太尉负责全国军官的考核，每岁末，评定等次，上奏皇帝，作为军官升迁、降调的依据。领太常、卫尉、光禄勋三卿。太尉府属吏有：长史一人，秩千石，总管各曹事务。各曹掾、史、属共二十四人。
在诸曹中，西曹负责太尉府官吏的任免；东曹负责二千石的迁调；户曹负责户籍、祭祀、农桑；奏曹负责奏议；辞曹负责审理案件，接受上诉；法曹负责驿站事务；尉曹负责士卒和囚犯的征调、运输事务；贼曹负责缉拿盗贼；决曹负责裁决刑法；兵曹负责军事事务；金曹负责货币与盐铁事务；仓曹负责国家仓库事务。
此外，还有黄阁，主簿，是阁下诸吏的长官。另有令史及御属二十三人，阁下令史负责太尉的仪仗执事；记室令史负责太尉府的奏章等各种文书的管理；门令史负责太尉府门卫。其他令史分隶诸曹，办理文书事务。
太尉府诸曹的设置以及职掌来看，太尉的管辖范围似乎非常广，但那都是名义上的东西，太尉诸曹所领事务，或受制于尚书台，或仅仅为文牍往来，本身并没有可否之权，而且太尉对本府诸曹事务并没有实际节制的权力。
司徒，负责人民教化，掌礼仪诸事。领太仆、鸿胪、廷尉三卿。属吏有长史一人，秩千石。掾属三十一人。
司空，负责水利工程、城防建筑、宫室营建等事务。领宗正、少府、司农三卿。司空属吏有长史一人、掾属二十九人、令史及御属四十二人。
东汉末年，三公已成为虚职，在三公之外另设大司马，大司马和大将军均位在三公之上，如刘虞、权臣李傕。
东汉沿西汉制度，以太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府为九卿。与西汉不同的是，东汉九卿分隶属三公。东汉九卿均于官称上加“卿”字，如太常卿等，秩中二千石。
除此之外，东汉九卿与西汉不同者还有：一、光禄勋除西汉的五官中郎将、左中郎将、右中郎将、虎贲中郎将、羽林中郎将之外，增置东中郎将、北中郎将、西中郎将、南中郎将。二、少府尚书改称尚书台，由西汉的常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹改为六曹：改常侍曹为吏曹，增三公曹，将主客曹分为南主客曹与北主客曹。尚书台增设左右丞二人，诸曹侍郎各六人，令史诸曹各三人，事务繁剧的曹增令史各三人。尚书台组织较西汉尚书要重要、庞大的多。
军事方面，东汉的将军也是中央政府的重要组成部分，有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、前将军、后将军、左将军、右将军。大将军位在三公上，骠骑将军、车骑将军、卫将军位次列于九卿，位在三公下。前、后、左、右将军，位次列于九卿，不常置。东汉中期以后，太后临朝称制，外戚以大将军执政，与太傅、三公合称为五府。
以上将军均开府，府属有长史、司马各一人，从事中郎二人，掾属二十九人，令史御属三十一人。将军以本号领军的，各有部曲、校尉。
汉末大乱，有军功者比比皆是，授予官职的难度加大。因此常在“将军”前冠以某个名号以作为他的官职，这种名号并无一定，名号之间也无上下级关系，因此称为杂号将军。临事设置，事毕即撤。如骁骑、楼船、材官、伏波、贰师、度辽、龙骧等，或以所领部队，或因奉行的任务。
以后，开始出现四征、四镇、四平、四安等重号将军。
这是一个庞大的工程。
不是刘琦想封谁就封谁的，这牵涉甚广，不光是刘琦身边的老兄弟，还有许多名士大贤，甚至还要顾及一下曾经从长安追随刘协东逃的官员。
刘琦想不参与也不行，官要给，权力却不能外放，这是刘琦交待荀彧的中心思想。