汉献帝即位后任北军中侯、虎贲中郎将、北海相，时称孔北海。在北海郡，孔融在任六年，修城邑，立学校，举贤才，表儒术，经刘备表荐又兼领青州刺史。公元196年，袁绍之子袁谭进攻北海，孔融与其激战数月，最终不敌败逃山东。同年，汉献帝迁都许昌后，征召孔融为将作大匠，后又升任少府。
孔融到了许昌后，作为汉臣，对曹操所作所为早已看不惯，发表了不少不利于曹操的言论。
公元204年的时候，那时的孔融还是北海相。曹操进攻邺城屠杀邺城居民，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融便写信给曹操说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”
曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说：“按现在的事情量一量，想当然而已。”
孔融到了许昌为官后，看到曹操奸雄诡诈，已渐渐显露，愈发不能忍受，更是处处针对，说话偏激，各种言论常常触犯曹操。
更有一次又给汉献帝上奏说：应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封侯封王。
此时，正是群臣要奏请给曹操封王的关键时刻，孔融的上奏给了曹操一记重重的嘴巴。
孔融作为当时的舆论领袖，影响太大，以致曹操在内心里也有些怕他，想杀他却又不敢明目张胆。然而，因为孔融名重天下，曹操表面上装着容忍，暗中却嫉忌他正确的议论，怕阻抗自己的大业。
正当自己要进攻荆州的时候，孔融抛出了“攻打荆州是没有意义的”这个言论，曹操更是愤怒。
一句言论而已，不关乎战争胜负本身，缘何曹操会愤怒？
皆因古代每一场战争的发起，首先都要站在道德的制高点上，看是否正义，那样对于民心所向极为关键。荆州本是大汉疆土，何来征讨？这是孔融的观点，也是大多数汉臣的观点，然而曹操的的定位却不是为大汉征讨，而是为自己扩张地盘征讨，出发点不一样，自然观点就不同。
此时的曹操恨不得将孔融碎尸万段，然而却又找不到理由，不好下手。
然而事情就是这么巧，曹操正找不到借口杀孔融呢，偏偏孔融自己作死。
刚过了没几天，孔融又传出一个骇人听闻的言论：其意是说在饥荒时，如果只剩一个面包，而自己的老爸不可爱，不妨把这个面包送给素不相识的路人甲，让老爸饿死算了。他还说，父亲对子女有什么恩惠可言？他的本意只不过是发泄情欲罢了。母亲对于子女来说也谈不上多伟大，好比一个盛放东西的瓦罐，子女生下来就如同东西从瓦罐里倒出来，难道还要给瓦罐写感谢信，侍奉瓦罐终老？
这种不孝的言论不仅让世人惊骇，更让曹操开心，因为作为以孝治国的大汉朝而言，这样的言论完全不孝。而此时曹操如日中天，投其所好者不在少数。正好山阳人郗虑揣摩透了曹操的心事，以蔑视国法为由奏免孔融，曹操趁机又写信故意挑拨二人，孔融偏偏还作死回信相对。
这一下好了，曹操找到了杀他的理由：不忠不孝！于208年金秋诛杀孔融全家，终于拔掉了这颗痛在心里许多的钉子。
就在诛杀孔融后的几天后，曹操带领近百万大军浩浩荡荡地向荆州而来，开启了三国时代规模最大、影响最深远、最为波澜壮阔的战役，这就是赤壁之战！
可能连曹操都没想到，孔融说的“没有意义的战争”成了曹操的滑铁卢，并差点丧命，让历史进入了真正的三国时期。
只是这位让梨的孔融永远离开了我们，却也让我们看到了当时的民心和曹操统一中国的历史难度。