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三省六部是自西汉以后长期发展形成的制度。
三省指中书省、‘门’下省、尚书省，六部指尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。每部各辖四司，共为二十四司。
汉武帝夺外朝权，设立以大将军为首的内朝，专‘门’处理军国大事。以原属少府的尚书以及中书谒者来转达表章，沟通内外朝，为后世尚书省的发端。
汉时设置尚书台，统领百官政事，长官称尚书令。但是此时的尚书台在体制上仍然属于少府序列，官品低微，所以另派大将军、大司马、太傅以录尚书事的名义秉政。
东汉末设‘侍’中寺，为皇帝的‘侍’从、顾问机构。置‘侍’中、散骑常‘侍’等官，多以卓有学识的士人充任，为一时清选。
然而东汉时虽有〗，m.尚书台，已经成为处理政务的主要机关，但毕竟是隶属于内廷的官署，不能说是国家的正式政务机关。
隋朝建立后，将北周仿照周礼设立的官爵制度废除，正式设立了以三省六部制为主体的中央官僚体系。三省长官均为相职，同时，三公、三师也参预朝政，也是宰相。
唐代三省制的特点是在建立不久就向二省、一省转变。这种变化的动因在于，皇权对于相权的控制，以及提高行政效率。
三省六部制的产生和发展脉络都在李利脑海里。从执掌西凉军的那一刻起，他就在谋划着政治体系改革。他很清楚三省六部制的利弊。当权力被下放到三省之后，权力相对分散。不会形成一家独大的局面，便于帝王掌控，有利于中央集权统治；然而三省之间相互牵制，相互制约，权力虽然分散，却很容易滋生互相扯皮推诿，多做多错、少做少错，相互推卸责任，从而导致行政效率低下。
再加上。李利自后世而来，对军政分制度有着极高的认可，因此他一直在刻意营造军事和政务分离的体系氛围，文官治理地方州郡，武将专事军务和征伐；就像两条平行存在的轨道，并驾齐驱而互不干扰，保持相对独立的运行态势。
有鉴于此，李利一直在寻求三省六部制和军政双轨制之间的契合点，想将这两种政治体制糅合在一起。形成一种全新的政治制度，既有利于皇权统治，又能最大限度的提高行政效率。这种念头在他脑海里酝酿了十几年，并付诸于行动。大胆尝试，悄无声息地改变现行体制，让麾下文武潜移默化地接受新制度。在他预定的统治体系中运转，最终改变整个官僚体系。
此次西凉建国就是一个重要契机。是正式推行三省六部制的最佳时机，也是实现李利谋划已久的军政分开的试验田。
而李利筹谋许久的制度仍是以三省六部制为模板。以实现军政分开为目的，将三省改为尚书省和军机处，尚书省主管政务和地方治理，军机处主管军队和征伐。六部之中吏部、兵和户部是重中之重，因时下正处于战争期间，不适宜全部改制，因此六部暂时不变，仍旧隶属于尚书省管辖，待日后再行完善。
受限于目前局势，三国鼎立，形势紧张，战争一触即发。因此李利谋划的新制度无法一步到位，须在不影响当前局势的情况下，随着局势的发展变化而逐步推进，一步步完成。现下推行的只是新制度的雏形，以军机处为主，六部为辅，没有明确的军政分开。
李玄受封吏部尚书，领相国事，其实就是尚书省的主官，即宰相。而包括李玄、贾诩、郭嘉、周瑜和诸葛亮等八人在内的军机大臣，就是军机处的核心成员；军机处是战时的权力中枢，与李利共同掌管军国大事。这是战争形势的发展需要，‘乱’世尚武，必须以军事战争为中心，因此军机处就显得尤为重要，军队才是维系晋国兴衰存亡的根本。