在永乐帝朱棣迁都北京之后，在南京一直保留有一套完整的官制。例如六部尚书，在北京有一套，在南京也有一套。只不过在北京的掌握实权，而在南京只是挂着虚职。但此刻情况不同了，北京的除了极少数逃脱外，大部分都陷在了京师，而南京的那些虚职就直接变成了实职。
若是朱慈烺孤身前往，难免陷入南方众官的控制之中。但此刻他会和从京师逃出来的，再加上从山东去的这一大批人，至少可以拥有一定的自主权，这也是朱慈烺的机会。他现在有万余军队，如果他能很好的协调两方官员的利益，却有可能保住现有大明的半壁江山。这也是周显最初让他们自行选择的目的。
但周显这边的情况就没那么好了，军力上变化不大，主要在人心的动荡上。还有就是山东巡抚去职，登莱巡抚离开。两个巡抚全部空置。山东六府知府直接去了两个，县官、州官二十几个。
如此多的官员离开，直接使山东的统治体系陷入了混乱。
这里面固然有一些人心向大明，认为朱慈烺为大明正统，出于对明的忠义离开。但更多的人则是因为山东直面闯军，随时可能陷入新一轮战事中。他们去南京，至少心理上感觉会更安全一些。
万元吉、顾炎武、黄宗羲等人就此事找过周显几次，让他下令禁止官员离开，但周显对之完全置之不理。只是下令让他们举荐俊才，用来取代因他们离开而空出来的官职。在这种情况下，一批新的官员迅速补充了上去。
万元吉被周显提升为山东巡抚，文志通被任命为登莱巡抚。陈子龙被他从舟山调回来担任济南知府，张旗被提拔为莱州知府。萧冷、韩畅两人都被下放到济南周边暂代县令，侯方域被他暂时留在了身边。
对于张家玉，周显本想任命他为泰安知州，但他向周显提出想出外领军。周显想了想，同意了，让他前往淮安担任刘孔和的副手。
顾炎武、黄宗羲、于成龙、陈名夏四人一起制定出了一套提拔官员的规则。周显、万元吉、夏允彝、顾咸正等人参与讨论。虽然方案还未最终确定，但所有人的意思都是完全按照功绩来确定官员的提拔与否。
这个功绩可以是财政余额，可以是安民多少，可以是刑案减少了多少，可以是开办了多少个新的学院。优秀者提拔，差劣者罢黜，中间者留用，以待后效。通过这样的办法，三年一考核，以尽可能的淘汰庸吏。
而黄宗羲就财政方面提出了一个方案，从巡抚衙门单独辟出一个财政部，直接接管从省到府，由府到县的财政。所得的赋税按照总数进行七三分，上层占七，下层占三，而各下层衙门可以对那三进行自由支配。以增加地方的自主性，也加强了巡抚衙门对财政整体的把握。
考虑到朱元璋定的官员薪俸太低，很多清官靠薪俸无法过活的问题。黄宗羲提出直接将所有官员的薪俸翻倍，但取消了地方的供银，以消除贪腐。
而对于贪污这样的事情，在刑责方面变轻，要求变轻。但就一些特别的贪腐，则加重。如贪墨军饷，贪墨救济粮，或因贪墨造成严重的影响，这些直接斩首之刑。