崇祯元年的改革开始了，大刀阔斧，由于朱由检已经把军权牢牢掌握，所以改革的力度和深度逐渐加大，该杀的就杀，绝不手软，不管是宗室还是勋贵，或是朝中高官，只要是敢反对变革的，那就毫不留情的抹去。
乾清宫里，朱由检接见了远道而来的孙传庭和洪承畴，两人激动的拜倒在地，哭着说道：“陛下，真乃明君，我大明有希望了。”
“两位爱卿不必如此，快起来。”朱由检又说道：“两位老大人，新军编练的怎样了？”
孙传庭回道：“按陛下的意思，微臣和洪大人都招募了五万人，由于银两很足，又有新军手册，事情进展的非常顺利。”朱由检又看向洪承畴，“老臣这里也是一样的，陛下把所有的困难都解决了。老臣要是还办不好差，就没脸回京师了。”
朱由检哈哈大笑，说道：“朕决定成立军机处，就是让懂得打仗的人，专门打仗，以后军机处的事，不能让不懂的人插手，两位老大人还要辛苦跑一趟，把军队带回来，归入京营管辖，就来军机处任职吧。”过了一会又说道：“孙老大人觉得，新军对上建奴如何？”
孙传庭想了一会，说道：“暂时缺乏血性，和战争的洗礼，不过随着时间的推移，微臣相信，迟早会战胜建奴。”“何以见得？”孙传庭又接着说道：“这本册子上说的信念，军魂，很重要，想当年，蒙古人不比建奴差吧，当年明军为什么能把蒙古人赶回漠北？现在怎么就打不过建奴了呢？微臣觉得很简单，银子，信念。”
孙传庭喝了口水，“没银子，士兵打仗没动力，没银子，吃不好，身体素质就跟不上。信念也很重要，要让他们知道为谁而战，为了什么而战，搞明白这些，建奴自然不可怕。所以，我相信，随着时间的累积，战场的洗礼，用不了几年，就能把建奴斩杀殆尽，毕竟建奴人少，耗也把他耗死了。”
朱由检点点头，又问道：“朕打算废除监军制度。你们怎么看？”洪承畴点点头，问道：“陛下是打算换成政委制度？微臣觉的非常好，政委只负责军队的思想教育，不插手军事。但保留上奏的权力。这样好，将在外，君命有所不授。两军对战，情势瞬息万变，将领要根据实际情况制定作战计划，而不能有挚肘。”
“洪大人说的好，说到朕心里去了。”又问道：“袁崇焕此人，如何？”孙传庭抱拳说道：“陛下让他总督辽东，没有问题。关宁铁骑战力还是很强的。”朱由检说道：“朕不是怀疑他什么，只是总这样不胜不败的，看不到希望，要做出改变了。朕打算派五万新军去辽东，看看效果。”又对孙传庭说道：“这样，孙老大人，爱卿直接回陕西，把部队直接派往辽东，交给袁崇焕。爱卿不必亲自去了，还是回到京城来帮朕。”二人领旨下去了。
刚休息一会，就看到沈长安走了进来，朱由检指了指自己的肚子，示意还没吃饭，沈长安说道：“你吃你的，我不饿。”“派往辽东的人手，我已经准备好了，我打算亲自去一趟，顺便去看看，能不能找到天外陨铁和蓝星石，这蓝星石，我怀疑，也是陨石的一种。”王承恩端上膳食，沈长安闭口不谈。
等朱由检吃完，王承恩退下，沈长安又说道：“你如今修炼要加快了，我都六转了，你才刚进入第三转，就你最慢。”朱由检苦笑道：“大哥，朕是皇帝啊，虽说只管军队了，也是没个空闲，哪有多少时间修炼。就夜里把修炼当睡觉。”
沈长安点点头，“欲速则不达，等江山平稳了，你的心态好了，修炼速度肯定会加快的。你忙吧，我去找你王月姐姐，过几天就出发。”朱由检叹口气，“什么时候，朕才有自由快乐的时光？”
崇祯元年三月初六，努尔哈赤第八子皇太极在沈阳盛京继皇帝位。年号天聪。