第二阶段有限打击行动持续到6月1日凌晨0时0分。
按照“时间表”的承诺，第二阶段有限打击行动的强度降低了二分之一，大部分作战力量撤离战区，主要作战任务由空军承担，海军也部分解除了战略封锁，允许向日本输送包括粮食与燃油在内的更多的人道主义救援物资。
不是共和队不想打，而是找不到多少可以打的目标。
经过第一阶段的全面战略轰炸打击行动，日本本土的有价值目标已经所剩无几。为了寻找打击对象，军情局还调动数颗军事侦察卫星与民用遥感卫星，花1周时间拍摄日本全境数字地图。不可否认，肯定有“漏网之鱼”，第二阶段有限打击行动的主要任务就是消灭“漏网之鱼”，确保日本无法在战后迅速复苏。
实际上，这一阶段的打击行动多少有点多余。
随着春季到来，在只能向伊豆诸岛转移350万人口的情况下，留在本土的数千万难民最多只能生存2年。即便到达伊豆诸岛的350万日本人中有200万处于最佳生育年龄{18岁到24岁}的女性，以最快的速度繁衍后代{平均1年1胎}，婴儿存活率高达100%，2年之后日本只剩下750万人口。算是侨居海外的1000多万日本人，2年之后日本的国民人口不会超过2500万，其中劳动力不会超过2000万。
这还是理论计算结果，实际情况肯定糟糕得多。
按照日本在第二次世界大战之后迎来的生育高峰，需要大概30年，日本的人口数量才有可能超过5000万，为大国地位打下基础。
由此可见，即便共和国立即停止战略打击，日本也无法在战后迅速恢复元气。
按照西方媒体的评论，共和国的军事打击行动多少带有政治色彩。
逐步降低打击强度，不是为了摧毁日本，而是为了与西方国家讨价还价，从根本上影响日本的战后重建工作。
美欧的第二阶段人道主义援助行动，主要为日本难民提供必要的生活物资与设施。
按照共和国在“五加九会议”上做出的承诺，在第二阶段有限打击行动中，除了将5个“安全区”的范围扩大2到5倍之外，还在日本本土划出10个新的安全区。这10个安全区是北海道的扎幌，本州岛的秋田、仙台、金泽、宇都宫、静冈与奈良，四国岛的高知、以及九州岛的熊本与大汾。除了允许运送人道主义救援物资的船只开赴安全区之外，共和国还允许运载人道主义救援物资的飞机前往安全区内的机场，同时允许承诺接纳日本难民的国家用飞机接走难民。当然，共和国对空运做出了严格的限制，比如运输机到达机场后，必须按照共和国指定的时间将运载的物资放在指定的地点，以便共和国的侦察卫星对物资的种类与性质进行核对。又比如，所有搭乘飞机离开日本的难民必须提前在最近的国际救援机构登记备案，以备共和国进行核查。
共和国开出如此苛刻的条件，与美欧的人道主义援助项目有密切关系。
按照美欧制订的计划，在第二阶段人道主义援助行动中，向日本提供粮食、药品、取暖用的燃油、清理放射性污染的设备名义上是为了帮助日本难民尽快恢复正常生活，实际上是为第三阶段人道主义援助行动、也是正式帮助日本进行战后重建之前的基础准备工作打下基础，从而在共和国实现全面停火之后立即帮助日本进行战后重建。
美欧的目的昭然若揭，共和国不得不有所提防。
虽然签署相关协议，但是在援助物资问题上，共和国与美欧仍然存在巨大分歧。别的不说，仅援助给日本的粮食就差点让共和国与美欧翻脸。按照美国提交的援助方案，为了使8000万日本人获得最低生活保障，平均每月需向日本提供200万吨粮食，并且向日本派遣数万名志愿救援人员。共和国的计算结果是，即便不考虑日本储备的粮食，每月也只需要向日本运送120万吨粮食，就能确保所有日本人获得最低生活保障。显然，双方的分歧在具体人均指标上，美国的标准是人均月25千克，而共和国的标准是人均月15千克。按照美国的标准，绝大部分日本人肯定会“吃饱了没事做”，有足够的能力参与基础重建工作。按照共和国的标准，几乎所有日本人都只能勉强填饱肚皮，没有精力参加劳动。
所有的细节问题都得通过谈判解决。
这也是“时间表”第二阶段期间的主要工作。
为了避免出现矛盾与冲突，共和国与美欧在2个月内进行了数十次谈判，商讨所有细节问题，不但是人均粮食配额，还有取暖配额、药品配额、支援救援人员规模、废墟清理设备的种类与总量等等。
为了在谈判桌上向美欧施加压力，共和国肯定不会立即停止打击行动。