萧云贵觉得自己越来越像一个政客了，政客们总是在反复的争执和妥协中与别人达成一致，这当中不乏威胁、利诱和退让、妥协，几乎所有的卑鄙招数此时用将起来他没有丝毫的负罪感，包括舍弃和遗弃。
几天前他才对洪秀全表完忠心，随后便把洪秀全给卖了，在和杨秀清妥协时，又再一次挑拨了洪秀全和杨秀清的关系，他并没有因此而感到任何的负罪感，相反他认为自己利用这个机会向东王展示了自己的实力，又迷惑了天王，让天王误以为自己是个忠臣，两王至少在未来相当长一段时间内不会再找西殿的麻烦了。
在南昌这场败仗之中，西王、天王和东王之中没有完全的赢家，但西殿确是获益最大的。在明面上，西殿和东殿达成谅解后，马上恢复了天京的钱粮供应，同时西王上书向东王请罪，并送了一批金珠宝贝和上号洋货给东王赔罪，又以西殿兵部名义昭告全军，将陈玉成在上海褫职查办，降职为一名小兵之后和他的两万部下在上海一起整编。
陈玉成对此没有丝毫的怨言，因为曾晚妹带给他的那封西王娘的信中已经将后果告诉了他，那晚曾晚妹问陈玉成信上内容的时候，陈玉成并没有将信函内容全数告知，他省略了后半部分西王娘告诉他西殿将如何善后的举措。西王娘直言不讳的告诉陈玉成，他将会背负一些骂名和冤屈，但陈玉成并不觉得委屈，一早西王就和他详谈过，他和他的将士们将经历这场整编。在他看来这是一早就计划好的事了。
但是陈玉成手下的将士们就有些想不通了，赖文光、陈阳兴等陈玉成部将在上海联合军中三十四名将领上书西王陈辩，书中将此战中东殿和西殿两支兵马的得失不偏不倚的陈述了一遍（www.biquwu.cn），赖文光等部将希望西王能明辨是非，收回对陈玉成的处罚。
萧云贵已经回到了上海。在收到赖文光等人的上书之后，只回复了“军人以服从命令为天职”几个字，随后赖文光等人也遭到降职处分。随后萧云贵召集这些将领进行了长谈，西王这次整编就料到会有这种局面，西殿很多大将手下的部将多数都是领军大将自己提拔的，这些部将甚至只知领军大将而不知西王。他整编就是要整掉这种风气。
萧云贵对上书的三十四名部将进行了降职处分之后，又一一进行了单独的谈话，谈话之中，陈玉成的部将们惊奇的发现西王对自己本身的能力和家事了如指掌，随后耐心的淳淳开导，让部将们知道西王这次如此处理是有西王的道理。并且斥责他们毫无眼光，西王自己都为了团结大局着想上书请罪了，他们几个还要闹腾什么？难道真要逼得西王杀了陈玉成向天京请罪不成？
赖文光等人还是很不服气，他们并没有怨恨西王，反而更加的怨恨天京和东殿。萧云贵再把祸头引向天京和东殿之后，就没有再解释什么了，说白了就是一句话。明白要执行命令，不明白也要执行命令。
萧云贵的举动并没有让西殿的将士们感到寒心，相反让他们对天京方面却是感到更加的离心，明明西殿这次没有做错什么，却被天京东殿逼迫，西王上书请罪，陈玉成被贬谪，天王在这种情况下也不出来说句公道话，因此西殿上下都憋了一口恶气。
西殿上下的这种变化是天京方面始料未及的，杨秀清本想着看西王服软之后西殿将士们寒心的样子。却想不到萧云贵是如何转圜的，西殿上下却是把所有不公的矛头对准了东殿。而洪秀全却想不到西王会妥协，更让他想不到的是，一向喜欢痛打落水狗的杨秀清这次却没有穷追猛打下去。
十月中旬，在收到西王的请罪上书之后。东王假托天父下凡，在天父圣旨中不咸不淡的批评了西王几句后，天父就没有再追究此事，反而是大大褒奖了西殿在苏褔省实行的新政。
在得到西殿的示弱之后，东王让秦日刚放弃了对陈玉成部的追击，转而开始统领江西方面的兵马继续和江忠源部清军作战。同时，下令将国宗杨辅清革职拿问，关进牢房内了事。
东殿和西殿的这种默（www.19mh.com）契让洪秀全感到了很大的不安，洪秀全有种被东王和西王联手耍了一道的感觉，但随后西王的密信让他宽慰不少。萧云贵的密信告诉洪秀全，他为了顾全大局这次隐忍不发，请天王不必担忧，日后若是贼子罪迹昭显，他必定提兵勤王云云。
看了这封信后到让洪秀全有些不好意思，看来西王为了能一击即中，为了能让洪秀全不背负无罪而诛功臣的罪名还是在忍辱负重的。