石峰堡位于通往伏羌、通渭、会宁、安定、秦州、巩昌的总路要隘，处在群山之中。城堡高踞峰顶，四面多悬崖峭壁，十分的险峻。
此地原为旧有堡子，多年无人居住。乾隆四十六年三月，回民马正芳、马壮来到堡内进行修理，筑墙挖窑。苏四十三失败后，清廷搜查新教教众；而新教早把石峰堡作为秘密据点，经数次修茸整固，在峰顶筑有高墙，堡外挖有深壕三道，周围各处筑有窑洞上百座。
新教在堡内储备了大量粮食器械，堡外有崎岖山径可通，沟坎交错重叠。义军在堡南及东西两面扎立营盘，营帐密布，准备严防死守。
九月十八日，福康安麾下五路大军全部就位，他马上命令展开强攻。新教义军居高临下，数次将清军击退。
九月二十一日，阿桂从西安抵达军营。福康安命令各路清军设法断绝华水川水道，并用大炮轰击堡内营寨两日，然后再度合力进攻。
二十三日，清军发动了大规模攻势。新教义军面对强敌奋勇厮杀，齐心死拒，使清军无法攻上山崖。最后清军仅占据了山下一隅之地，可惜无济于事，伤亡甚多。不过义军在此战中也是死伤惨重，首领李可魁阵亡。
此时清军数万大军云集石峰堡下，层层封锁，新教义军已经插翅难逃；而堡中能战者已经不过六千余人，堡内义军家眷高达上万。随着水源日渐枯竭，义军即使有粮也难以下咽；只有等着老天下雨才能稍稍积攒一些，但也根本不够用。
这期间，随着石峰堡外围三道壕沟逐一失守，义军首领张文庆迫于无奈，只好决定让义军家眷下山求生。
十月初二，新教家眷两千五百人下山投降。阿桂和福康安命令亲卫将其中的强壮者按十人一组分开点名；点完名随即杀死，当晚便处决八百人。
是日深夜，张文庆带堡内起义军向山下猛冲，马四娃在后掩护，爬越长壕，奋勇冲杀。福康安早有防范，重赏激励之下，各部清军开始疯狂围攻。被银子刺激的眼红的清军也豁出去了，一时山上山下枪来箭往，火矢如雨，数千人战死于壕沟内外，尸横遍野。张文庆身中数箭，与马四娃退回堡内。
到了天亮，数千清军开始蜂拥上山，冲进堡内大肆搜捕。张文庆、马四娃等一千七百余人被杀。至此，石峰堡终于陷落，田五、张文庆起义彻底失败！
在另一时空的历史上，福康安和阿桂、李侍尧三人共计剿杀新教一万一千人。而因为赵新的出现，本时空的甘肃回乱远比真实历史上的规模还要大，波及陇东各县。
此战前后，福康安率部残杀新教义军及家眷近两万人。他在战后又将俘获的石峰堡、底店妇女儿童等六千余口，分别赏给京营官兵、川兵、番兵。之后又搜出的五百余口新教家眷，也分别发遣江宁、杭州、福州、广州，赏给该省官员兵丁为奴。而战后的陇东一带，无数村落化为废墟。
经此一战，福康安又找回了昔日的信心。此时的他已经被清廷任命为陕甘总督，接替被问罪的李侍尧处理甘肃善后事宜。
至于李侍尧，乾隆在上谕里骂他“玩误因循”，又念其不擅军旅，先定为斩监候。秋后处决。后又改为把牢底坐穿，遇赦不赦。
历史上，到了明年即乾隆五十年，李侍尧又被放了出来，署理正黄旗汉军都统，在紫禁城内骑马。
不过，福康安虽然在陕甘忙着处理战后事务，可一场大胜后，他那原本失落的心思却又活泛起来。
福康安秘密派家人南下广州，托十三行商人重金寻求英吉利人的火枪、火炮匠师和战舰制造工艺。等有了新式大炮和战船，他准备向乾隆请命二度北上，再战吉林，一雪前耻！
乾隆四十九年初，广东盐商谭达元诉李侍尧任两广总督时，十三行总商沈冀州曾为李侍尧敛派公费贪赃不法，乾隆于是命福康安亲赴广州代理两广总督，审理案情，所以福大帅在十三行是有关系的。