作为高技术军种，空军在第三次军事改革中受到的影响并不大。
在外界看来，为了加强天军建设，加上在战术运输机项目与低空攻击机项目上败给了陆军航空兵，空军受到了很大的影响，也得像陆军那样，在第三次军事改革中裁员，导致数万名空军官兵失业。事实上，情况远没表现得这么糟糕。空军裁掉的4万多名官兵中，以战术空运部队的相关人员、以及基地警卫等非战斗人员为主，战术航空兵、战略航空兵与支援航空兵反而得到了加强。按照共和国在2040年公布的国防蓝皮书，到当年年初，共和国空军的总兵力为42万，其中飞行员超过了3万人。由此可见，共和国空军的规模并没缩减，至少维持了印度战争前的水平。
从某种意义上讲，共和国空军的规模扩大了。
按照军情局提供的情报，到2040年底，美国空军的总兵力在40万左右{未包括空中警卫队}，其中飞行员只有23000人。也就是说，在美国空军中，飞行员占总兵力的5.75%左右，而在共和国空军中，飞行员占总兵力的7.15%。这一现象除了证明共和国空军的保障体制更加有效{可以减少飞行员之外的保障人员}之外，也证明了共和国空军的实际规模肯定不止42万。准确的说，因为在战争时期，机群出动强度提高，需要更多的保障人员，飞行员在总兵力中占的比重应该在5%以下，所以共和国空军在不扩充飞行员的情况下，可以在战争时期征召大月18万预备役人员，将总兵力扩充到60万左右。相对而言，扩充保障人员比扩充飞行员容易得多。
具体编制上，空军的变化就非常惊人了。
传统上，空军下设3个主要兵种，即战术航空兵、战略航空兵与支援航空兵。随着技术进步，兵种间的区别越来越小。在2030年之前，也就是共和国当局为印度战争做准备之前，就有部分空军将领提出了缩减编制的想法，即取消原来的兵种区别，按照作战使用与作战目的，合理分配各兵种的作战力量。虽然这一提议得到了前空军司令严宇擎的支持，但是在章忠宪出任空军司令之后，出与争夺总参谋长职务的考虑，没有继续推进空军的结构化调整。藏南冲突爆发之后，共和国当局明确了通过战争解决南亚争端的基本原则，着手对军事力量进行全面调整，空军的结构化调整自然无果而终了。
印度战争之后，林啸雷出任总参谋长已成定居，章忠宪离开空军也是迟早的事情。
在此情况下，章忠宪没再“怠工”，顺应第三次军事改革的大潮流，率先提出了结构化改革方案，即通过整合三个主要兵种的资源，达到缩减编制的目的。由此可见，章忠宪不是没有才能，而是很有才能。从某种意义上讲，正是章忠宪的这一安排，让空军在第三次军事改革中保存了大部分实力。也就是说，空军裁减的几万官兵，实际上都是通过结构化调整削减下来的，对空军的影响并不大。
不管怎么说，结构化调整必须建立在先进装备的基础之上。
说直接点，没有足够先进的装备，就算再怎么调整结构，空军的战斗力也不会增强。
因为空军采用了严格的装备与人员对应的编制体制，所以在兵力并没大规模缩减的情况下，空军的装备数量也不会减少多少。虽然与陆军一样，在2035年之后，共和国空军再也没有采购过一种新式主战装备，只能在改进旧装备上做文章，但是作为高技术军种，空军在改进上玩的花样更多，也更加彻底。
在空军的众多主力装备中，最受关注的仍然是重型制空战斗机。
因为在半岛战争、日本战争与印度战争中的突出表现，共和国空军的重型制空战斗机闻名全球，重型制空战斗机也再次成为争夺制空权的主要力量，所以印度战争之后，除了共和国与美国之外，俄罗斯率先启动了重型制空战斗机的研制项目，就连法国也在努力拉拢几个欧洲大陆国家，想通过联合研制的方式开发“欧洲战斗机”。
到21世纪40年代，j-16仍然是世界上最出色的重型制空战斗机。虽然空军早在2035年年底就启动了j-16的替代战斗机，即代号x18的重型制空战斗机研制项目，并且在当年就向中航集团、中重集团与航空航天集团各支付了几亿元的项目启动经费，要求这三家有能力研制重型制空战斗机的军火企业拿出初始设计方案。但是在2037年，也就是林啸雷担任总参谋长之后，随着海军加入，空军单独研制重型制空战斗机的计划被取消，而且在谁主导该项目的问题上，空军与海军产生了严重分歧。
虽然裴承毅当时已经去了物理实验中心，但是对这件事情还是有所了解。
原因无二，与重型制空战斗机有关的几项技术由物理实验中心的实验室负责，裴承毅正好参与了其中的一项开发工作。
按理说，重型制空战斗机是空军的当家花旦，而且空军的采购数量远远超过海军，所以无论如何应该应该由空军主导，在空军型号的基础上改出海军型号。问题是，林啸雷当上总参谋长之后就提出了“大海军计划”，即在20年内，将海军规模扩充1倍以上，完全具备与美国海军对抗的实力。虽然该计划的现实意义非常大，按照王元庆的估计，两个超级大国共存的局面最多再维持30年，如果不能在20年内建立起世界一流的海军，共和国不大可能在全面战争中击败美国。但是林啸雷的做法过于霸道，而且思想过于激进。不管怎么说，在海军主导局面的情况下，总得给其他军兵种一点活路。
闹到最后，该项目被国防部否决了，准确的说，是在顾卫民的干预下被暂时搁置了。
顾卫民给出的理由很简单，j-16在20年代开发、30年代装备部队，足以服役到20年到30年，即在2050年之前，完全没有必要考虑更好的战斗机。虽然重型制空战斗机的开发周期长达10多年，甚至20年以上，但是不研制重型战斗机，不等于不开发新技术，很多与重型战斗机相关的技术，可以在其他项目中得到体现与应用，或者单独立项。事实上，搁置了重型战斗机的开发项目的同时，国防部批准了几个单独军事科研项目，并且在批准j-16的改进项目时，明确提到了几个技术指标，即通过改进j-16来推动新型重型制空战斗机的关键项目。
如此一来，搞到最后，重任还是落到了空军身上。
不管怎么说，j-16是由空军主导的重型战斗机，所以在改进j-16的时候，其主要作用的也是空军。
因为国防部提出了更高的要求，所以j-16的改进项目得重头开始。
在2039年底首飞的j-16的第二种正式批量生产型的编号为e，而不是在印度战争爆发前就已经开始研制的j-16c。虽然看上去，j-16e比j-16c更加先进，毕竟其改进时间比较晚，能够采用更多的新技术，但是事实上，j-16e应该是j-16c的缩水版本，其主要目的就是控制改进费用，即在以j-16a为基础进行改进时，改装成本不得超过造价的40%。受此条件限制，很多计划用在j-16c上的先进设备，比如无源探测系统、全新的发动机，压根不可能出现在j-16e上。