徐达可能在此战中受了重伤，朱元璋让他返回应天，防御张士诚的进攻，直到第二年三月，才再次让徐达领兵出征。
徐达坚定地听从朱元璋的指挥，只要朱元璋下令，便不顾个人安危拼命往前冲，没有丝毫犹豫，也许这正是打动朱元璋之处。
元至正二十四年正月，朱元璋自称吴王，任命徐达为左相国，位于李善长之下。
不久，朱元璋对麾下队伍进行全新整编，严格的等级制度和隶属关系得以确立，令行禁止，为日后的征战打下了坚实基础，这些工作之所以能顺利进行，离不开徐达的鼎力支持。
元至正二十五年十月，朱元璋派徐达、常遇春等人攻打张士诚。
朱元璋把消灭张士诚的战役分成三步：攻取淮东，然后发兵湖州、杭州，最后围攻平江。
朱元璋在应天坐镇指挥。
张士诚派兵进窥江阴水寨，企图诱使徐达分散兵力，朱元璋亲自去侦察，令徐达派廖永忠率小股兵力增防江阴。
徐达攻克泰州后，乘胜发兵兴化、高邮，朱元璋担心徐达过于深入，无法策应诸将，忙令他返回泰州，节制各路兵马。
元至正二十六年八月，朱元璋任命徐达为大将军，常遇春为副将军，统兵二十万，开始进攻张士诚占据的浙西地区，并且重申纪律：“城下之日，毋杀掠，毋毁庐舍，毋发丘垄。
朱元璋决定先攻湖州、杭州，并且亲自定下计策。
徐达、常遇春依计而行，围攻湖州，朱元璋又令李文忠攻打杭州。
攻下湖州、杭州后，朱元璋令徐达统兵围攻张士诚的都城平江，采用四年前儒士叶兑献上的锁城法围城。
元至正二十六年九月，徐达、常遇春班师回应天，朱元璋封李善长为宣国公、徐达为信国公、常遇春为鄂国公。
这年十月，朱元璋制定出先剪除羽翼，后直捣敌人腹心的北伐战略：“先取山东，撤其屏蔽；旋师河南，断其羽翼；拔潼关而守之，据其户槛。
天下形势入我掌握，然后进兵元都，则彼势孤援绝，不战可克。
既克其都，鼓行而西，云中（山西大同）、太原以及关陇，可席卷而下”。
随后，朱元璋任命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，统兵二十五万，开始北伐。
大军出发后，朱元璋发布由宋濂代拟的《谕中原檄》，提出：“驱逐胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”，而且告诉百姓：“兵至，民人勿避，予号令严肃，无秋毫之犯”。
徐达一向严于约束部众，纪律严明，所下城池，百姓生活不受打扰，是朱元璋心中北伐主将的不二人选。
遇春下城邑不能无诛僇，达所至不扰太祖谕诸将御军持重有纪律，战胜攻取得为将之体者，莫如大将军达。
徐达虽为虎将，却有一颗仁心，率兵攻下很多城池，城内皆秩序如常，百姓生活安定，能很好地代表朱元璋和这支队伍的形象，获得百姓的认可和支持，“闾井宴然，民不苦兵”。
沂州守将王宣父子投降后，朱元璋派人秘密提醒徐达，王宣父子阴持两端，并非真心投降。不久，王宣父子果然降而复叛，可见，朱元璋的情报收集能力十分强悍。
不过，随着北伐战争的顺利推进，应天离前线越来越远，朱元璋虽仍然不断地把自己的判断派人告诉徐达，但也赋予了徐达更多的临机决断权力。
兵难遥度，随机应变，尤在将军”。
洪武元年五月，朱元璋来到汴梁，安排下一阶段的战略部署，徐达建议乘胜直捣大都，朱元璋表示同意，并加以补充：“北土平旷，利于骑战，不可无备。
宜选偏禆，提精兵为先锋，将军督水陆之师，继其后，下山东之粟以给馈饷，由邺趋赵，转临清而北，直捣元都”。
这句话的意思是说：北方平原广阔，利于蒙古骑兵作战，不可没有防备。应派将领率精锐为先锋，大将军统兵继后，水陆并进，用山东的粮食供给军需，从临漳直趋邯郸，自临清转而向北，直取元都。
八月，徐达率军攻入大都后，下令关闭皇宫大门，封存府库、图书、宝物，让指挥张焕率千名士兵把守，而张焕是朱元璋的御前侍卫。
徐达功高不自夸，不贪图女色和钱财，为人正直，光明磊落，也是深受朱元璋信任的原因之一，“不矜不伐，妇女无所爱，财宝无所取，中正无疵”。
徐达谨慎持重，恪守本分，从不逾越君臣之礼。虽然在军中说一不二，但到了朱元璋面前，徐达恭敬谨慎，好像不会说话一般。
朱元璋称许他为布衣兄弟，而徐达则愈发恭敬。
朱元璋曾从容地对徐达说，把旧邸赐给徐达，旧邸是朱元璋当吴王时居住的宫殿，可是徐达坚决推辞，“天下未定，上方宵衣旰食，臣敢以家为计？”。
有一次，朱元璋把徐达灌醉，让人把他抬到旧邸，徐达醒后，“惊趋下阶，俯伏呼死罪”。
而且，徐达善于安抚部下，与士卒同甘共苦，将士无不愿效死力，所以攻无不克，“善拊循，与下同甘苦，士无不感恩效死，以故所向克捷”。
洪武元年十二月，徐达、常遇春首次与元军骁将王保保交战，便大获全胜，王保保仅率十八名骑兵慌忙逃走。
洪武二年七月，常遇春突然暴病而逝。
洪武三年正月，朱元璋分兵两路，任命徐达为征虏大将军，率邓愈等将领进攻王保保，李文忠为左副将军，追击元顺帝。
四月，徐达在沈儿峪再次大败王保保，王保保身边只剩下几个人，携妻带子向北逃。
洪武五年正月，朱元璋出兵十五万，兵分三路，任命徐达为征虏大将军，率蓝玉等将领，统领中路军北征。
王保保不断地败逃、撤退，不断拉长中路军的补给线，并消耗着明军将士的体力，蓝玉为先锋，一路追击，在杭爱岭北进入元军的埋伏圈，徐达急令收兵，固守营寨。
此次北征失利，朱元璋总结经验教训，积蓄实力，很长时间没派兵北征，这是徐达最后一次大规模统兵北征。
此后，朱元璋派徐达长期驻守北方，燕王朱棣就藩北平后，想必从岳父那儿获益良多。
朱元璋登基后，一些功臣勋将不骄纵妄为，逾越法纪，而徐达严于律己，谨慎低调，从不居功自傲。
徐达安分守己，洁身自好。
胡惟庸当丞相时，想与徐达结交，徐达没有理会，胡惟庸于是贿赂徐达的看门人福寿，徐达只是提醒朱元璋：胡惟庸不适合当丞相。
徐达不与朝廷重臣私下结交，忠心不二，坚决支持朱元璋的决定，不对皇权造成威胁，也许是朱元璋能放心让他长期统兵的根本原因。