俗话说，不当家不知柴米油盐贵。当上国防部长之后，裴承毅才知道为什么国防部会与总参谋部格格不入。
作为国防预算的申请者与管理者，以及掌握的军队人事调动与任命权，按理说，国防部的权力远远超过了总参谋部。更重要的是，第三次军事改革的总体方针就是在提高国防部的同时压低总参谋部。如果一切按照第三次军事改革来的话，总参谋部将成为是一个“双委任制”的机构，即在和平时期接受国防部领导，在战争时期协助国家元首指挥作战。为了确保元首的军队军事领导权，国防部长的地位将得到提升，兼任国家安全事务副总理{只有4位总理，即总理与负责日常工作的常务副总理、以及负责外交、经济与安全中的两项事务的副总理}，直接向元首负责。
问题是，第三次军事改革并没完全落实。
归根结底，问题还是出在共和国的政治军事制度上。
顾卫民上台之后，不是不想推动第三次军事改革，毕竟帅永康是他提拔起来的国防部长，通过国防部控制军队，肯定要比通过林啸雷控制的总参谋部来控制军队好得多。问题是几乎没有人支持推动第三次军事改革。林啸雷自然不必多说了，作为总参谋长，他没有任何理由把权力交给国防部。颜靖宇既没有支持顾卫民、也没有支持林啸雷，而是想利用两人相争的机会从中渔利。阎尚隆的态度非常暧昧，毕竟在此之前负责国家安全工作的副总理是由他安排的，而不是由顾卫民安排的。叶致胜的态度也很暧昧，在顾卫民与颜靖宇分出高下前他不会轻易表态。
总而言之，到裴承毅入主国防部的时候，摆在他面前的是一副烂摊子。
用跟随他前往国防部、被任命为国防部长助理的东方闻的话来说，在裴承毅之前，国防部只是个具有象征性意义的行政机构。虽然名义上，国防部掌握着共和国的军事预算与军人调动大权，但是实际上，国防部的权力非常有限，很多政令过不了总参谋部那一关，也就别想下达到基层部队了。
由此可见，根本问题就在国防部与总参谋部的关系上。
在共和国，国防部与总参谋部是两家平行的军政机构，国防部属于行政管理机构，总参谋部则是军事指挥机构。在其他国家，特别是在发达国家，总参谋部基本上都是国防部下设的军事指挥机构，两者是隶属关系，而不是并行关系。解决问题的办法也在这里，即改变国防部与总参谋部的关系，让总参谋部成为国防部下面的军事指挥机构。
毫无疑问，这不是裴承毅能够做到的事情。
以2042年到2047年的情况来看，裴承毅根本不可能让总参谋部成为国防部下设的军事指挥机构，因为顾卫民不可能让与颜靖宇关系密切的裴承毅插手军事指挥权，更不可能撕毁与林啸雷的准同盟关系。在这5年间，裴承毅只做了一件事情，那就是理清国防部与总参谋部的关系，把属于国防部的权力要回来。
由此可见，裴承毅确实有不俗的政治才华。
要知道，国防部一直“萎靡不振”，就是因为很多事情没有按规矩办，原本属于国防部的权力落到了总参谋部的手中，导致两大机构的关系倒置，国防部反而成了总参谋部下面的专门负责管理国防预算的“会计事务所”。只要按照规矩来，把属于国防部的权力交还给国防部，那么国防部就能站在总参谋部之上，成为真正的军事管理机构。
说起来容易，做起来却非常困难。
暂且不说与所有军人息息相关的人事任命与调动权，仅军费开支与管理这件事，就让裴承毅花了足足3年，才让林啸雷放手。
从2042财年度到2044财年度，围绕国防预算与军费开支这两个问题，国防部与总参谋部进行了三场惊心动魄的“大决战”，以及数十场围绕着权力进行的斗争。用外界的话来说，这三年是新老交替的变革时期。
因为才上位，对局势还不太了解，而且与其他部委的关系不太顺畅，所以在就任国防部长的第一年，裴承毅没有要求获得国防预算的支配权，只是在向全体代表大会申报国防预算的时候，与林啸雷达成了一份“君子协议”，国防部不会对总参谋部的预算分配方法进行干预，但是需要掌握每一分钱的去向。随后，裴承毅让东方闻聘请一家独立会计事务所，专门负责国防经费的审计工作。
看上去，裴承毅做出了很大让步。
实际上，裴承毅已经借此机会为夺回国防预算大权打下了基础。
2043财年度，国防部在国防预算阶段开始发挥作用。按照外界的传闻，制订该财年度国防预算计划时，裴承毅带着独立会计事务所的国防经费使用审计报告去了总参谋部，只用了5分钟就让林啸雷做出让步，同意由国防部负责国防预算的审批工作，并且在具体支出的时候由国防部行使监督权。
由此可见，关键就在那份2042年国防预算支出审计报告上。
虽然国防部没有披露这份审计报告，总参谋部也没有透露任何消息，负责审计的会计事务所更是在此事之后关门了事，参与了审计工作的几十名会计师改名换性，离开了公众的视野，但是有足够的理由相信，这份审计报告肯定点中了总参谋部的死穴，甚至存在极为严重的贪污问题。
事实上，这也就是让裴承毅出任国防部长的最大价值。
在裴承毅之前，帅永康也知道在国防预算开支上存在严重的贪污问题，但是作为对总参谋部的情况不甚了解的文职官员，就算知道有问题，也没有办法查出问题，更不可能让总参谋长低头。更重要的是，精通行政管理的官员都过于老练，做事圆滑，从而缺乏一查到底的魄力。虽然在这个问题上，裴承毅也表现出了老练圆滑的一面，没有在国防预算开支不实的问题上一查到底，但是他却取得了文职官员怎么也不可能取得的成就，那就是让总参谋长交出了预算大权。
可以说，这是一个了不起的，而且至关重要的胜利。
在此基础上，国防部获得了挑战总参谋部的实力。
当年，裴承毅就以国防部长的身份，亲手砍掉了17项意义不大的军事装备与技术发展项目，额外增设了9个重要项目，并且为16个关键项目增加了拨款。因为裴承毅在第三次军事改革的时候，在装备办公室干了好几年，随后又在物理实验中心参与了基础科研项目的开发工作，所以在军事装备与技术发展方面，裴承毅拥有很高的发言权，几乎没有哪个人敢于怀疑他的权威性。
更重要的是，裴承毅没有因此削减国防预算。
因为减少了不必要的浪费，增加了开支的灵活性，确保了重要项目的投入力度，所以由裴承毅亲自起草的2043财年度国防预算报告更有说服力，也得到了军队里各级官兵的大力支持。
2044财年度，裴承毅卷土重来。
这次，他要的不仅仅是制订国防预算的权力，还要求获得国防经费分配权与国防开支监督权。为此，在2044年上半年，裴承毅就在国防部下设立了两个直接向国防部长负责的办公室，一个负责分配国防经费，另外一个负责监督国防经费的指出与使用情况，而这两个办公室的负责人都由裴承毅亲自安排。