成立了帝国海军学院之后，朱祁钰为帝国海军改革制订好了一套完整的远景规划。而直到十多年之后，这一套改革方案才最终完成，并且从此奠定了帝国海军在处理对外战争中的决定性地位，特别是在为帝国开拓海外疆土的行动中，成为了决定性的力量。
在新的体制中，帝国海军成立了单独的海军司令部，这与帝国总参谋部（当时，总参谋部主要负责陆军作战任务。直到朱祁钰时代之后，才成立了单独的陆军司令部，总参谋部升级成为了帝国军队的总司令部）是并行的机构。而且，帝国海军司令部只需要向帝国皇帝负责，而且不受到国内部的限制（这也是一个很特殊的地方，当时帝国国防部也主要只是负责陆军的事情。因为海军的特殊性，国防部是在数十年之后，才开始管理海军的。而这期间，国防部甚至分成了陆军部与海军部两大部门）。显然，从海军司令部的地位上就能看出来，朱祁钰对海军是极为重视的，为了让海军得到更多的发展机会，他甚至不惜给予海军极大的特权！
在帝国海军司令部之下，有两套并行的机构。一是五大舰队司令部（后来新成立了西洋舰队，以及大西洋舰队），二是五大战区司令部。而从性质上讲，舰队司令部是负责作战任务的，而战区司令部则类似于国防部性质的文职机构。
五大舰队司令部分别是北洋舰队司令部，东洋舰队司令部，南洋舰队司令部。西洋舰队司令部，以及大西洋舰队司令部，分别下辖各自的舰队。这其中，北洋舰队的主要任务就是负责帝国本土周围的安全，并且管理日本地区的海上事务，负责防范日本构成的海上威胁。东洋舰队负责东洋（大东洋，即关岛以东海域）地区的作战行动。南洋舰队负责南洋，以及大南洋（澳洲附近海域）的作战行动。西洋舰队负责西洋地区的作战行动。大西洋舰队则负责大西洋地区的作战行动（后来分成南大西洋舰队与北大西洋舰队，因此五大舰队实际上成为了六大舰队）。
五大战区司令部与舰队司令部有着一定的差别。其中，本土战区司令部主要负责统辖北洋舰队，负责关岛以西，吕宋群岛以北，一直到帝国附近的所有海域的管理工作，实际行动中，与北洋舰队，以及东洋舰队配合。大东洋战区司令部则负责关岛以东，直到美州大陆整个大东洋海域的管理，主要于东洋舰队配合。南洋战区司令部则负责南洋地区的管理，由南洋舰队负责支援与配合。西洋战区司令部负责西洋地区的军事管理，主要由西洋舰队配合。大西洋战区司令部则负责大西洋战区的管理，由大西洋舰队配合（后来也分成了南大西洋与北大西洋两大战区）。
可以看得出来，这五大舰队与五大战区实际上是基本上重合的，都有所归属的舰队，以及所管理的地区。而且，从整套机构来说，战区司令部，其实就已经具备了一定的行政职能，其管理权，在很多时候，其实体现的是帝国中央政府的行政管理，而不是军事管理。虽然这套管理体系稍微显得有点复杂，不过对于当时的帝国海军所担任的角色来讲，这却是非常有必要的，而且到了数百年之后，战区体系，以及舰队体系已经成为了明帝国对海外地区统治的标准方式，并且以此强化了帝国海军在海外作战方面的强大优势！
为了增强帝国海军的这一优势，朱祁钰还在五大舰队司令部下面，单独设置了五大陆战队司令部兰从指挥权限上讲，陆战队司令部是隶属于舰队司令部的，一般的情况下，陆战队的司令官都将担任舰队副司令，并且负责全权指挥远洋地区的地面作战行动。而这一配制，也极大地增强了海军在远洋地区的作战能力，并且在很大的程度上摆脱了对陆军的依赖性。除了大规模的全面战争之外，海军完全可以利用陆战队与舰队应付各种规模的冲突，而让陆军没有插手的机会！
除了陆战队司令部之外，在各大舰队还分别设置了后勤保障司令部，同时在海军司令部下也设了相应的机构。这也是海军的另外一大特点。陆军的后勤保障是集体调配的，往往要集中所有的后勤部队来保障一个重要方向上的作战行动。相反，海军的后勤保障部队是属于各个舰队单独调配的，并且能够在该舰队的方向上为舰队作战提供足够的支持。当然，也因为各大舰队所行动的区域离帝国本土的距离，或者是离后勤物资储备地点的远近，而配属了不同数量的运输船队。另外，海军司令部下属的后勤保障司令部则负责向各大战区运送作战物资，以此形成了两级后勤保障体系，以求尽量减少运输船只，尽量合理地使用运输船只！
朱祁钰为了建立起这一整套的海军体系，花费了巨大的功夫。这也完全体现出了海军的侧重点。与陆军不同，陆军往往是以卫戍为主的，特别是在大规模战争结束之后，陆军军团的卫戍任务是非常重要的。相反，海军因为其作战行动的特殊性，所以其卫戍任务并不是最重要的，其根本仍然是作战行动。也正是如此，所以海军在整体编制方面都侧重于作战行动，一切都以发挥海军舰队，以及陆战队的战斗力为主！
当然，海军本身的局限性决定了，即使皇帝为海军制订好了这套完善的，在当时甚至可以说是完美的编制体系，不过因为缺乏足够的优秀人员，所以帝国海军用了足足十多年的时间，才最终建立起了这套完善的指挥与管理体系。可以说，在当时，帝国海军缺少的就是人才，只要有足够的人才，帝国海军就能在这套完善的指挥与管理体系中发挥出强大的战斗力来！
两年后，第一个成立的大西洋战区司令部，以及大西洋舰队的出现，就编制着帝国海军开始向着这套指挥体系前进，并且通过逐步的改革开始完善指挥系统。当然，也正是从那个时候开始，帝国海军成为了一支真正独立的军种，并且为帝国的海外殖民，以及开拓海外领地，为帝国建立起全球性的殖民的体系立下了汗马功劳。也正是如此，在朱祁钰时代的后期，明帝国才第一次被称为了“日不落帝国”，成为了真正意义上的全球性帝国，一个强大到，足以统治全世界，并且战胜了每一个强大敌人的强大帝国！
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