一百多架眩晕轰炸机飞过，但他们投下的炸弹，却相当于常规轰炸机的一万枚炸弹的威力！
“什么？！他们扔炸弹了，他们朝我们扔炸弹，GDI已经被打败了，他们竟然朝我们兄弟扔炸弹！这是背叛，裸的背叛，叛徒！啊！——”此时，重约1.5吨的眩晕炸弹爆炸了，爆炸的威力却膨胀了一百倍！无数Nod士兵惨叫着，被强大的冲击波撕碎身体，或被火焰吞没。()正在和GDI残兵交战的Nod坦克，一辆辆全部被满天的炸弹炸成灰烬！
轰炸机飞过，一路“清场”，将来路上的所有军队，包括GDI和Nod，全部杀光！爱丽莎这个女人，为了嫉妒，为了陷害基莲，竟然做得如此狠毒！
此时，已经处在大神宫防线内的指挥官凯撒看着外面的景象，看得心惊肉跳，心道：“幸好我们尽早离开那个区域，不然早就被这种致命炸弹撕成碎片了！那个中国人……他是如何得知这种情报的？”凯撒不知道，实施阴谋的Legion早已被中国控制，得知这种情报自然不难。（在C3的萨拉热窝战役中，玩家扮演Nod指挥官必须尽快将运输车送回大神宫，一刻也不能停留，因为随后而来的轰炸机伤害值是1000万！）
轰炸机过后，另一支冒充基莲的部队——爱丽莎的亲军，已经到达萨拉热窝南部，开始建立基地，驻扎在那里。此时，爱丽莎又剥夺了Legion对军队的控制权，接管Legion的部队，让这些部队进攻大神宫。
此时，大神宫的Nod士兵们发出愤怒的声音：“叛徒！是谁指使你们的？！你们竟然杀害我们的弟兄，这是裸的背叛！谁是负责人？以凯恩的名义发誓，亮出你们的身份！”
在爱丽莎的指使下，这些叛军发话了：“兄弟们，你们都被骗了，你们被凯恩的信念欺骗了数十年！凯恩不是真正的Nod利益的领导者，我们才代表了真正的Nod！投降！并交出大神宫，否则，死！”说罢，这些叛军开始对大神宫发动进攻！
“Shit！他们是基莲的部队！只有基莲的人才会否认凯恩，才会认为他们才代表Nod的利益！防御，防御！不能让这群叛徒占据大神宫！”此时，大神宫的部队已经有人认出来，这种论调是典型的质疑凯恩的权威。基莲也有时候怀疑凯恩，而她的部下则在这种理念上更加不认同凯恩，虽然基莲及其部队并未做出什么背叛行为，但是祸从口出，他们平时说的话，此时成了栽赃的“罪证”。
至于Legion，被爱丽莎派去执行另一个任务——率领一个精英特种兵和一个精英工程师，潜入大神宫，占领离子护盾研究中心。所谓离子护盾研究中心，是研究如何抵挡离子炮攻击的，实际上是搞磁场护盾的。现在大神宫的磁场护盾已经部署好，GDI无法对萨拉热窝使用离子炮攻击，而这个所谓研究中心，已经不再进行磁场护盾的研究工作，更多是涉及各种机密情报。爱丽莎的意思是，窃取这里的绝密情报，取得大神宫对“基莲部队的背叛行为”的记录，作为一种备用罪证，以防那些见证“背叛行为”的士兵全部阵亡，或者人微言轻，作不得证据。孰料，爱丽莎的这个“后招”真的派上用场，因为大神宫会被离子炮攻击，引爆液态泰伯利亚，那时所有在萨拉热窝的人都会阵亡。
现在，Nod指挥官凯撒，已经进入大神宫内，见到了愤怒的凯恩。此时，液态泰伯利亚已经到手，凯恩开始执行他的计划，设下陷阱。现在大神宫内的研究中心乱成一团，外面被人攻击，里面则忙着组装液态泰伯利亚装置，并且在到处收拾东西，好像有谁要撤离似的（实际上是凯恩要撤离，他可不会等死，而是留下一个送死的替身）。“Good，把那些装置搬走就万事大吉……”凯恩一边吩咐这些科研人员，此时，指挥官凯撒进来了。
“指挥官，你都看到了，在我们的圣地里，竟然发生这样的丑事！”凯恩愤怒地道，“我们的部队竟然会攻击大神宫，这是背叛，叛徒！现在，是该处理这些叛徒，抛弃这些叛徒的时候了，指挥官，我会把大神宫的防御交给你，让你来对付那些袭击大神宫，袭击你的叛徒！对了，我告诉你一个好消息。”凯恩点了一下屏幕，顿时，屏幕上出现一支部队的消息，凯撒看了相当惊讶。
“不错，指挥官，那就是你的部队，之前我把你的主力部队都调走了，为了防御北面的威胁——谁知道GDI竟然在匈牙利埋伏了一支伏兵，而你的部队不愧是Nod最精锐的利刃，三两下就搞定了他们。现在，我们可以专心对付南面而来的威胁，包括叛徒和GDI！”凯恩解释道，“现在，把大神宫的精锐与你自己的部队合并在一起，组成Nod最强的战斗力量！另外，数日前我已经把阿尔巴尼亚军火库里的精华搬到这里，启用它们，狠狠地教训那些叛徒，让他们知道，大神宫不是好惹的！”
指挥官听得热血沸腾，恨不得现在就抄起家伙跟那些叛徒拼命！不过凯恩话锋一转，面带笑容，道：“但是，现在却是值得庆祝的时候！因为你及时送来液态泰伯利亚，这是我的计划的关键，现在，第二阶段的准备工作已经完成，陷阱已经设下，诱饵已经放置，GDI将会自掘坟墓。如果这能顺利进行，那我们就能进入第三阶段，升天！到那时，我会在核心幕僚里给你留一个位置，因为你做出巨大的贡献。先别激动，我们现在还有事要处理，先干掉那些叛徒，我有更重要的任务交给你！”
于是，指挥官凯撒激动地领命而去，接管了整个大神宫的防御。有了他之前的主力部队的加入，现在他如虎添翼，防御整个大神宫没有任何问题！
不过，“基莲”的叛军却给大神宫造成了麻烦，他们不断用眩晕轰炸机来袭击大神宫，不过，之前轰炸机携带的恐怖炸弹已经用光了，这回都是普通炸弹，幸好。现在，凯撒要给这些不可一世的眩晕轰炸机一个深刻的教训。
此时，战场参谋官阿贾终于再度出现了，他一回来，便给凯撒带来一个好消息：“指挥官，我给你带来一批好东西——中国造的火箭弹，用这东西去教训那些叛徒吧！对了，这个叛徒是谁？基莲？你说是基莲？！哼，我早就怀疑她了，她常常质疑凯恩的话，如果说谁最先背叛凯恩，那就只有基莲！女人……哼，果然是信不过！无论如何，先处理好眼前的事情，我想凯恩知道怎么对待叛徒。”
阿贾送来的这堆火箭炮，可谓是及时雨，凯撒马上启用，几分钟之内就将叛军的垂直起降机场炸得一团糟，叛军便没有了空中优势。然后，圣灵机甲等重型装备登场了！叛军的地面火力并不多，因为人数本来就不多，只有Legion带来的部队，还有爱丽莎后来增援了一批，她自己也调动不了太多人。如今再圣灵机甲的突击下，叛军节节败退。此时，凯撒适时地出动了毒液直升机——这种直升机的装甲太过脆弱，一般不能作为主力，但这次凯撒有另一种武器来辅助——光束炮。
毒液直升机拥有一块高精度反射镜，可以与光束炮结合，把光束炮的激光反射到敌军那里去，射程大大增加。而同样脆弱的光束炮，就躲在基地里一个劲地开火就行了，两者的结合，再配合重型部队的途径，起到了相当大的骚扰作用，还能迅速摧毁敌方建筑。
“投降！叛徒们，你们已经失败了！”凯撒厉声向溃败的叛军劝降，谁知这些叛军强硬得很，竟然死战！而且，还高呼着“基莲万岁”，然后冲向圣灵机甲送死。