积蓄了力量的新唐军队再次发力，5天内，新唐军队投入菲律宾战场的3个伞兵师先后空降于科兰布甘，萨尔瓦多，苏勒坦三地，形成一条松散的防线，阻止日军援兵从棉兰老岛西部进入。()此时位于这一线的日军只有2万，在激烈的争夺之后，新唐伞兵部队站稳了脚跟，然而，在源源而至的日军面前，伞兵部队渐渐陷入困境，有些已经被日军分割包围。3月18日，3个海军陆战师在苏勒坦登陆，5万多大军在两天的激战后将日军赶回了棉兰老岛西部，解救了损失惨重的伞兵部队。
位于棉兰老岛南部哥打巴托的日军司令部与西部的主力被切断了，所有人都明白棉兰老岛的陷落就在眼前了，外有新唐军队的沉重打击，内有菲律宾人不惜任何代价的疯狂破坏，司令部的每个人都沉浸在失败的沮丧气氛中。
日本帝国的大脑与心脏——东京，仅仅5个月就败相尽显的菲律宾防御作战让日军大本营参谋部愁眉不展。日军已经在菲律宾投入了约60万兵力，却仍旧是一败涂地，澳大利亚的南方军司令部已经借口新唐海军的封锁拒绝再派遣增援部队去填这个无底洞了。
日军主力舰队的重建刚刚完成，可现在这支舰队要想达到基本完善的程度，起码还需要半年到一年的时间。挽救南方战局，舰队就必须与新唐海军进行决战，但万一再次决战失利，日本帝国的日薄西山就无法逆转了。最终，御前会议决定，集中所有资源尽最大努力加紧建造几艘主要战舰，争取半年后与新唐舰队进行决战，击败新唐海军掌握战争主动权。。。
3月27日，日军第五方面军司令部被新唐陆军67师213旅摧毁，6天后棉兰老岛南部的日军被全部肃清，13天后中部日军也被全部消灭。4月12日，新唐舰队，海军航空兵，陆军航空兵，伞兵，海军陆战队，陆军步兵师发起协同攻击，棉兰老岛西部的**万日军陷入了一片混乱，5月9日，最后一名日军放下了手中的步枪，棉兰老岛陷落了。
随后的一周内，棉兰老岛西南方的苏禄群岛和南方的萨兰加尼群岛以及其周边的几座岛屿亦落入了新唐军队的手中，由于日军第五方面军并没有将注意力放在这些地方，防御极为薄弱，因此新唐军队的进展极快。5月20日，占领了苏禄海所有岛礁的新唐军队开始攻击菲律宾群岛西南部的巴拉望群岛，困兽犹斗的日本守军只坚持了两个星期。菲律宾只剩下盘踞于中部米沙鄢群岛的约13万日军了。
正当菲律宾人欣喜若狂的翘首以待之时，新唐军队却因为长期作战的疲乏而暂时进入了休整状态。
唐历391年6月11日，经过艰苦的谈判，由菲律宾各部落和各组织推举出来的代表，菲律宾民族独立运动组织领导人埃罗斯特与新唐帝国外交大臣齐靖玉在马尼拉签定了《马尼拉协定》。协定约定：
一，新唐帝国将帮助菲律宾培养大批行政管理人员；
二，两年的过渡期满后，菲律宾可以独立建国；