可惜事与愿违，蚩尤铁了心要起兵，在轩辕使者来到南方部落后，蚩尤知道自己起兵叛乱的消息走漏，当即宣布起兵，并迅速攻破南方反对的部落，统一了南方，然后开始向陈都挺紧。
在蚩尤起兵后，轩辕就得知了消息，对蚩尤也不在抱有幻想，当即下达共主令，陈述蚩尤的罪行，并号召族人共伐之。
得到轩辕的共主令后，东部，西部，北部人族纷纷上书支持轩辕黄帝的决策，并纷纷整兵向陈都聚集，一同讨伐蚩尤。
双方在陈都东南，逐鹿平原相遇，并展开大战。可惜轩辕虽然人多，但碍于兵甲，又被蚩尤所带领的猛兽偷袭，所以导致初战失利。接着有因为对巫族估计不足，人族天庭修士未能拦住巫族大巫的攻伐，再次败北。
接连失败使得轩辕不敢再轻易开战，转而开始了对峙。蚩尤虽然兵甲犀利，援助巫族实力强悍，但是轩辕黄帝兵多将广，蚩尤想攻破轩辕的营帐也不是轻松的事，于是人族战事形成僵局。
虽然形成僵局，但双方都不会坐以待毙，蚩尤要求巫族加大协助力度，助他攻破轩辕营寨。而轩辕则针对蚩尤军队的特点分别想出了对策。
针对蚩尤兵甲之利，轩辕加强了军队的战阵训练，既然一对一吃亏，那么就二对一，三对一。
针对蚩尤军中的猛兽飞禽，有人建言道：“东海有座仙山，山上有神兽夔牛，传闻以其皮做鼓，鼓声如雷鸣，震耳欲聋，正好可驱散猛兽飞禽。”轩辕听后认为可行，当即遣人前去猎取夔牛。
而对于蚩尤军中的巫族，轩辕则是点燃信香，请来了阐教门人。广成子作为轩辕黄帝的授业老师，在得知自己弟子遇到困难后，广成子广邀教内好友，拜过元始天尊后，一同下山帮助轩辕黄帝，平定蚩尤作乱。
待到准备工作做完后，轩辕再次起兵讨伐蚩尤，而此时的蚩尤也将巫族的援助消化的差不多，两军再次在逐鹿平原上展开大战。
只见蚩尤军以猛兽开路，兵甲随行，而轩辕军刀兵林立，鼓声宣天，阵法森然。两军一接触，蚩尤军前的猛兽摄于轩辕军中传来的鼓声，不敢上前。不得以蚩尤只好放弃猛兽，驱兵杀向轩辕。
两军一碰撞就陷入焦灼状态，蚩尤军不复之前的势如破竹，轩辕也不在土崩瓦解。两军杀的有来有去，势均力敌。
坐镇指挥的蚩尤见状却是忧心如焚，仗打成这样，对蚩尤来说已经算是失败了，与轩辕大军打成平手，伤亡对等，对蚩尤军而言就是失败，毕竟他们不如轩辕那般，有些充足的兵源。
见两军僵持不下，蚩尤一咬牙，只见其拿起右手边的一面黑旗，奋力的摇动起来。只见滚滚浓烟从蚩尤军后升起，快速的席卷整个战场，
蚩尤军见状也纷纷脱离自己的对手，开始集结变阵。同时蚩尤军后，一个持雨幡，一个掌风袋，两位大巫露出身形，用狂风暴雨笼罩整个战场。
这突然的变化使得轩辕军不可避免的陷入恐慌之中，幸得众将齐心，方才稳定军心，再加上隐于军中的人族修士和阐教门人现身施法，方才平定轩辕军的骚乱，不过也使得轩辕军错失最佳的撤退时间，被无情的困在蚩尤所布下的阵中。