至于部队的中低级军官，一部分由马家军内部品行和才能较好的人留任，一部分则有川西军的陆军学院的毕业生担任。最大程度的保证对部队的掌控力。
接下来的时间，川西军第一骑兵军和第二骑兵军都干劲十足的开始了整编。一些年纪大的，或者品行方面不过关的，全部被剔除出了部队。同时，因为所有的部队全部打乱混编，这让很多人都没有安全感。但是，随着时间的过去，人心也渐渐的稳定了下来。当兵不就为了吃饭拿饷么？况且现在给川西军卖命远比给马家军卖命还拿得多，这又何乐而不为呢？唯一不满的，大概是川西军的条条框框比较多，这让平时自由散漫惯了的马家军士兵们有些接受不了。但看在高额的军饷的面子上，大家还是咬牙接受了。
一个月之后，第一批物资运抵了河洲，各部队也陆续换装，大量的火炮等重武器也开始装备部队了，这让那些降军们更加归心了。在他们的眼中，川西军已经完全武装到了牙齿了。和这样的部队作战，简直就是在找死啊！加入川西军，无疑会更加的有保障。
同时，也来了不少的政府官员，准备对青海和甘肃两省的政府架构进行川西模式的改造。王毓泽和蔡云两人，也专门会见了两省的新任省长。甘肃省省长名叫左玉书，一个四十来岁的中年人，戴着一副眼镜，身材虽然不高大，但显得很睿智，以前的职务是四川省的副省长。青海省的新任省长名叫许章，一个三十多岁的年轻人，显得非常的干练，之前是西康省的副省长。
左玉书和许章都知道他们的任务，青海和甘肃两省刚刚被川西拿下，建设之类的都暂时还不忙，首先要做的是稳定局势。而这和军方有很大的关系，没有军方的支持，他们根本无法稳定局面。好在有马家的人的协助，这方面倒是没有什么问题。
而这个时候，清廷也终于得知了杨昌浚战死的消息，顿时大怒，向川西方面问罪。而川西方面则和清廷打起了口水仗，尽量的拖延时间。有鉴于此，川西军第一骑兵军和第二骑兵军纷纷加快了整编。武器装备上还有不小的缺口，为了加快运输，川西军的后勤部已经动员了最大的运力了，甚至连飞艇都出动了。
当二十艘载重达到了两吨的飞艇飞临河洲的时候，所有的人都被这种遮天蔽日的庞然大物给震惊了。不少的牧民甚至下跪，请求真主的保佑。而不少队的马家军的降兵更是决定死心塌地的跟随川西军了。川西军连天上都能够飞上去，清廷哪是他们的对手啊！他们的心态的转变，也使得整编可以加速进行。
在青海和甘肃两省，还有着不少的马匪，很多都是马家军兵败之后落草的。两个骑兵军也干脆借此机会，一面剿匪一面整训，倒也收获不小，同时也加速了部队的整编。
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