“没什么。”小智收回目光，随后三人就开始找路去神奇宝贝中心。
刚出博物馆，小智就看到了一旁的桥上站着一个女生，是刚才的那个女生对着小智招手，小智知道她就是被自己救的拉迪亚斯。
“你们先去吧！我一个人走走。”随后跟着拉迪亚斯向前跑去，拉迪亚斯跑的很快，总是在拐弯处回头对着小智招手，不知不觉小智就来到了来到了不认识的地方地方，如果现在不是大白天，恐怕对方的行为会让小智觉得这是妖怪诱拐自己的举动。
最好看到拉迪亚斯穿过一个葡萄架后，穿过了一堵墙壁不见了，小智微微一笑，也跟着跑了进去。
“哇”，走进后，就发现，小智他们身后是一道门，也就是说他们刚才是从门进来的，不过不知道为什么从外面看是一堵墙而已，而门内则是另一番景色，笔直交错的大理石道路，粗壮盘旋的树木，郁郁葱葱的草地，喷着水花的喷泉和水池，繁花点缀的花圃，阵阵微风拂过，还有许多的神奇宝贝在玩耍，如同皇家园林一般。
“这里真不错，可以睡个午觉。”小智直接躺在了草地上，揉揉眼，真打算在这里睡午觉，皮卡丘，伊布和一旁偷偷看着小智的拉迪亚斯头上都冒出一滴大汗来，小智你是不是忘了自己为什么来这里吗？
“有什么东西过来了？”而就在这时，小智的波导感觉又什么在靠近，水池突然激起高高的浪花，然后想着这边而来。
“皮卡丘不要伤害对方。”感觉到拉帝欧斯过来，小智马上喊道。
皮卡丘点了点头，只是用铁尾挡下拉帝欧斯的攻击，这时拉迪亚斯跑了过来，挡在了小智他们的前面。
“让开，拉迪亚斯。”
“住手，哥哥，他们是我的朋友！”
“你是从哪里进来的？”一个拿着画板的女生这时走了过来，对着小智他们喊道。
“我是真新镇的小智，我是跟着她到这里来的”，小智指了指旁边的拉迪亚斯。
“很可疑”，不过那个女生却不那么轻易的相信小智，而且在她看来小智的行为是跟踪。“拉帝欧斯”，随后就想让拉帝欧斯攻击小智他们。
“住手，卡侬，拉帝欧斯。”不过就在这时那个在博物馆的老爷爷走了过来，“那个男孩没有说谎，拉迪亚斯，你是想和这些人玩吧！”随后对着小智他们身旁的拉迪亚斯说道，而拉迪亚斯也点了点头，拉迪亚斯拉着小智去荡秋千。
“刚刚比赛的时候真是谢谢你了！”这时候小智也不隐瞒了，开启波导和拉迪亚斯心灵感应。
“你居然会心灵感应？”拉迪亚斯被吓了一跳。
“不，这是波导的力量。”小智全身散发出淡蓝色，如同气息一样散发的光芒，这是波导的力量。
“那太好了，我又好多话想问你们人类，卡侬和老爷爷都听不懂我说什么，哥哥又不会，我想问你……”随后恢复了原形的红色的拉迪亚斯，高兴的和小智一边荡秋千，一边聊天，然后发出高兴的笑声。
“果然，拉迪亚斯很喜欢那个男孩。”而老爷爷则是在一旁看到拉迪亚斯高兴的和小智玩耍说道。
“呜”，拉帝欧斯这时也向皮卡丘道歉。
“我叫卡侬，刚才真的很抱歉。”卡侬对小智说。误解都消除了，皮卡丘和伊布和拉帝欧斯、拉迪亚斯玩去了，它们在空中飞舞，皮卡丘和伊布则跳来跳去，不断在拉迪亚斯和拉帝欧斯那跟换位置。
“我们家族一直在这个岛上守护着拉帝欧斯和拉迪亚斯，并守着这些秘密，他们两个是兄妹，拉帝欧斯是哥哥，拉迪亚斯是妹妹。”老爷爷也向小智他们介绍拉帝欧斯和拉迪亚斯。
这是拉迪亚斯和拉帝欧斯飞过，皮卡丘和伊布跳了下来，皮卡丘整个贴在小智脸上，伊布则落在小智肩上，拉迪亚斯趁机拿走了小智的帽子。
“那是我最喜欢的帽子，看我不把你抓住。”皮卡丘回到小智的肩膀上，小智开始追逐拉迪亚斯，大家在一起高兴的玩耍。
“这时是境投影。”随后拉帝欧斯的眼睛发出亮光，接着潜入了一旁的水池中，拉迪亚斯则是在一旁，眼睛也发出亮光，接着，大家四周的影像就变了，“拉帝欧斯和拉迪亚斯在给我们看幻景”，卡侬介绍说，小智他们看到的就是拉帝欧斯看到的景象。
“这是送给你的欢迎礼物。”
“这些石板是……”，拉帝欧斯回来后，大家就在四周游览，这时小智看到了地下庞大的石板，有点好奇，那写的文字小智完全看不出来。
“是关于如何正确使用博物馆的机器和心之水滴的说明。”老爷爷解释说。
“这个就是心之水滴。”随后老爷爷把大家带到一旁，就看到了一个小水池中，安置于一个小架子上的心之水滴。
“真的很漂亮啊！”小智看着不断闪耀的心之水滴说道。
“请你们务必不要把这里的事情说出去”，这时老爷爷嘱咐小智说。
“好，我知道了。”小智立刻保证的说，他也不想破坏那么美丽的地方。
“小智，你明天一定还要来。”拉迪亚斯拉了拉小智的手。
“好的，我也在这座城市逗留几天。”小智摸了摸她的脑袋。
“拉迪亚斯真的很喜欢小智呢！”看到拉迪亚斯亲密的碰触着小智的脸颊，卡侬这时说道。
“不过天色黑了，我也要回神奇宝贝中心了，免得我的伙伴担心，下次，我在找你玩。”虽然小智也和舍不得拉迪亚斯，不过自己自己出来一天了，也需要回去，避免小刚他们担心。
“我们走吧！”随后就在老爷爷的带着小智向外走去。
“这里是……”，走出来后，就直接进到了一个工作室里，小智好奇的看着四周，和原来的地方不一样。
“是我的工作车间，修理船只的工厂，空闲了，就到博物馆去当导游帮忙，卡侬，你带小智回神奇宝贝中心吧！”
“对了，在白天的时候我见到拉迪亚斯的时候，正有两个坏人在抓她，肯定不怀好意，你们一定要小心。”小智这时想起白天的事情，提醒卡侬和老爷爷说。
“是这样啊！”老爷爷听后若有所思，随后小智就在卡侬的帮助下回到了神奇宝贝中心休息。
“小智，你去哪里来了，那么晚才回？”回到神奇宝贝中心，就看到小霞和小刚在等小智。
小智便把今天的事情告诉了他们，小霞和小刚听了都很吃惊，打算明天和小智一起去看看。吃过晚饭，小霞和小刚很快进去了梦乡，而小智也在擦着神奇宝贝球，今晚注定是一个不眠之夜。
就在大概凌晨时分的时候，小智发现有人从窗户进来了。。
“拉迪亚斯。”拉迪亚斯看到小智后变成人类的样子，扑到了小智的怀里，开始哭诉起来。
“怎么回事？”小霞和小刚被拉迪亚斯的哭声吵醒了。
“不用担心，拉迪亚斯，他们是我的伙伴。”小智安抚受惊的拉迪亚斯。
拉迪亚斯听到小智这么说也放下心来，变回原来的样子，它现在只相信小智一个人。
拉迪亚斯的样子先是吓了他们一跳，不过会想起今天小智和他们说的事，很快接受了一个事情。
“我长话短说，刚才有两个人把拉帝欧斯和博物馆老爷爷和卡侬给抓走了，心之水滴也被抢走了，拉帝欧斯拼命的挡住那两个人的攻击，拉迪亚斯才跑出来的。”小智解释说。
“呜”就在这时拉迪亚斯的眼睛发出亮光。
“是梦境投影”，看到四周的影像发生了变化，小刚说道，“是博物馆的大厅”。
“是卡侬。”随后就看到卡侬和老爷爷被阿利多斯的丝线绑在了一旁。
“是那两个人，还有心之水滴。”也随后发现就是白天那两个想要抓拉迪亚斯的人，心之水滴也被放在了博物馆的那个机器上，随后莉奥就启动了机器。
“化石翼龙和镰刀盔。”随后就看到博物馆地板上的化石翼龙和镰刀盔的化石被复活了，小刚非常的惊讶。
“我们快走。”看到四周恢复了原样，小智知道时间紧迫，所以就说道，然后大家就向外跑去，乘着卡侬的船向博物馆而去。
“不好，是镰刀盔，它的眼中只有眼白，是被控制的。”刚走了不久，就看到镰刀盔从水里冒了出来，“这里交给我，你们快走，去吧，大岩蛇。”小刚主动留了下来，也派出了自己的大岩蛇来阻住这只镰刀盔。
“赫拉克罗斯，你也去帮忙。小刚要小心啊！”小智非常的相信小刚，派出赫拉克罗斯一起去压制镰刀盔，就再次向前而去。
刚走没多久，小智他们这边则是再次碰到了麻烦，“这次是化石翼龙，这次我来，牛蛙君，去吧。”看到是化石翼龙来袭，小霞跳下船，派出了牛蛙君来迎击。
“化石翼龙，你也去帮忙！小霞，要小心。”小智对着小霞喊道，谢谢完全不怕疼痛的神奇宝贝需要两只才能更好的压制对方。
“好了，知道了，你们快走吧！”小霞和化石翼龙一起挡住化石翼龙。
“那是……”，就在小智和拉迪亚斯感到广场的时候，就看到一道水柱冲天而起，向着广场而来。
“应该是莉奥控制那个机器引起的”，小智随后说道，“快走。”而后就向前跑去。
“不好”，不过他们再跑也没有水流快，水流迅速就把他们围了起来，卡侬担心的说。
“伊布，变成太阳精灵，使用瞬间移动。”小智看着逐渐向他们压来的水流，对伊布说道。
“布伊”，随后伊布变成太阳精灵，眼睛发出蓝色的光芒，带着小智和拉迪亚斯跳过这段距离。
“啊”，经过一路险阻，小智、拉迪亚斯终于到了博物馆，一走进博物馆，就看到那个巨大的机器底下发出许多的能量，仿佛是失控了，在到处的乱转，拉帝欧斯则是被困在一旁的铁圈中，老爷爷和卡侬被绑在一旁。
“太阳精灵。”站在底下的桑兰看到小智他们后，就对太阳精灵说道，是想要阻拦小智。
“皮卡丘，不用留手，十万伏特。”小智则是没时间和她耗，皮卡丘直接一道电流打过去，命中了太阳精灵、阿利多斯和桑兰。
“皮卡丘，铁尾。”小智趁着这个时候来到了老爷爷和卡侬身旁，皮卡丘用铁尾切断丝线解救他们。
“机器已经失控了。”老爷爷被解救下来后，就立刻说道。
“这样下去，拉帝欧斯会死的。”随后卡侬看到困住拉帝欧斯的铁圈开始不断的加速，快速的吸收拉帝欧斯的能量，担心的说。
这时拉迪亚斯也来到了拉帝欧斯的身旁，不断的撞击着困住拉帝欧斯的铁圈，不过完全的没效，小智立刻走过去，扶起刚才被铁圈弹开的拉迪亚斯。
“拉迪亚斯，让我来。”小智阻止拉迪亚斯继续撞击。
“化石翼龙”小智放开声音大喊到。
“吼”原本正在周旋的化石翼龙听到小智的呼唤，怒吼一声，使用最强的破坏死光将那个被控制的化石翼龙打到镶进地里，动弹不等。
化石翼龙头也不回，快速飞到小智那，降落在小智的后面。
小智拿出ega进化石，丢给化石翼龙，然后从衣服里拿出项链。“化石翼龙，ega进化。”“吼————”ega进化链条出来，双方互相交融，更加凶恶的ega化石翼龙出现了。“化石翼龙，使用超级冲击，皮卡丘，对着化石翼龙使出最大威力十万伏特。”随着小智一挥手，化石翼龙全身巨大螺旋能量包裹全身，皮卡丘释放出强大的电流迅速包裹化石翼龙。“去吧！”两大技能融合在一起，让化石翼龙全身被金黄色的能量包裹，朝着铁圈冲过去。“轰——”一声巨响，铁圈完全被撞的变成一团麻花掉在地上，化石翼龙飞了出来，全身散发着反噬的电流力量。“拉帝欧斯，没事吧！”拉帝欧斯终于解困了，小智和拉迪亚斯立刻跑上去担心的问道，而那边的机器也因为没有了拉帝欧斯停了下来，桑兰也跑去看莉奥了。“呜————”，拉帝欧斯气息奄奄的趴在地上。“小智，没事吧”，小霞和小刚这个时候也终于赶来了。“差不多娃娃，治愈波动。”小智接着就派出了差不多娃娃来给拉帝欧斯恢复体力，拉帝欧斯脸色变得好一点。“啊呀，怎么整个都变色了。”就在这时桑兰看着心之水滴说道，原来水蓝色的心之水滴，变成了红色，而且中间还有好多的黑斑。“不要碰”，老爷爷看到桑兰想要碰心之水滴，于是立刻阻止，可是还是晚了，桑兰已经碰到了，随后就被心之水滴发出的能量给弹开了，接着心之水滴就爆破开来，变成了碎片，而那个机器则是再一次的失控了，而且比刚才还严重。“当坏人使用心之水滴时，心之水滴会出现裂痕最后消失，和这个城市一起。”老爷爷这使解释说。“什么？”听到这个城市也会消失，小霞吓了一跳。“大海……消失了。”拉帝欧斯稍微了恢复了后，大家走出博物馆，就看到大海渐渐的退去，最后完全的消失了，露出了裸露的河床，看到这一幕，大家都非常的不敢相信。