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在整个军制改革中，貌似陆军是改革的重点，帝国海军的改革行动并没有太大的动作。实际上不然，帝国海军的改革实际上比陆军还要彻底，甚至可以说，当时的帝国海军改革，已经超越了整个时代，具有了非常超前的意识！
帝国海军是朱祁钰一手打造的，可以说这是他留给帝国后人最为丰厚的一笔财富，正因为有了强大的帝国海军，所以才有了强大的帝国，并且在数百年之内，这支海军都在捍卫着帝国的利益，成为了帝国最强有力的代表。同时，这也是一支绝对为帝国利益而战的军队，从帝国海军成立的那一天开始，就已经烙上了忠君爱国的印记，并且在数百年之中，这支军队都在为着帝国，为着帝国的皇帝而战！
不过，就当时的情况而看，帝国海军在最初的十年中，发展的情况却并不理想。虽然，从成为一支独立的军种，拥有了与帝国陆军平起平坐的地位之后，帝国海军已经从一支内河内湖水师变成了一支强大的作战力量，不过，帝国海军在短短的十年之中，根本就无法积累起与帝国陆军抗衡的资本！
在西征结束（针对莫卧儿帝国的战争结束）时，帝国海军的编制规模仍然远小于陆军。当时，帝国有三大舰队（第四支舰队也已经建造完成，不过却没有立即服役），即北洋舰队，东洋舰队，以及南洋舰队。
海军编制内官兵达到了三十五万，其中包括了二十万陆战队。拥有战舰五百三十三艘，运输船只一千八百余艘。另外，还随时可以征召帝国境内的三千多艘商船，而帝国上船队的近二十万名水手则是海军天然的预备役部队。虽然，这已经是当时世界上规模最大的一支海军了，不过，从总体实力上来讲，帝国海军还远远比不上帝国陆军，甚至在很多地时候，仍然充当着帝国陆军的配角！
这也是没有办法的事情。在之前的数场对外战争中，除了平定南洋，以及在西洋针对红夷的两场战争之外，其它的时候，帝国海军充当的都只是配角，只是为陆军服务的，甚至在很的时候，连为陆军服务的能力都没有！显然，正是这种战场环境，最终决定了海军的地位，严重的影响到了海军的地位。在当时，帝国国内踊跃参军的年轻人绝不少，每年都会有很多人无法获得参军的机会，可是主动报名参加海军的人却寥寥无几。从此也能看出，帝国百姓对海军的认识还是不够的。至少在思想上，帝国还是一个大陆型的国家，而不是一个海洋型，至少是海洋与大陆所并重的国家！
当时，帝国海军也有着自己的困难，最大的困难就是帝国海军严重缺乏将领，缺乏优秀的军官。虽然，在开放了海禁，鼓励商人去海外经商，皇帝还亲自担任了海军司令，政府对海军建设的投入也非常巨大，让帝国的设计师与工程师建造出了世界上最优秀的战舰，并且拥有世界上素质最好，人数最多的水手，但是帝国海军却极为缺乏优秀的军官与将领。可以说，这是妨碍帝国海军发展的最大障碍。
当初，朱祁钰在离开西洋的时候，就曾经叮嘱顾成林，要顾成林着重培养海军中的人才。特别是在袁晨皓回到白古王国去当他的亲王之后，帝国海军由失去了三大支柱中的一个（顾成林，袁晨皓，吴历宏），这对帝国海军来说更是一大损失。朱祁钰在制订针对海军的改革计划的时候，也极为头痛，如果没有优秀的将领，没有大批高素质的军官，那么帝国海军改革就是一场空谈。
帝国海军改革要比帝国陆军改革晚两年，不过，在当时，朱祁钰就已经针对性地制定了一整套的改革计划。其中，第一步就是成立帝国海军学院，一座类似于帝国军官培训学院，以及军事学院，不过却是以侧重海军军官培训的军事化院校！
成立帝国海军学院，在当时并没有引起太多人的重视，不过作为后来帝国中高级军官两大院校（后来，帝国军事学院中分出了帝国陆军学院，与帝国海军学院并立）的这所学院，注定了不会默默无闻的。
帝国海军学院的第一个任务，就是为帝国海军培训优秀的基层军官。为了表示对帝国海军的重视，并且唤起国人对海军与海洋的重视，朱祁钰亲自担任了第一任校长，并且每个月都会抽出三天的时间，专门为学院的年轻预备役军官（这是后来制定的新政策，所有军事学院的学员都是预备役军官，由预备役司令部负责管理，最后，连军事学院都直接划到了预备役司令部之下）讲授海战的战术与技巧，并且强化这些学员对海洋利益的重视与认识！
当然，帝国海军学院招收的第一批学员都是水手，或者是航海世家的子弟。这些人都是在海洋上生活的，他们对海军的理解，要比普通的帝国百姓深刻得多。也正是这个原因，这些人后来几乎都成为了帝国海军的中坚力量，其中不少人成为了将军。可以说，在朱祁钰时代的后几十年之中，这批学员就是帝国海军最为主要的力量，是帝国海军中最强大的所在，也是帝国海军能够发展壮大，能够与帝国陆军平起平坐的基础！