李自成从地上爬起身来，只见一支箭穴在他的左眼上，鲜血淋漓而下。李自成极是悍勇，拔下箭枝，挺立地上，由部下为他包扎伤口。他一声不响，待到伤口包好，拔刀前指道：“将此城屠的鸡犬不留！”部下大声奉诺，各自分工，有的攻府，有点去各处传令。
原来放箭射瞎李自成一目的乃是周遇吉夫人刘氏。她也是将门虎女，听闻丈夫殉国，便召集自己训练的女兵，埋伏在院墙后，打算射杀一些闯军报仇，没想到居然射伤了李自成。
闯军寻来几个屋梁撞门，却发现府门已被堵死，急切间无法攻破。刘氏带着女兵，居高临下地放箭，倒是射伤了不少闯军兵士。李自成在后面看的大怒，下令放火烧府。周遇吉阖门殁于此役。
李自成烧了总督府后，还不解气，下令兵士屠城报复。闯军攻城受了好大一个挫折，此时趁机发泄，保定一城，顿成地狱，到处都是老幼妇孺惨叫呼号之声。这场屠城持续了数日，整个保定，除了逃出城去的百姓，城内竟是婴幼不遗。
此战下来，闯军李自成重伤，大将李过阵亡，兵士死伤逾万人。李自成召集众将商议道：“北京京营有大军二十万，若是都跟周遇吉一样，怎么得了？况且山海关还有关宁军十万，数日内就可回援北京。不如回返洛阳，再做打算。”众将犹豫未决，只是劝他留驻数日，看看东西两路军进展如何，再做打算。
数日后，李岩和刘宗敏传来捷报，山西和山东两省尽数攻占。李自成大喜。没两天更有宣大监军太监杜勋亲自投效。他不仅自己投降李自成，还带来了京营监军王之心和东厂厂公曹化淳的密信。李自成看后大喜，长驱北上，京师大震。
左都御史李邦华，大学士蒋德琅，与少詹事项煜，倡议迁都，崇祯有旨谓：“国君死社稷，朕知死守，不知他往”等语。一面下诏令宁远总兵吴三桂与长平公主率兵勤王，一面令太监杜之秩监军居庸关。
李自成兵至居庸关，监军太监杜之秩首议迎降，巡抚朱之冯登城誓众，无一应命，乃南向叩头，缢死城楼下，太监杜之秩开关纳贼。闯军遂陷昌平，焚十二陵。
崇祯看到军报说闯军兵迫京师、祖宗陵寝被焚，阅一行，叹一声，待到瞧完军报，下泪不止。各大臣亦面面相觑，不发一言。崇祯顾语工部尚书范景文道：“这都是朕的过失，卿可为朕拟诏罪己便了。”言罢，掩面入内。
范景文等领旨出朝，当日拟定罪己诏，呈入内廷，即时颁发出来。诏中言辞恳切，检讨自己施政只过，希望得到臣民谅解，号召臣民恢复河山。只是此时闯军薄城，京城内人心惶惶，又有谁会关注此诏，谁能力挽狂澜呢？
与此同时，清兵兵入蓟州，威胁山海关，吴三桂不敢离开。
闯军兵迫京师，城外三大营，或降或溃。英国公张世泽飞奔入宫，报知形势。崇祯即召太监王之心和曹化淳募兵守城，且令勋戚大臣，捐金助饷。太监王之心最富，不肯输捐，崇祯涕泣而谕，仅献万两白银，余者或捐千两、百两不等。这些太监尚且私下抱怨，在宫墙上写“此处不留人自有留人处”等语。众大臣更是装出自己清廉自律的样子，一毛不拔。
崇祯搜集内帑银两与宫中金银器物，勉强凑足二十万两白银，充作守城军饷。王之心和曹化淳又将军饷吞没，对将士托词乏饷。所有守陴兵民，每人只给百钱，还要自己造饭。大众买饭为餐，没一个不怨苦连天，哪个还肯尽力？
李自成与李岩、刘宗敏会师北京城下，合军数十万，将京师围得水泄不通。李自成在彰仪门外向城上喊话，襄城伯李国桢在城头回复道：“我入你营为质，你派人与圣上面议。”李自成回答他：“何用为质！”即遣降贼太监杜勋入城。
杜勋入城后，直奔大内，途中遇到王之心和曹化淳，密语多时，言道“我辈富贵自在，何必担忧？”等。杜勋入宫见帝，转述李自成议和条款，内容为：割陕西、山西、河南三省，封李自成为大顺王，犒赏军银百万两，以后与大明兄弟相称。内阁诸臣缄默不语。
崇祯听了条款大怒，推倒龙椅，骂道：“闯贼狂悖至此。祖宗之土，岂可予贼？”下诏御驾亲征，并让英国公张世泽搜寻勇士，护送太子朱慈烺南下江南，并诏封长平公主为摄政公主，都督内外诸军事。群臣闻诏，知道崇祯已有殉国托孤之意。