，都在长江航路上流通。刘希尧现在兼职在江上向商旅征税，发现还有人贩卖笋干、木耳、橘子之类的货物。
粮食、食盐、布匹、木材，都是社会发展必需的战略物资，有人贩运并不稀奇，但糖、烟草乃至水果这些东西都有人往闯军的统治区贩运，这就说明武昌、汉口、长沙、南昌、九江这些地方真的是太平了，已经开始有稳定的群体有能力进行生存需求以外的额外消费。
农民战争就算真的军纪严明，对商业的打击也是非常大的，很多大商人同时也经营土地租佃、放高利贷，在农民卖粮缴辽饷时恶意压价，在荒年囤积居奇都是常规操作，其中很多人干脆就是藩王、勋贵、太监的狗腿子，所以会被杀掉很多。但是经过这些年闯军在南方的经营，商品流通已经基本恢复。
闯军和中国历代的所有正常封建王朝一样，是重农抑商的。就算闯军在很多地方搞了田兵和永佃制，但田兵不可持久，永佃只能治标，他们也总不能否定地主土地所有制。所以，他们也就拦不住商业资本参与土地兼并。在现有生产力条件下，投资工商业利润的稳定性是远不如投资土地的。不抑商，原本二百年的王朝周期律可能就只有几十年了。
闯军对商业课税很重，不过中小商人因为苛捐杂税的减少，生存环境倒是好了一些，交了税之后就可以跟在闯军的巡船后面在长江上跑生意，不用像之前那样花大价钱打点黑白两道。不过这种情况估计也不会持续很长时间，到李自成晚年的时候，长江航道上估计就又得是到处都有陋规了。