离开野生原野区后，往阳镇的方向前行，途径经过一个只能让单车通过的大桥，并一行人还遇到了一个乔伊小姐，因为人手不够托送药，于是大家骑上小霞给他们购买的自行车出发，在上，遇到了一群单车飙车族，要对战，但小智他们现在的实力无论是么神奇宝贝，都是一招秒杀，毫无悬念，然后火箭队登场，不，正当他们想把他们飞的时候，君莎小姐在此时出现，帮们解决了一项麻烦。
然后君莎小姐没离开多久，就突然来了一场暴风雨，大家不得不冒着大雨出发。
很快众人抵达阳镇的神奇宝贝中心，把药时送给那只生病的神奇宝贝，然后众人便离开了。
之后众人在赶的时候突然又下起了一场大雨，于是众人最终躲到了一座有些阴森的小屋里，然后伊蒂就让的变怪不断地变化以此吓唬小智他们，但吓到的也就只有莎莉娜他们，小智他们全没吓到。
然后小智一行人试图帮助那只变怪，让它可以模仿成功，但全部失败，就在这时，火箭队突然把变怪抢走，但在找到变怪他们的时候。
众人还演了一场火箭对模仿秀，火箭队他们狠狠吐槽了一遍，不过伊蒂看到在火箭队的帮助下，的变怪终于可以模仿了，非高兴，然后皮卡丘把他们飞。
之后一行人来到了一座森，就在这时，一只野生的皮卡丘突然在注意着他们，于是皮卡丘和秋秋决定前往森内部一探竟，结发现这里竟然全是皮卡丘和皮丘！一开始这里的皮卡丘和皮丘都有些害怕皮卡丘和秋秋，但很快它们就了，皮卡丘和秋秋很快就与它们成一片，而在小黄的磐之力的响下，这些皮卡丘很快适应了人，在晚上，火箭队突然抓住了这些皮卡丘和皮丘，但刚抓住不久，就皮卡丘和秋秋飞，然后莎莉娜服了一只皮丘，一行人就这样离开。
在旅途中遇到了一只伊，看它围又有水与食物的盘子，而还人用绳子绑在树干上，怎么看都像是抛弃的，可它脖子上绑的金属牌却又让大家困惑不已，于是众人决定前往金属牌上的地址，来到了史顿镇的一座豪宅，里面正在举办神奇宝贝游园会，众人也在里面找到了伊的训练家太一，得太一的苦恼后，就在这时，火箭队又跑出来捣乱，吃起了食物，很快就小修他们又一飞，最终在小修的解说下，太一决定让伊自己选择，最终成为了伊的训练家。
之后一行人来到了一座城镇，想吃点东，但这里突然闹旱灾，没有食物来源，于是众人到上游一看，发现是一大群荆棘给堵住了河道，导致上游的水无法往下，众人用尽办法，都无法除，于是决定醒那只沉睡的卡比兽，最终在神秘老爷爷的帮助下，卡比兽醒，吃了荆棘，于是众人继续赶。
最终，一行人来到了黑暗市。
“说起来很久以前我就想道了，为么会有座城市黑暗市？”小黄说。
“是啊，我也想道。”小智说。
“我也是。”莎莉娜跟着说。
抵达黑暗市后，众人明白这里为何黑暗市了，乌云盖顶的天，歪歪斜斜的大门，一眼看去，哪像城镇？说是战争后残留的废墟还差不多
“这城市是怎么事？该不会是闹鬼吧？”小霞有些害怕的说。
“的！这里看起来这么阴森，不会的有鬼吧？”莎莉娜也害怕得发抖的说。
“小心！”小智突然喊道然后几块小石头过来，小智挡在了莎莉娜的面前。
“喂！你们为么要攻击我们！”小智生气地朝一处屋顶喊道，然后一群小孩走了出来，看来刚丢石头的人就是他们。
“因为你们是神奇宝贝训练家！”
“只要是神奇宝贝训练家，就是坏人！”
“没错！训练家么的最讨厌了！”这三个小孩很快就对训练家的不满就占了上风，立大道。
“啊嘞！”小智全没想到会是这样的应，这也难怪，以精灵掌门人为目标的他，加上一旅行过来的所见所闻让小智认为成为一优秀的宝可梦训练家是一荣的事同时也是大多数小孩的梦想，第一听到有小孩讨厌训练家，让他不该如何答。
“的很抱歉！”就在这时，一个有些急切的声音传来，是一中年男性，估计是这三个小孩的家长。
“我对这些孩子的行为向你们道歉！请你们万不要伤害他们！”男子非焦急，生怕下一秒小智他们就动手人。
“呃”这下小智加不明所以了。
“叔叔，请问一下，你们为么会觉得我们会你们呢？我们又不是坏人。”小黄问道
“咦？难道你们不是卡兹道馆或亚斯道观请来的手吗？”男子惊讶地问。
“手？”人不约而同地瞪大的眼睛，很有默契地说。“皮卡？”（手？）
“么！为了争夺联盟承认的道馆资格而大出手！”小智了解事情始末后，惊讶地说。
“可是为了成为正的城市道馆而将战斗波到居民，这也道馆馆主护城市居民的责相违背了！”小刚气愤的说。作为联盟正承认的道馆训练家，小刚无法认同这种行为，这一点小霞和他一样。