战争，为这个世界带来了阴霾……
【塞壬】，未知的敌人，人类的噩梦……
数十年前，她们在海洋中出现。
这是一个全新的“种族”——拥有着与人类少女近似的外表，但是她们的瞳孔和耳朵却是机械的，尚不能得知她们到底是生物还是机械。
而在她们娇小身段的背后，却是两三米高的名为“舰装”的机甲。
极致的科技，使得这些轻巧的舰装内能爆发出强大的火力，她们娇小的身躯可以轻易地避开那些笨重的炮火；与她们相比，人类引以为傲的军舰更像是大海上的铁王八。
面对敌方压倒性的战力，各个阵营却仍然各自为战，最终换来的结果亦是惨痛的：人类失去了90以上的海域控制权，科技和生活水平急速倒退。
人类对于海洋以及未知的敌人产生了深深的阴影，并且将那些将他们拖入深海黑暗之中的怪物们称之为——【塞壬】。
迫于塞壬带来的压力，人类不得不联手抵抗这来自深海的怪物。
【铁血】、【重樱】、【东煌】、【皇家】、【鸢尾教国】、【撒丁帝国】……
多个阵营联合组建了第三方军事组织【碧蓝航线】，意在集结并共享来自世界各大阵营的科技与资源，建造出能够与“塞壬”抗衡的新锐舰队，反击塞壬，夺回海洋。
在与塞壬的斗争的过程中，【碧蓝航线】有输有赢，但却在不断进步。捷报的数量不断提升，直至北海海战。
那是一场艰难的战役，【碧蓝航线】用近乎全灭的代价将塞壬困在了冰冷的北冰洋，那个他们出现的地方。
一切似乎都好了起来，人们认为他们击败了这来自北海的怪物。
人们在危机时结盟，却在安逸时分离。
最先退出【碧蓝航线】的是【铁血】，他们一直主张着要研究【塞壬】科技，在国际上近乎消声灭迹了50年，人们再次听到他们的消息则是【重樱】宣布退出【碧蓝航线】，与铁血结盟成立【赤色中轴】。
这就像是一个再度分裂的讯号。
不久后，【铁血】的军舰驶入【鸢尾教国】境内，宣布武装占领。
【鸢尾教国】分裂成为【自由鸢尾】和【维希教廷】两个国家，分别加入了【碧蓝航线】和【赤色中轴】。
同年，【萨丁帝国】宣布与【赤色中轴】建交。
不久后，【白鹰】与【北方联合】冷战。
在这一段时间内，各种关键资料开始不断外泄，除却各式各样的新式武器装备外，还有一样击败【塞壬】的关键武器也遭到了泄露，那就是——舰娘。
仅仅从外表看去，人形少女+名为“舰装”的机甲不由自主的让人联想到【塞壬】，而这种形似塞壬的“武器”自然是得到了各国民众的强烈反对。
但是民间种种讨论声，在官方逐渐公布了“舰娘”越来越多的资料后便消失无踪，关于“舰娘”，他们不约而同的改变了自己的看法。
与“塞壬”相同，“舰娘”也是一种人形的舰船。
但是她们可不像塞壬那般残暴——而是温柔、善良的少女；她们的外表与人类相似，甚至比大部分人类女性都更加漂亮，她们有自己的情感，如同你的家人一般；她们非常强大，能够和同舰种的塞壬但对单较量，甚至能够依靠“塞壬”所没有的智慧，击沉“塞壬”；她们非常忠诚，只会听国家和自己“指挥官”的话……
这是一位位近乎完美的女孩，除了没有人类的身份外，她们能比人类妻子做得更好，简直就是人们心目中完美的伴侣。
那么……如何获得一位“舰娘”呢？
很简单，当兵，当海军，就可以。
通过海军选拔者，不仅可以有获取自己专属“舰娘”的机会，在获得舰娘后，还可以住在国家免费为你和舰娘建造的“镇守府”里。
当然，你也要负责你所“镇守”的海域的安全。
一时间，“进海军，当‘指挥官’。”成为全球热潮。
通过这种宣传，越来越多的“指挥官”出现，越来越多的“镇守府”成立，虽然【碧蓝航线】已经分裂成了【碧蓝航线】和【赤色中轴】两个组织。