诸葛亮攻克予章，收编予章精兵两万。因为予章为江东繁华大城，予章凌操、长沙韩玄、吴城丁奉，汝南孟公威、吴城步鹭、会稽陆绩，文武才俊，皆居于此地，因为诸葛亮在此招贤，众人皆投于诸葛亮帐下。
金旋见文臣武将渐渐汇集，拜诸葛亮为左军师，主管军事，凡金旋之下，一律听其号令；庞统为右军师，主管政务。此时共有大军一十四万，诸葛亮领命，旋而调度军务，黄忠、苏飞两将，率领兵马两万，驻守武陵。赵云、向宠两将，率领兵马两万，驻守长沙。魏延、韩玄两将，率领兵马两万，驻守建平。甘宁、张允两将，率领水师两万，驻守赤壁。以上各将主将统兵一万五千，副将统兵五千。
邢道荣率领部下一万兵马，驻守武陵，招兵募将。蒋钦、丁奉、凌操为上将，各自统兵一万，暂驻武陵。鲍隆为桂阳守备，率领本部兵五千驻守桂阳。博士仁为零陵守备，率领本部兵五千守零陵。马谡为粮草使，率领士兵一万，专门押送粮草。上述诸将，接到军令后，于十日内到位。
诸将中只有许褚，统率飞虎营精兵五千，直属金旋管理，负责金旋安全。乌静儿培养的女兵，与祝融夫人亲兵合并，成立女卫军，由乌静儿统领，负责金旋家小的安全。
诸葛亮接过军权，雷厉风行，颁布军令五十四条，严肃军纪。此时研究院按照金旋提供的武器图式和冶炼原理，依图打造出各式先进兵器，逐步分发给诸军。诸葛亮挑选军中善于器械技击者，授以器械使用方法，练熟后分入各军教习。共训练朴刀兵、长枪兵、大刀兵、飞刀兵、弩兵、弓箭兵、藤甲兵、铁槌兵、武斗兵、链锤兵、蛮牌兵等共十一兵种。又让邢道荣从所部军中挑出百名聪明伶俐、能言善语之人，授以阵法，分派各军教习。共有方形之阵、圆形之阵、箭形之阵、冲锋之阵、雁形之阵、玄襄之阵、钩形之阵、锥形之阵、鱼丽之阵等九种阵式。各种阵式生生相克，变化万端，威力极大。军中经过整顿，秩序井然，战斗力也随之上升。各将因为军容一整，士兵战斗力提升，先前因为诸葛亮年小的轻视渐去，钦佩之心渐生。
在硬件打造完毕后，诸葛亮开始殚精竭虑，将金旋思想政治观点开始融入军中。他先是从军校入手，在教育学员和轮换培训各军将领时，将对金旋的个人崇拜融入课程中去，以对金旋的忠诚取代沿袭的忠君思想。又设法统一部队的思想观念，逐渐将士兵拿饷打仗的思想模式转变成为大汉民族而战。后来，诸葛亮将这些作法逐渐改良，最终成为中国军队战无不胜最大的法宝。
同时，庞统也开始整顿政务。任命庞义为桂阳太守，石广元为零陵太守，傅巽为长沙太守，崔州平为武陵太守，王甫为予章太守，孟公威负责五郡学事、农事，马良负责粮草、库房。步鹭、陆绩随从庞统驻守长沙，协同庞统处置政务。
孙坚原来掌管长沙、予章、鄱阳、庐陵四郡，今长沙、予章兵马、钱粮皆为金旋夺去，心中怒火难消。但是孙坚自知与金旋抗衡，实力尚有不及。正在孙坚苦思对付金旋之时，外界开始传出风声，风传孙坚私藏玉玺、伪造圣旨，是两王联军与金旋发生战争的罪魁祸首。
刘表大将蔡瑁身亡，部下士兵损伤惨重，自然对金旋恨意难消，但是一战丧胆，正在悔恨之际，上使携带圣旨前来问责。刘表听闻上次圣旨为伪旨后，不由怒火攻心，听闻是孙坚居中调拨，将满腹怒火都转嫁到孙坚头上，欲起兵攻打庐江。
江苏文正在寻找机会，挑拨刘表与孙坚的关系，此时闻刘表有起兵之意，寻出一名手下，相貌极似黄盖，让部下扮成孙坚兵马，夜袭江夏屯粮之所，尽烧毁此处粮草。刘表大怒，诸事一并发作，倾五郡之兵，赴庐江与孙坚交战。